短吻三线舌鳎、褐斑三线舌鳎和紫斑舌鳎种类的有效性厘定

舌鳎属有些种类形态特征高度相似,导致了鉴定困难和种类的混乱,例如短吻三线舌鳎(Cynoglossus abbreviatus,Gray,1834)、褐斑三线舌鳎(C.trigrammus,Günther,1862)和紫斑舌鳎(C.purpureomaculatus,Regan,1905)的种类有效性和种间关系就存在三种观点:仅短吻三线舌鳎为有效种;短吻三线舌鳎和褐斑三线舌鳎均为有效种,而紫斑舌鳎是褐斑三线舌鳎的次同物异名;三个名义种均为有效种。为了解决这一分类混乱,本研究对三种舌鳎的原始描述、自测的模式标本和中国内地沿海采集标本的28个形态特征和分子条形码进行了比较分析。结果显示,8个可数和16个可量特征的比例值以及2个描述性状在三个种之间为一致、包含、大部分重叠的关系;只有2个描述特征存在差异,一个是在吻长较上眼上缘距背鳍基部的长度特征上,短吻三线舌鳎和紫斑舌鳎为略长、等长或略短于的连续特征值,而褐斑三线舌鳎为明显大于;另一个差异是体表的花色差异,紫斑舌鳎体长一般小于200 mm,且具有明显的斑纹,短吻三线舌鳎体长一般大于200 mm,且随着体长增加,斑点逐渐淡化或者无斑,而不同体长的褐斑三线舌鳎在头后和身体前3/4均具有明显的零星褐色斑纹。COⅠ分子条形码结果显示,短吻三线舌鳎和紫斑舌鳎的遗传距离为0.000~0.002,为种内差异;褐斑三线舌与其他两种舌鳎之间的遗传距离为0.141~0.145,为种间差异。研究表明,短吻三线舌鳎和褐斑三线舌鳎是有效种,紫斑舌鳎是短吻三线舌鳎的次同物异名。本研究结果为鲽形目鱼类的正确分类提供了科学依据。

魁蚶线粒体16S rRNA和COI基因片段序列测定及其应用前景

Mitochondrial gene(16S rRNA and COI) fragments of Bloody clam Scapharca broughtonii were amplified via PCR, the PCR products were ligated into T vectors, cloned and sequenced. 823 bp and 703 bp nucleotide sequences of partial 16S rRNA gene and partial COI gene were obtained respectively. The contents of A, T, G and C were 24.79%,23.57%,29.16% and 22.48% in 16S rDNA; 22.05%,33.85%,23.33% and 20.77% in COI. The potential uses of these two sequences were discussed for genetic variation, differentiation and relevant research of different geographic populations in the species.

中华绒螯蟹与日本绒螯蟹线粒体COI基因片段的序列比较研究

以相应引物 PCR扩增了黄河口中华绒螯蟹线粒体细胞色素氧化酶 I亚基基因 (COI)片段 ,PCR产物经 T载体连接之后进行克隆、测序 ,得到 70 9bp的碱基序列 ,其 A,T,G,C含量分别为 34.4 1% ,2 7.93% ,2 0 .0 3%和 17.6 3%。并比较它与珠江流域中华绒螯蟹 COI序列和日本绒螯蟹 COI序列的差异 ,发现黄河口中华绒螯蟹与珠江流域中华绒螯蟹 COI序列完全相同 ,而与日本绒螯蟹差异非常明显 ,70 9或 6 5 8(不计引物 )位点中核苷酸差异数为 32 ,核苷酸差异率为 4 .5 1%或 4 .86 % (不计引物 ) ,其中 2 5个位点为转换 ,7个位点为颠换。作者倾向于支持存在中华绒螯蟹和日本绒螯蟹 。

太平洋牡蛎核糖体DNA转录间隔子和线粒体基因片段序列测定(英文)

以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (16SrDNA) ,2 2 .71%、39.4 3%、2 0 .4 3%和 17.4 3% (COI)。实验证明ITS 1和ITS 2引物在贝类中通用性良好。文中同时讨论了

牙鲆、石鲽和川鲽的线粒体16S rRNA基因片段的序列比较研究

以相应引物对牙鲆 (Paralichthys olivaceus )和石鲽 (K .areius bicoloratus)的线粒体 16 Sr RNA基因片段进行了 PCR扩增 ,PCR产物经 T载体连接之后进行了克隆、测序 ,均得到了5 90 bp的碱基序列 ,并将其与 Gen Bank中牙鲆线粒体全序列相应片段和川鲽 (Platichthys flesus)相应片段进行比较 ,结果表明 ,川鲽和石鲽序列差异很小 (核苷酸差异数为 7,同源性为 98.8% ) ;而牙鲆与川鲽和石鲽的序列差异明显 (核苷酸差异数为 90～ 93,同源性约为 84 % ) ,且大多数核苷酸变异位点集中在序列中部大约 2 0 0

