新型冠状病毒快速检测标本前处理方法改良及其效果评价

目的:改良新型冠状病毒(SARS-CoV-2)标本前处理检验方法,并评价其效果。方法:收集90例SARS-CoV-2阴性标本和30例SARS-CoV-2阳性标本,按检验方法分为传统组、改良1组和改良2组。传统组标本采用胍盐联合56℃、30 min水浴方式灭活、单管震荡、标本去编号和单手开盖方式检验;改良1组采用胍盐灭活、单管震荡、标本去编号和单手开盖方式检验;改良2组采用胍盐灭活,上下、左右和180度角的方式整批震荡,标本去编号及单手开盖方式检验。采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测各组标本的循环阈值(Ct)和检出时间,Spearman相关分析法分析组间Ct值的相关性,Blank-Altman法进行一致性检验,记录各组标本SARS-CoV-2检出时间。结果:改良1组Ct值与传统组Ct值具有强相关性(P<0.01),相关系数(r)=0.9754(0.9662—0.9821);改良2组与传统组的Ct值具有强相关性(P<0.01),r=0.9862(0.9809—0.9900)。改良1组与传统组检测SARS-CoV-2阴性标本的组间偏差为0.1582(-0.6137—0.9301),检测SARS-CoV-2阳性标本的组间偏差为0.1170(-0.4031—0.6371),改良1组与传统组呈良好的一致性;改良2组与传统组检测SARS-CoV-2阴性标本的组间偏差为0.0157(-0.5504—0.5818),检测SARS-CoV-2阳性标本的组间偏差为0.0227(-0.4541—0.4994),改良2组与传统组呈良好的一致性。改良1组90例SARS-CoV-2标本检出时间为15 min,改良2组90例SARS-CoV-2标本检出时间为10 min,传统组90例SARS-CoV-2标本检出时间为45 min。与传统组比较,改良1组检出时间可减少约67%,改良2组可减少约11%。结论:改良的SARS-CoV-2标本检验方法与传统检验方法具有强相关性和良好一致性,可节约核酸检测时间,提高SARS-CoV-2核酸检测效率。

基于生物信息学筛选肝细胞癌年轻患者特有关键枢纽基因及其临床意义

目的:运用生物信息学方法筛选年轻肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者特有的关键枢纽基因(Hub gene),并探索其生物学和临床意义。方法:从GEO芯片数据集GSE45267获取年轻(确诊HCC时年龄≤40岁)和年老(确诊HCC时年龄>40岁)组的HCC组织及正常肝组织数据信息,通过GEO2R和Venn图工具筛选两组的HCC组织相对正常肝组织差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),运用STRING和Cytoscape软件构建年轻组特有差异表达基因的蛋白互作网络并筛选关键Hub基因及显著模块。利用GEPIA数据库对关键基因进行验证,并通过Kaplan–Meier分析相关HCC患者总生存期。最后应用DAVID对年轻组特有基因及年轻与年老组共有DEGs进行GO富集分析和KEGG通路分析比较。结果:筛选出年轻组特有117个上调、179个下调DEGs,构建PPI网络选取出10个连接度最高的基因为Hub基因,其中7个Hub基因集中于第一模块。GEPIA验证与Kaplan–Meier生存分析提示TYMS、CDC6、BUB1、TPX2、OIP5、KIF23等6个表达上调的Hub基因可能与年轻HCC癌患者的不良预后相关。功能富集分析显示年轻HCC特有DEGs主要参与ATP结合等生物学过程,并主要富集到了细胞周期S期;年轻与年老组共有DEGs主要参与环氧酶P450、细胞分裂等生物学过程,并主要富集到细胞周期G2/M期。结论:本研究鉴定出6个在年轻HCC患者肿瘤组织中特有的显著上调且提示预后不良的Hub基因,可能成为年轻HCC患者潜在的治疗和预后预测靶点。