鸡爪槭种下分类群的DNA条形码筛选

槭属鸡爪槭（Acer palmatum Thunb.）是北温带广泛分布的一类园艺观赏树种,由于频繁的种内杂交渐渗导致其种下分类群的形态性状特征趋同,致使传统的形态学分类难以准确鉴定,新兴的DNA条形码技术为快速、准确的鉴定鸡爪槭种下分类群提供了新的思路。本研究采用5个叶绿体DNA片段（rpl16、psbA-trnH、trnL-trnF、rbcL、matK）和核基因组ITS片段,运用PWG-distance和Tree-Building两种方法对鸡爪槭的8个分类群共32个个体进行DNA条形码分析。结果显示,单个叶绿体基因组片段（分辨率为0%~25%）或核rDNA ITS片段（12.5%）的分辨率较低,不同组合的叶绿体DNA片段（0%~62.5%）、叶绿体片段与核rDNA ITS片段（12.5%~50%）的分辨率则相对较高。其中,rpl16＋psbA-trnH＋trnL-trnF片段组合的分辨率最高（62.5%）,较为符合DNA条形码快速、准确鉴定的要求,因此建议将其作为鸡爪槭种下分类群鉴定的DNA条形码。

掌叶覆盆子及其变种甜茶的质体基因组比较研究

掌叶覆盆子Rubus chingii和甜茶R.chingii var.suavissimus是优质的“药食同源”特色植物,经济效益显著,发展前景广阔。为探讨掌叶覆盆子及其变种甜茶的遗传结构及进化特征差异,该研究利用Illumina HiSeq XTen测序平台对2物种质体全基因组进行测序、组装、注释和特征分析,并采用生物信息学方法对其进行比较基因组分析和系统发育分析。结果表明,掌叶覆盆子和甜茶质体基因组呈现典型的环状四分体结构,由1个大单拷贝区(large single copy region,LSC)、1个小单拷贝区(small single copy region,LSC)和1对反向重复序列区(inverted repeat regions)组成。经比较分析,共鉴定出56个SSR位点,大部分由A和T组成。2个物种IR区边界基因结构保守,仅个别碱基差异。同时识别出3个高变区域:rps16⁃trnQ⁃psbK、trnR⁃at⁃pA和trnT⁃trnL,可作为潜在鉴定标记在未来进一步开发利用。基于最大似然法(maximum likelihood)与贝叶斯算法(Bayesian inference)所构建的系统发育分析结果显示,掌叶覆盆子和甜茶聚为一支,支持率达100%,两者最近缘物种为三花悬钩子R.trianthus。该研究从质体基因组层面上明确了两者间的遗传差异,以上结果将为后续的物种保护与开发利用奠定基础。