中国鳜亚科(Sinipercunae)——七种鱼类骨骼形态特征的比较研究

对中国鳜亚科七种鱼类的骨骼进行比较。指出这七种鱼类之间存在着明显的类群差异,提出将鳜亚科分为三个属,即少鳞鳜属Coreoperca)、鳜属(Siniperca)和长身鳜属(Core-osiniperca);广西与福建的斑鳜和大眼鳜不存在种的分化,而福建产暗鳜(S.obscura Nichols)与广西暗鳜在某些骨骼形态特征上存在某些差异。

鳜亚科SINIPERCINAE鱼类的LDH同工酶的比较研究

对鳜亚科9种鱼类的LDH同工酶进行了比较研究。结果表明9种鱼的LDH同工酶表型具有明显的种间差异;同种的个体及性别之间没有明显差异。根据LDH同工酶表型所得的分类结果与形态分类基本一致。鉴于9种鱼具有基本相同的相对迁移率,提出鳜亚科的种类可能是单系起源。在暗鳜(Siniperca obscura Nichols,1930);鳜(S.chuatsi Basilew-sky,1855)的晶体里,发现了C基因控制的区带,暗鳜、斑鳜(S.scherzeri Steindachner,1892)及大眼鳜(S.knerni Garmar,1912)的肝组织中酶谱存在多态现象。

栉孔扇贝16S rRNA基因片段序列的多态性研究

采用PCR技术扩增了栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)线粒体DNA的 1 6SrRNA基因片段 ,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序 ,得到 634bp的核苷酸序列 ;分析了该片段的大连、烟台、青岛、朝鲜 4个自然群体 31个个体的核苷酸序列多态性 ,共检测到 2 6个多态性核苷酸位点、1 8种单倍型。结果表明 ,4个群体中以朝鲜群体遗传多样性最高 ,其次为烟台、青岛群体 ,大连群体最低 ;

三疣梭子蟹线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段序列的比较研究

本文采用 PCR扩增和序列测定等技术 ,对三疣梭子蟹 (Portunustrituberculatus)线粒体DNA1 6Sr RNA和 COI基因片段进行了初步研究。经 PCR扩增和序列测定 ,分别得到 1 6Sr RNA和 COI2个基因片段的碱基序列 ,其中 1 6Sr RNA基因片段的大小为 566bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 35.1 6% ,34.45% ,1 2 .37%和 1 8.0 2 % ;COI基因片段的大小为 658bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 36.63% ,2 6.44% ,2 0 .52 %和 1 6.41 %。在 2种基因片段中 ,AT含量均明显高于 GC含量 ,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的 1 6Sr RNA和 COI基因片段研究结果相似。通过对三疣梭子蟹 1 6S r RNA和 COI2个基因片段遗传特征的研究 ,发现其种内变异较低 ,在 3个样本中 1 6Sr RNA基因片段序列完全一样 ,COI基因片段中也只有 2个 T/ C位点转换。另外 ,比较本研究所得序列与 Gen Bank中梭子蟹科 5个属的 1 6Sr RNA基因片段序列后 ,发现其聚类结果与传统分类相一致。

3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

对3种蛏类大竹蛏(Solen grandis),长竹蛏(Solen strictus)和小刀蛏(Cultellus attenuatus)的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究.得到的序列总长度分别为472～481bp(16S)和658bp(COI).3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例(16S rRNA基因62.1%;COI基因62.8%).对位排序比较表明,16S rRNA片段种内个体间变异较小,3种类间存在128个碱基变异位点(其中包括127个简约信息位点)和5个插入/缺失位点,总共12个碱基长;COI片段有200个碱基存在变异,其中包括191个简约信息位点,不存在任何插入/缺失位点.数据分析结果表明16S rRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0.0856和0.1712,两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0.3054,0 2798和0.2662,0.2933.作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平,结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点.3种蛏类线粒体16S rRNA和COI基因在种间明显的多态性,证实了16S rRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析.

