儿童肺炎支原体23S rRNA基因位点突变检测分析

目的了解儿童肺炎支原体(MP)大环内酯类耐药基因(23SrRNA)位点突变,以及与临床资料的相关性。方法收集该院354份肺炎患儿的呼吸道标本,采用实时荧光定量PCR法检测MP及23SrRNA位点突变(A2063G或/和A2064G)情况,并将MP阳性患儿分成位点突变组和未突变组,比较两组之间的临床资料。结果 354份呼吸道标本中,166份检测为MP阳性(46.9%),且135份MP阳性标本中存在23SrRNA基因位点突变(阳性检出率81.3%),31份未检测到23SrRNA基因位点突变。分析突变组和非突变组的临床资料发现两组在年龄和性别方面比较差异无统计学意义(P>0.05),但突变组的重症肺炎和肺外并发症发生率高于未突变组(P<0.05),且平均住院时间和平均发热时间均较未突变组长(P<0.05)。结论 MP 23SrRNA基因位点突变的较高检出率提示MP对大环内酯类耐药率较高,这为临床MP的感染、治疗提供一定的参考依据。

精益管理对急诊生化标本周转时间的影响

目的研究精益管理对急诊生化标本周转时间(TAT)的影响。方法通过标准化操作、5S现场管理、评估仪器批量处理和人工单件流的效率、可视化管理,比较优化前后各阶段耗时、急诊生化标本TAT合格率、标本TAT超时较集中时间段的不合格率和标本采集不合格率。结果标本签收-标本入库、报告结果 -审核发布、标本入库-报告结果 3个阶段优化前耗时中位数(四分位数间距)分别为30(35)min、7(13)min、17(8)min,优化后分别为16(19)min、5(9)min、16(7)min;标本签收-标本入库、报告结果 -审核发布阶段优化前后差异有统计学意义(P均<0.01),标本入库-报告结果阶段优先前后差异无统计学意义(P>0.05);TAT总耗时分别为63(51)min、46(33)min,差异有统计学意义(P<0.05);TAT合格率从86.00%上升到95.37%(P<0.01);标本TAT超时较集中时间段的不合格率从3.42%下降到1.00%(P<0.01);不合格标本从优化前的0.24%下降到了优化后的0.17%(P<0.01)。结论临床实验室可通过精益管理提高流程效率,减少和避免差错的发生,缩短急诊生化TAT。

支部党建工作与人才队伍建设深度融合的研究和实践

文章以党管人才为切入点,重点研究医疗部门人才培养模式的需求。对支部党建工作与人才队伍建设深度融合问题进行了研究,并列举了问题应对策略和实践成效。

儿童伯基特淋巴瘤中差异表达基因的鉴定及临床应用

目的:分析儿童伯基特淋巴瘤(Burkitt lymphoma,BL)组织与正常淋巴结组织中磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositide3-kinase,PI3K)信号通路、核因子κB(nuclear factor kappa B,NF-κB)信号通路及RAS/RAF信号通路等相关基因在mRNA及蛋白水平上的表达差异,探讨这些基因及相关信号通路与BL发生、发展间的关系,鉴定可用于BL临床诊断、治疗的特异性分子靶标。方法:收集18例儿童BL的组织切片和20例无癌变儿童淋巴结组织(对照)切片,用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)分析上述信号通路相关基因mRNA水平的表达情况,并用免疫组组化学技术进行蛋白水平表达的分析验证。结果:与对照相比,MYC、TCF3、ID3、CCDN3、CDK6、CDK4、NRAS、RAF1等基因及相应的蛋白在肿瘤组织中高表达,而一些NF-κB信号转导通路目的基因(如BCL2、CD44、CCND2、C-FLIP、A20)表达则受到抑制(P<0.05)。c-MYC基因易位伴BCL2表达(BCL2+)的儿童BL患者其血清乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)水平升高(P<0.05)。结论:MYC、TCF3、CCND3、CDK6、NRAS和RAF1等基因在儿童BL中高表达,可作为临床BL诊断和治疗监控的分子靶点;c-MYC基因易位伴BCL2+在儿童BL中与高LDH水平相关,其提示患儿具有较晚的肿瘤分期、较大的肿瘤负荷及不良的预后,可作为临床辅助诊断BL的重要分子指标。

