高通量测序技术在线虫多样性研究中的应用

土壤线虫多样性是土壤生态学研究的热点之一,然而对土壤线虫群落组成及多样性的研究通常受到分类学和方法学的限制。当前,分子生物学技术的快速发展丰富了我们对土壤线虫多样性的认识,但也存在一定的局限性。本文综述了常用分子生物学技术如变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)、末端限制性片段长度多态性分析(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)、实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)和高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)技术近年来在线虫多样性研究中的应用,重点从土壤线虫DNA提取方法、引物和数据库的选择、高通量测序技术和形态学鉴定结果的比较等方面阐述了高通量测序技术在线虫多样性研究中的优势与不足,并提出选择合适的线虫DNA提取方法结合特定引物和数据库进行注释分析,仍是今后使用高通量测序技术开展线虫多样性研究的重点。当研究目标是土壤线虫多样性时,优先推荐富集线虫悬液提取DNA的方法,因此,研究人员应根据具体目标选择最优组合开展实验研究。