汉滩病毒糖蛋白Gn的T细胞表位预测及其跨种属验证

目的筛选、鉴定并验证汉滩病毒(HTNV)包膜糖蛋白-N末端(Gn)上的免疫反应性表位。方法通过UniProt数据库获取HTNV 76-118株Gn蛋白序列。采用IEDB、SMMPMBEC、NetMHCpan 4.1、SYFPEITHI、Rankpep算法预测表位亲和力,VaxiJen v2.0分析免疫原性,Blastp工具计算保守性,HPEPDOCK和EpiDOCK模拟pMHC对接,TBtools进行双向聚类分析,酶联免疫斑点(ELISpot)实验评价表位细胞免疫反应性。结果通过UniProt数据库获得了HTNV 76-118株Gn蛋白序列(PRO_0000036816)。整合5种亲和力算法,在小鼠H-2亚型中获得了61个优势表位,在人主要组织相容性复合物(MHC)-Ⅰ亚型中得到234个优势表位,MHC-Ⅱ亚型中得到212个优势表位;VaxiJen筛选分别获得H-2、MHC-Ⅰ、MHC-Ⅱ亚型强免疫原性优势表位23、110、42个;进一步采用Blastp筛选获得高亲和力、强免疫原性、种间种内保守的MHC-Ⅰ类限制性表位3个,MHC-Ⅱ类限制性表位81个。双向分层聚类分析揭示了小鼠H2-d、H2-b和部分人类白细胞分化抗原(HLA)在提呈HTNV Gn表位上的相似性。ELISpot验证了5个表位具有较强的诱导脾细胞分泌γ干扰素(IFN-γ)的能力。结论预测并验证了HTNV Gn上的细胞免疫反应性表位,证实在MHC提呈中病毒抗原存在跨基因、种属、物种的交叉免疫反应性,为预防肾综合征出血热(HFRS)提供了新思路。

汉滩病毒Gc的细胞免疫反应性评估和验证

目的筛选、鉴定并验证汉滩病毒包膜糖蛋白C末端(Hantaan virus glycoprotein C-terminal,HTNV Gc)上免疫反应性表位。方法在预测覆盖率超过全球98%人群主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC)基因基础上,通过免疫表位数据库(Immune Epitope Database,IEDB)、丹麦技术大学(Technical University of Denmark,DTU)等免疫信息学前沿算法系统分析HTNV Gc上9肽和15肽表位的亲和力,使用Vaxijen工具分析免疫原性,使用Blastp工具分析种间种内保守性;双向层次聚类比较MHC-Ⅰ类和Ⅱ类限制性表位的交叉免疫反应性;使用分子对接模拟出优势表位与MHC对接的可能结果;通过酶联免疫斑点(ELISpot)实验验证计算机分析结果。结果将多种生物信息学算法结果整合后,获得高亲和力、种间种内保守和强免疫原性的9肽和15肽表位,分别为8和80个,其中人鼠共同优势表位8个;聚类分析证明H-2基因型与HLA基因型存在部分相似;分子对接结果模拟出下优势表位与多个MHC基因型对接良好,且与亲和力分析结果一致;在非优势表位对比下,优势表位组小鼠脾细胞分泌IFN-γ的量更高。结论使用多种生物信息学算法成功筛选出HTNV Gc上优势表位,并通过ELISpot实验鉴定了上述表位的细胞免疫反应性。

汉滩病毒糖蛋白免疫反应性表位研究进展

汉坦病毒在我国主要导致肾综合征出血热,以高感染率、高病死率严重危害公共健康。由于灭活疫苗存在免疫效力欠佳和免疫靶标脱失等问题,近期研究方向主要聚焦蛋白的免疫反应性表位。表位是抗原分子的主要功能单位,可有效刺激机体的细胞免疫和体液免疫。随着免疫学和生物信息学技术的发展,研究具有免疫反应性抗原表位的技术不断完善。本文总结了近年来关于汉滩病毒糖蛋白表位的研究,从方法和应用2个方面进展进行简要综述,并总结当前表位研究所存在的问题,为肾综合征出血热的预防和治疗提供指导。

扎伊尔埃博拉病毒糖蛋白泛MHC Ⅱ限制性表位预测及验证

目的生物信息学预测获得埃博拉病毒(EBOV)糖蛋白泛主要组织相容性复合体Ⅱ(MHCⅡ)限制性优势表位,分析其特征并筛选鉴定可用于疫苗研制的候选对象。方法通过IEDB分析预测EBOV糖蛋白的优势表位,并对优势表位进行聚类分析,保守性分析和分子对接。同时,利用编码糖蛋白DNA的质粒pVAX-GP免疫小鼠,酶联免疫斑点试验(ELISpot)验证预测获得的表位。结果在构成人群覆盖率达99%的人类白细胞抗原Ⅱ(HLAⅡ)超家族限制性15表位肽预测中筛选获得19个优势表位,H-2筛选获得13个优势表位。ELISpot结果显示pVAX-GP可诱导小鼠脾细胞产生针对合成优势表位的细胞免疫反应,其中表位LFLRATTELRTFSIL和GYYSTTIRYQATGFG在C3H小鼠体内具有显著激活细胞免疫反应的效果。保守性分析结果中存在种间和种内均保守的优势表位,不存在种内不保守而种间保守的优势表位。分子对接显示实验鉴定的两条优势表位可在人HLAⅡ类超家族分子中均可获得良好的对接分数,进一步肯定其在人群免疫中应用的可行性。结论多肽LFLRATTELRTFSIL和GYYSTTIRYQATGFG可作为EBOV表位疫苗的候选表位。