栉孔扇贝核糖体DNA转录间隔子序列研究及其潜在应用(英文)

以相应引物PCR扩增栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子 (ITS - 1和ITS - 2 ) ,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序 ,分别得到了 340bp和 510bp的碱基序列 ,序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T、G、C含量在ITS - 1分别为 32 .0 6 % ,2 0 .59% ,2 2 .35%和2 5.0 0 % ,在ITS - 2分别为 30 .0 0 % ,2 1.37% 2 4 .12 %和 2 4 .51%。这两个变异性较大的序列在扇贝种群中应用潜力很大 ,可广泛用于种内群体间遗传变异研究、种质鉴别及系统学研究。

真鲷消化道的组织学和形态学研究

采用扫描电镜和光镜技术对真鲷的消化道进行了组织学和形态学研究。具发达颌齿的口咽腔之后，真鲷消化道由分化明显的食道、胃、小肠和直肠构成。口咽胶粘膜表面为复层上皮，其中含有林状细胞和味营，表层细胞具徽褶（脊）；食道粘膜也衬着复层上皮，由表层具微褶（脊）的扁平细胞、中层的杯状细胞及底部的基底细胞组成，食道粘膜部分区域衬着单层柱状上皮；胃V形，粘膜表层为单层住状上皮，贲门部和盲囊部上皮下有一厚层胃腺组织；肠道短，相对长度为0．6左右，小肠上皮为具微绒毛的单层柱状上皮，直肠上皮为假复层上皮，两者上皮中均散布较多的杯状细胞。讨论了真鲷消化道组织学特征与消化、吸收的关系，认为真鲷消化道具典型动物食性消化道特征。

魁蚶核糖体DNA基因转录间隔区的序列特征

以相应引物PCR扩增魁蚶(Scapharcabroughtonii)的核糖体转录间隔子ITS 1和ITS 2片段,测序后得到长度分别为461bp和533bp的核苷酸序列(含引物)。其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为21 91%、24 73%、28 20%和25 16%(ITS 1),27 02%、25 52%、25 52%和21 95%(ITS 2)。将这2个片段与其他双壳贝类的相应片段进行比较,发现ITS 1和ITS 2引物在贝类中具有良好的通用性。比较几种贝类的ITS 1片段发现有1～100bp长度不等、弥散状态的插入/缺失;对5种蚶科贝类的ITS 2相应片段进行比较,发现中间有75bp的保守区域,与本研究在魁蚶ITS 2群体序列研究中观察到的情况相同。

山东沿海褶牡蛎与太平洋牡蛎等位基因酶的遗传变异

采用水平淀粉凝胶电泳技术研究了山东沿海莱州 (LZ)、俚岛 (LD)和青岛 (QD)三地褶牡蛎自然群体以及荣成的太平洋牡蛎 (TP)养殖群体的等位基因酶遗传变异。进行测试的 9种酶中共检测到 2 0个位点。LZ与QD群体的多态位点比例为 6 0 .0 % ,其余两群体均为 5 5 .0 %。LZ、LD、TP和QD各位点平均有效等位基因数分别为 1.42 2± 0 .16 5、1.2 38± 0 .0 85、1.2 0 7± 0 .0 86和 1.32 6± 0 .119。平均杂合度观察值分别为 0 .2 16± 0 .0 5 0、0 .16 5± 0 .0 36、0 .139± 0 .0 34和 0 .195± 0 .0 42。结果表明 ,LZ和QD群体的遗传变异水平高于LD和TP群体。同时 ,各群体中普遍存在杂合子缺失现象。太平洋牡蛎群体与其它三个褶牡蛎群体的遗传距离很小 ,甚至小于莱州和青岛的两个褶牡蛎群体间的遗传距离 0 .0 5 0 0 ,尤其是与俚岛褶牡蛎群体遗传相似度最大 ,遗传距离小于其它各群体之间的距离 ,仅为 0 .0 0 99。

6种舌鳎亚科鱼类ITS1序列长度多态性及系统分析

利用核糖体第一内转录间隔区(ITS1)对舌鳎亚科(Cynoglossinae)6种鱼类进行系统分析,发现舌鳎亚科ITS1区具有明显的序列长度多态性(404—744bp),序列长度分为三种类型,分别为404—405bp、462—463bp以及741—744bp,同一长度类型的不同种类间序列高度相似,平均遗传距离分别为0.00248、0.00217和0.00169,而不同类型间序列差异显著,平均遗传距离最小为0.38453。分析表明,序列长度多态性可能与物种分化时间有关。采用NJ(neighbour-joining)法及MP(maximum parsimony)法构建分子系统树,结合形态学特征及GenBank中的线粒体DNA序列进行分析,表明紫斑舌鳎(Cynoglossus purpureomaculatus)与短吻三线舌鳎(C.abbreviatus)可能为同物异名。另外,舌鳎属(Cynoglossus)的中华舌鳎(C.sinicus)与须鳎属(Paraplagusia)的日本须鳎(Paraplagusia japonica)聚为一支,舌鳎属中三线舌鳎亚属(Areliscus)的长吻红舌鳎(C.lighti)与拟舌鳎亚属(Cynoglossoides)的少鳞舌鳎(C.oligolepis)聚为一支,与形态分类学的观点不一致,值得进一步研究。