对乳头状甲状腺癌临床分子靶标的筛选

目的:通过对比分析乳头状甲状腺癌(papillary thyroid cancer,PTC)和癌旁组织中NF-κB信号通路相关基因的差异表达,以及52个实体瘤相关基因的突变情况,鉴定与PTC临床诊断治疗相关的肿瘤特异性分子靶点。方法:分别提取20例PTC石蜡样本的癌与癌旁组织的RNA及DNA,运用定量反转录聚合酶链式反应(quantitative reverse transcription PCR,qRT-PCR)分析NF-κB信号通路目的基因CD44、BCL2、CCND2、c-FLIP、IκBα、A20及ABINs的RNA水平表达,并用免疫组化方法进行蛋白水平表达验证。同时利用靶向二代测序(next generation sequencing,NGS)对其中5例随访复发病例的肿瘤相关基因的突变情况进行全面分析筛选。结果:PTC癌组织中CD44和CCND2基因在RNA和蛋白水平的表达均显著高于癌旁组织。在有淋巴结转移和无淋巴结转移的PTC间,各NF-κB目的基因的表达量差异均无统计学意义。在基因水平,ALK、BRAF、FGFR3/4、KIT、MYC及MAPK信号通路的HRAS、KRAS、NRAS及RET是PTC中的高频突变基因。有2例病例分别含35个和40个突变基因,存在很大肿瘤负荷,结合临床数据发现均为术后复发患者。常见的BRAF V600E突变并非都是体细胞突变(64%),也可为胚系突变(29%);用NGS和qPCR同时检测验证V600E时,2种方法检出结果的相符率达80%。结论:CD44和CCND2基因在乳头状甲状腺癌癌组织中高表达,BRAF、RAS、FGFRs、KIT和MYC等基因的肿瘤特异性突变可能作为临床上对PTC患者实施个体化治疗所需的分子靶点。NGS和qPCR技术对BRAF V600E检测具有很高平行性,联合应用可提高检出率。

新型冠状病毒流行前后上海单中心住院儿童常见呼吸道病毒及非典型病原体感染变化

目的了解SARS-CoV-2流行后,疫情常态化防控措施对本地区住院儿童其他呼吸道感染病原体的影响。方法纳入上海市儿童医院2019年8月1日—2022年2月28日,临床诊断为急性呼吸道感染(acute respiratory tract infections,ARTIs)的住院患儿咽拭子标本6020例。使用多重PCR与毛细电泳法对11种与ARTIs相关的病毒与非典型病原体进行检测。以2019年8—12月数据作为疫情前,以2020年8—12月和2021年8—12月数据分别作为疫情常态化后进行比较。以2020年3月—2022年2月的数据作为COVID-19疫情常态化后不同季节儿童呼吸道病原体进行比较,并对其流行病学进行分析。结果6020例ARTIs住院患儿标本中,病原体阳性检出率为62.34%(3753/6020)。其中人鼻病毒(human rhinovirus,HRV)检出率最高,为22.76%(1442/6020),其次为人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus,HRSV)为16.05%(966/6020)。2019年、2020年和2021年的8—12月单个呼吸道病原体检出率依次为87.94%(569/647)、66.21%(480/725)、60.33%(1075/1782),混合感染率依次为25.66%(166/647)、9.93%(72/725)、8.87%(158/1782),呈逐年下降趋势(χ^(2)=165.19和127.79,P<0.01)。相较疫情前,人偏肺病毒(human metapneumovirus,HMPV)、HRV和人副流感病毒(human parainfluenza virus,HPIV)2020年检出率最高,分别为4.97%(36/725)、34.21%(248/725)和14.48%(105/725)(χ^(2)=26.16、42.04和60.52,P<0.01);HRSV 2021年检出率最高,为21.72%(387/1782)(χ^(2)=44.26,P<0.01)。2020年3月—2022年2月疫情常态化后,2020年病原体检出率为64.49%(1340/2078),显著高于2021年的57.48%(1771/3081)(χ^(2)=25.43,P<0.01)。其中2020年春季仅检出肺炎支原体和人冠状病毒两种呼吸道病原体,HRV、人腺病毒和HPIV从夏季开始检出,乙型流感病毒从2021年春季开始检出,甲型流感病毒仅在2020年检出1例,其余呼吸道病原体从2020年秋季开始检出。混合感染病原体以HRV+HRSV为主。结论SARS-CoV-2流行后采取的一系列防控措施导致上海地区住院儿童呼吸道病原体检出率和流行病学发生变化。COVID-19疫情常态化后,严格的疫情防控措施取消可导致部分病原体(HMPV、HRV、HPIV和HRSV)的感染暴发,临床需警惕儿童其他呼吸道病原体感染的暴发。

