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基因标签区分癌症样本的初步分析
1
作者
刘秋芳
孔华磊
程酩
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第10期4682-4688,共7页
从基因表达水平的角度对癌症样本进行分子分型,其较高的临床结果预测能力已经获得越来越广泛的关注。研究发现,某些基因集合(称为基因标签)的表达水平可以显著区分不同癌症样本之间的亚型差异并与癌症病人的临床结果显著关联。使用主...
从基因表达水平的角度对癌症样本进行分子分型,其较高的临床结果预测能力已经获得越来越广泛的关注。研究发现,某些基因集合(称为基因标签)的表达水平可以显著区分不同癌症样本之间的亚型差异并与癌症病人的临床结果显著关联。使用主成分分析法能够帮助我们找出这类表达谱与临床结果密切相关的基因标签。本研究通过主成分分析法从MSig BD和GeneSigDB数据库包含的基因集中找出可以解释不同癌症样本区别的基因标签并进一步评价了这些基因标签对癌症病人生存结果的预测能力。通过对10种癌症分别进行检验,我们找到了数量可观的可以区分癌症样本且相应的临床结果具有显著差异的基因标签。基于基因表达谱、临床数据和主成分分析法,基因标签能够对具有不同临床结果的癌症样本进行亚类的区分。
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关键词
基因标签
癌症分类
生存结果
原文传递
题名
基因标签区分癌症样本的初步分析
1
作者
刘秋芳
孔华磊
程酩
机构
上海交通大学生物医学工程学院
上海交通大学系统生物医学研究院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第10期4682-4688,共7页
基金
国家自然科学基金(21273148)
国家重大仪器专项(2014YQ090709)
+1 种基金
上海市科学技术委员会(15142201200)
上海交通大学“医工(理)交叉研究基金”(YG2012MS58,YG2016QN66)共同资助
文摘
从基因表达水平的角度对癌症样本进行分子分型,其较高的临床结果预测能力已经获得越来越广泛的关注。研究发现,某些基因集合(称为基因标签)的表达水平可以显著区分不同癌症样本之间的亚型差异并与癌症病人的临床结果显著关联。使用主成分分析法能够帮助我们找出这类表达谱与临床结果密切相关的基因标签。本研究通过主成分分析法从MSig BD和GeneSigDB数据库包含的基因集中找出可以解释不同癌症样本区别的基因标签并进一步评价了这些基因标签对癌症病人生存结果的预测能力。通过对10种癌症分别进行检验,我们找到了数量可观的可以区分癌症样本且相应的临床结果具有显著差异的基因标签。基于基因表达谱、临床数据和主成分分析法,基因标签能够对具有不同临床结果的癌症样本进行亚类的区分。
关键词
基因标签
癌症分类
生存结果
Keywords
Gene signature
Cancer classification
Survival outcomes
分类号
R730.2 [医药卫生—肿瘤]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基因标签区分癌症样本的初步分析
刘秋芳
孔华磊
程酩
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018
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