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单细胞转录组探究胃癌转移过程中MHC-Ⅱ类分子的演进缺失
1
作者
胡逸恺
宋明坤
+2 位作者
王旭东
姬倩颖
李龙
《天津医科大学学报》
2023年第1期1-8,共8页
目的:使用单细胞转录组数据绘制胃癌免疫微环境组成图谱,探究胃癌转移过程中MHC-Ⅱ类分子演进缺失的免疫机制。方法:在GEO数据库中获取胃癌原发癌和转移癌单细胞数据集,基于R(4.1.2)、Python(3.7),对该数据集进行分群、拷贝数变异(CNV)...
目的:使用单细胞转录组数据绘制胃癌免疫微环境组成图谱,探究胃癌转移过程中MHC-Ⅱ类分子演进缺失的免疫机制。方法:在GEO数据库中获取胃癌原发癌和转移癌单细胞数据集,基于R(4.1.2)、Python(3.7),对该数据集进行分群、拷贝数变异(CNV)、拟时序、基因集变异(GSVA)分析、转录因子分析、非负矩阵分解、免疫细胞细分亚群和基因集富集分析,并结合来自TCGA等数据库的多个公共转录组数据集,验证所得出的结论。结果:拟时序分析反映MHC-Ⅱ类分子在癌症转移过程中演进缺失,转录因子分析观察到IRF1、STAT1等转录因子在原发癌中的高表达,非负矩阵分解探查到原发癌中独有的干扰素(IFN)γ表达模块,但原发癌展现了较冷的免疫微环境。免疫细胞的亚群分类展示了树突状细胞、巨噬细胞、T细胞等在微环境中的分布。细胞通讯分析显示MDSC样和SPP1+肿瘤相关巨噬细胞(TAM)抑制了转移癌中IFNγ的分泌并表现了促血管生成活性。基于这两种TAM的生物标志构建的评分在胃癌中具有预后意义(Log-Rank P<0.05)。scPAGE在较大规模的bulk转录组层面对单细胞分析获得的结果进行了验证。结论:TAM介导IFNγ分泌抑制,其在转移癌较原发癌中分泌相对较少,是MHC-Ⅱ在两者间表达出现差异的原因之一。针对MDSC样TAM和SPP1+TAM的研究可能是肿瘤免疫治疗的另一突破点。
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关键词
胃癌
单细胞分析
单细胞RNA测序
TAM
SPP1
MHC-Ⅱ
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职称材料
题名
单细胞转录组探究胃癌转移过程中MHC-Ⅱ类分子的演进缺失
1
作者
胡逸恺
宋明坤
王旭东
姬倩颖
李龙
机构
天津医科大学第二临床医学院
天津医科大学基础医学院免疫学系
出处
《天津医科大学学报》
2023年第1期1-8,共8页
基金
天津市高等学校大学生创新创业训练计划(202010062016)。
文摘
目的:使用单细胞转录组数据绘制胃癌免疫微环境组成图谱,探究胃癌转移过程中MHC-Ⅱ类分子演进缺失的免疫机制。方法:在GEO数据库中获取胃癌原发癌和转移癌单细胞数据集,基于R(4.1.2)、Python(3.7),对该数据集进行分群、拷贝数变异(CNV)、拟时序、基因集变异(GSVA)分析、转录因子分析、非负矩阵分解、免疫细胞细分亚群和基因集富集分析,并结合来自TCGA等数据库的多个公共转录组数据集,验证所得出的结论。结果:拟时序分析反映MHC-Ⅱ类分子在癌症转移过程中演进缺失,转录因子分析观察到IRF1、STAT1等转录因子在原发癌中的高表达,非负矩阵分解探查到原发癌中独有的干扰素(IFN)γ表达模块,但原发癌展现了较冷的免疫微环境。免疫细胞的亚群分类展示了树突状细胞、巨噬细胞、T细胞等在微环境中的分布。细胞通讯分析显示MDSC样和SPP1+肿瘤相关巨噬细胞(TAM)抑制了转移癌中IFNγ的分泌并表现了促血管生成活性。基于这两种TAM的生物标志构建的评分在胃癌中具有预后意义(Log-Rank P<0.05)。scPAGE在较大规模的bulk转录组层面对单细胞分析获得的结果进行了验证。结论:TAM介导IFNγ分泌抑制,其在转移癌较原发癌中分泌相对较少,是MHC-Ⅱ在两者间表达出现差异的原因之一。针对MDSC样TAM和SPP1+TAM的研究可能是肿瘤免疫治疗的另一突破点。
关键词
胃癌
单细胞分析
单细胞RNA测序
TAM
SPP1
MHC-Ⅱ
Keywords
stomach neoplasms
single-cell analysis
single-cell RNA-seq
TAM
SPP1
MHC-Ⅱ
分类号
R392.9 [医药卫生—免疫学]
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作者
出处
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被引量
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1
单细胞转录组探究胃癌转移过程中MHC-Ⅱ类分子的演进缺失
胡逸恺
宋明坤
王旭东
姬倩颖
李龙
《天津医科大学学报》
2023
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