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联合ZINB模型与图注意力自编码器的自优化单细胞聚类
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作者 孔凤玲 吴昊 董庆庆 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2023年第12期104-112,共9页
单细胞数据聚类在生物信息分析中具有重要作用,但受测序原理和测序平台的限制,单细胞数据集普遍存在高维稀疏性、高方差噪声和基因数据缺失的问题,导致单细胞数据在聚类分析和应用方面仍面临诸多挑战。现有的单细胞聚类方法主要针对细... 单细胞数据聚类在生物信息分析中具有重要作用,但受测序原理和测序平台的限制,单细胞数据集普遍存在高维稀疏性、高方差噪声和基因数据缺失的问题,导致单细胞数据在聚类分析和应用方面仍面临诸多挑战。现有的单细胞聚类方法主要针对细胞和基因表达间的关系进行建模,忽略了对细胞间潜在特征关系的充分挖掘以及对噪声的去除,导致聚类结果不理想,从而阻碍了后期对数据的分析。针对上述问题,提出了一种联合零膨胀负二项(Zero Inflated Negative Binomial,ZINB)模型与图注意力自编码器的自优化单细胞聚类算法(Self-optimized Single Cell Clustering Using ZINB Model and Graph Attention Autoencoder,scZDGAC)。该算法首先使用ZINB模型并结合可扩展的DCA去噪算法,通过ZINB分布更好地拟合数据特征分布,提升自编码器的去噪性能,并减小噪声和数据丢失对KNN算法输出的影响;然后通过图注意力自编码器在不同权重的细胞之间传播信息,更好地捕获细胞间的潜在特征进行聚类;最后scZDGAC采用自优化的方法使原本两个独立的聚类模块和特征模块相互受益,不断迭代更新聚类中心,进一步提升聚类性能。为了对聚类结果进行评价,文中使用调整兰德指数(ARI)和标准化互信息(NMI)两个通用评价指标。在6个不同规模的单细胞数据集上与其他算法进行对比实验,结果表明,所提聚类算法在聚类性能上较其他方法有很大提高,很好地展现了该算法的鲁棒性。 展开更多
关键词 深度聚类 scRNA-Seq ZINB模型 自优化 DCA 图注意力自编码器
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基于交叉细化和循环注意力的RGB-D显著性目标检测
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作者 董庆庆 吴昊 +1 位作者 钱文华 孔凤玲 《系统仿真学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1931-1947,共17页
针对显著性目标检测区域边界模糊以及检测区域不精确不完整的问题,提出了基于交叉细化和循环注意力的RGB-D显著性目标检测方法。在利用编码器提取特征的阶段设计了交叉细化模块,用于补充对方的特征信息,改善了融合前的特征质量,抑制了... 针对显著性目标检测区域边界模糊以及检测区域不精确不完整的问题,提出了基于交叉细化和循环注意力的RGB-D显著性目标检测方法。在利用编码器提取特征的阶段设计了交叉细化模块,用于补充对方的特征信息,改善了融合前的特征质量,抑制了质量较差的深度图带来的消极影响,解决了显著性目标边缘模糊的问题。针对融合后的特征,提出联合注意力机制与卷积长短期记忆网络单元的循环模块以模拟大脑的内部生成机制,通过检索过往的记忆帮助推断当前的决策,从而获得需要长期记忆的语义场景,可以全面学习融合特征的内部语义关系,生成检测区域更完整,更准确的显著性图。在6个公开数据集上进行的实验表明,所提的方法可以得到边缘清晰且准确度更高的显著图。 展开更多
关键词 RGB-D 显著性目标检测 交叉细化 注意力机制 卷积长短期记忆网络 循环模块
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村级土地利用规划探讨
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作者 孔凤玲 《门窗》 2020年第14期67-68,共2页
农村土地资源规划管理与农村发展密切相关,与农村经济直接相关,与所有村民的利益密切相关,科学的土地资源管理机制有利于新时期农村建设的发展,有利于提高农村规划的整体性,改善当前农村住宅的整体布局,提高土地资源的利用率本文主要分... 农村土地资源规划管理与农村发展密切相关,与农村经济直接相关,与所有村民的利益密切相关,科学的土地资源管理机制有利于新时期农村建设的发展,有利于提高农村规划的整体性,改善当前农村住宅的整体布局,提高土地资源的利用率本文主要分析村级土地利用规划的探讨. 展开更多
关键词 村级土地 土地利用规划 必要性 基本问题
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面向真实图像噪声的两阶段盲去噪
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作者 丁岳皓 吴昊 +2 位作者 孔凤玲 徐丹 袁国武 《中国图象图形学报》 CSCD 北大核心 2023年第7期2026-2036,共11页
目的现有的深度图像去噪算法在去除加性高斯噪声上效果显著,但在去除任意分布的真实图像噪声时表现不佳;去噪模型的深度在不断增加,但去噪效果上却并未能显著提高。对此,设计了一种简单有效的两阶段深度图像去噪算法。方法首先基于注意... 目的现有的深度图像去噪算法在去除加性高斯噪声上效果显著,但在去除任意分布的真实图像噪声时表现不佳;去噪模型的深度在不断增加,但去噪效果上却并未能显著提高。对此,设计了一种简单有效的两阶段深度图像去噪算法。方法首先基于注意力机制估计真实图像上的噪声分布水平,然后使用一个混合膨胀卷积和普通卷积的多尺度去噪模块进行非盲降噪。结果在DND(darmstadt noise dataset)、SIDD(smartphone image denoising dataset)、Nam和PolyU(the Hong Kong Polytechnic University)等4个图像去噪领域常用数据集上进行去噪实验,选择峰值信噪比(peak signal-to-noise ratio,PSNR)和结构相似性(structual similarity,SSIM)作为去噪效果的评价指标,得到的平均PSNR值分别为39.23 dB,38.54 dB,40.45 dB,37.34 dB,并与几种传统去噪方法和基于深度学习的去噪方法进行比较。实验结果表明,本文的去噪算法在去噪效果和视觉质量上有明显提升。同时,在SIDD数据集上进行消融实验以验证算法中模块的有效性。结论本文算法使用的跳跃连接、噪声水平估计以及多尺度模块均可以有效提升真实图像去噪效果。与现有方法相比,本文算法不仅能有效去除真实图像噪声,而且能通过简单的模块参数设置控制去噪网络的计算效率。 展开更多
关键词 深度学习 真实图像去噪 注意力机制 噪声水平估计 多尺度模块
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