血浆和外周血单个核细胞中EBV DNA载量在儿童EBV感染相关疾病中的临床意义

目的探讨血浆和外周血单个核细胞(PBMCs)中人疱疹病毒4型(EBV)DNA载量在儿童EBV感染相关疾病诊断及预后评估中的价值。方法回顾性分析上海市儿童医院2019年4月至2020年12月采用实时荧光定量PCR技术分别进行外周血PBMCs及血浆EBV DNA检测的456例EBV感染住院患儿以及2306例健康儿童的病毒载量,并分析其与儿童EBV感染相关疾病的关系。EBV感染组中,男253例,女203例,年龄在8个月至16岁;健康对照组中,男1267例,女1039例,年龄在8 d至16岁。运用卡方检验比较计数资料组间率的变异,Mann-Whiteny秩和检验比较拷贝数组间,并采用Pearson检验分析EBV DNA拷贝数对数的相关性。结果EBV感染相关疾病以传染性单核细胞增多症最常见占73.68%(336/456)。EBV感染组中EBV DNA在血浆中检出率为91.89%(419/456),在PBMCs中检出率为99.34%(453/456),在血浆或PBMCs至少1种标本中检出率为100%(456/456);健康对照组血浆检出率为1.13%(26/2306),PBMCs检出率为30.01%(715/2306)。儿童EBV感染相关各疾病组(传染性单核细胞增多症、急性感染、肺炎、移植后淋巴增殖性疾病、噬血细胞综合征、扁桃体炎和淋巴结炎)与健康对照组的血浆和PBMCs中EBV DNA载量均有显著差异(血浆Z值分别为-47.18,-34.41,-33.40,-31.71,-24.38,-20.86和-20.59;PBMCs Z值分别为-33.17,-16.45,-11.33,-9.45,-5.57,-5.16和-5.45;P<0.05)。传染性单核细胞增多症组治疗缓解期的血浆和PBMCs中EBV DNA载量显著低于感染期(Z值分别为-11.45和-8.53,P<0.05);移植后淋巴增殖性疾病组血浆在感染期和缓解期EBV DNA载量有显著差异(Z=-4.13,P<0.05),而PBMCs中EBV DNA载量则无显著差异(Z=-0.817,P>0.05)。结论EBV感染以传染性单核细胞增多症为主,血浆和PBMCs中EBV DNA载量可作为EBV感染相关疾病有诊断价值的指标,两者联合检测可能有助于提升EBV感染的诊断能力。

上海单中心急性胃肠炎患儿感染诺如病毒的基因特征分析

目的了解上海地区急性胃肠炎患儿感染诺如病毒(norovirus,NoV)的基因特征情况。方法收集2018年10月至2019年9月上海市儿童医院门急诊急性胃肠炎患儿的粪便标本709份,采用实时荧光RT-PCR方法对NoV进行初筛,使用普通RT-PCR方法,分别用VP1、RdRp区和跨RdRp-VP1区引物对部分NoV阳性标本进行分型鉴定。应用SPSS20.0统计学软件进行数据处理,并使用生物信息学软件对NoV基因序列进行同源性、系统进化及重组性分析。结果经实时荧光RT-PCR检测,709份粪便标本中NoV阳性的标本为265份,阳性率为37.4%(265/709)。基于NoV RdRp和VP1区的测序分析,NoV阳性标本中共检出7种不同的基因型,分别为GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.P12-GⅡ.3、GⅡ.Pe-GⅡ.4_Sydney 2012、GⅡ.P7-GⅡ.6、GⅡ.P8-GⅡ.8、GⅡ.P21-GⅡ.13和GⅡ.P17-GⅡ.17型,其中以GⅡ.P16-GⅡ.2型所占比例最高,为30.6%(34/111),其次为GⅡ.Pe-GⅡ.4_Sydney 2012型(27.0%,30/111)和GⅡ.P12-GⅡ.3型(24.3%,27/111)。本研究发现2株新的NoV重组株GⅡ.P21-GⅡ.13,其重组位点位于ORF1/ORF2的交接区。NoV在每个月份皆有流行,但每个月份的主导基因型不尽相同。男女患儿的NoV阳性检出率差异无统计学意义(P=0.329),而不同年龄组患儿的NoV阳性检出率差异有统计学意义(P=0.011),以>11~12岁和>2~3岁年龄组所占比例最高。结论2018年10月至2019年9月,上海地区以GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.Pe-GⅡ.4_Sydney 2012和GⅡ.P12-GⅡ.3 NoV重组株流行为主,并发现2株新的NoV重组株GⅡ.P21-GⅡ.13散在流行。跨ORF1/ORF2的基因序列测定,有助于更好地了解NoV的基因分型和重组情况。