海湾扇贝(Argopecten irradians)金属硫蛋白基因的克隆与分析

金属硫蛋白是一种普遍存在于生物体内的低分子量、半胱氨酸含量丰富、易于被外界刺激诱导的金属结合蛋白。采用表达序列标签法,结合cDNA末端快速扩增技术,首次获得了海湾扇贝金属硫蛋白(AiMT)的全长cDNA序列。该序列全长787bp,5′UTR(UntranslatedRegion)为79bp,3′UTR为270bp,开放阅读框(OpenReadingFrame,ORF)长度为438bp,可编码145个氨基酸。在其编码的氨基酸序列中半胱氨酸含量丰富,甘氨酸含量也较高,芳香族氨基酸含量低,不含组氨酸,存在有无脊椎动物和软体动物金属硫蛋白的特征序列CKCXXX-CXCX,C-末端的氨基酸序列也符合软体动物金属硫蛋白标签序列C-x-C-x(3)-C-T-G-x(3)-C-x-C-x(3)-C-x-C-K。序列特征分析表明,该序列具备金属硫蛋白的典型特征,是金属硫蛋白家族的成员。

黄海蓝点马鲛mtDNA D-loop序列变异分析

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对山东半岛南岸水域的蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)群体(n=20)的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了大小约为500 bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了410bp的核苷酸片段(除去引物及部分端部序列)。用Genedoc软件进行排序比较,在这20个个体中,共检测到54个变异位点,包括2个碱基缺失、1个碱基插入、43个转换位点、7个颠换位点及2个转换与颠换同时存在的位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA和NJ系统树。用DNASP软件计算出的多态位点数(S)为54、核苷酸多样性(P_i)和平均核苷酸差异数(K)分别为0.0271和11.047。研究结果表明,蓝点马鲛的mtDNA D-loop基因个体变异程度较大,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。

褐牙鲆(♀)、夏鲆(♂)及其杂交子一代线粒体16S rDNA序列遗传特性的初步研究

以线粒体16S rRNA基因部分片段为代表研究雌褐牙鲆Paralichthys olivaceus、雄夏鲆P. dentatus及其杂交子一代间线粒体DNA的遗传特性。母本与父本序列差异较大,属种间差异,在590个位点中有28个变异位点,而且全部为简约信息位点。使用同一对引物扩增亲本与杂交子代,在杂交子代中未检测到父本的线粒体DNA类型,11个处于两种生长阶段的杂交样本仅检测到一种单倍型,而且与母本的一个单倍型为同一种,表明褐牙鲆与夏鲆杂交线粒体DNA遵循母系遗传规律。

COⅠ和16S rRNA基因序列在鳎科(Soleidae)鱼类种类鉴定中的适用性研究

文中探讨了线粒体COⅠ(线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ)和16S rRNA基因片段的遗传特性及其在鳎科鱼类种类鉴定和系统演化中的适用性。通过测序和下载GenBank中的相关数据,分别获得了鳎科14属24种鱼类的65个个体的COⅠ基因片段以及14属23种鱼类的62个个体的16S rRNA基因片段。从碱基组成来看,除北海牛舌鳎(Buglossidium luteum)的16S rRNA序列中A+T含量为49.8%以外,其余种类的A+T含量均高于50%。COⅠ片段的碱基变异比例(约占45.5%)略高于16S rRNA片段(约占44.3%)。序列变异程度分析表明,COⅠ基因在种内和属内种间的平均K2P遗传距离分别为0.33%和19.91%,而16S rRNA的相应值分别为0.26%和7.19%。前者种内和种间的遗传差异约为60倍(个别最小相差19倍),符合Hebert的相差10倍的物种鉴定标准;后者种内和种间的差异也有28倍(个别最小差值为5倍)。因此,COⅠ和16S rRNA序列均适用于鳎科鱼类的种类鉴定。另外,2种基因片段的遗传距离在不同分类阶元的分布上存在重叠,由于COⅠ序列的遗传距离重叠区域存在于较高的阶元之间(种间、属、科),而16S rRNA序列的重叠区域存在于较低的阶元之间(种内、种间、属)。因此,在应用这2个片段做系统演化研究时,应根据研究的不同系统水平需要选择适当的分子标记。