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玉米粒厚全基因组关联分析及全基因组选择研究
1
作者
孟窈
林绍航
+6 位作者
曾雨康
范泽辉
蒋佳乐
杜正阳
张枫毅
任姣姣
吴鹏昊
《新疆农业大学学报》
CAS
2023年第5期367-373,共7页
本研究以多亲本双单倍体(DH)群体为供试材料,结合48k液相探针捕获技术,利用Blink和Farm CPU两种全基因组关联分析(GWAS)模型对玉米粒厚进行全基因组关联分析和全基因组选择,挖掘控制粒厚的显著单核苷酸多态性位点(SNP),探讨不同训练群...
本研究以多亲本双单倍体(DH)群体为供试材料,结合48k液相探针捕获技术,利用Blink和Farm CPU两种全基因组关联分析(GWAS)模型对玉米粒厚进行全基因组关联分析和全基因组选择,挖掘控制粒厚的显著单核苷酸多态性位点(SNP),探讨不同训练群体大小、标记密度、显著SNP标记对全基因组选择(GS)预测精度的影响。结果表明,玉米粒厚遗传力为73.68%,粒厚与穗长、穗粗和果穗重等穗部性状间均存在显著性相关关系。标准线为P<3.17×10^(-5),共鉴定出11个与粒厚显著相关的稳定标记,主要分布于1、2、3、4、5和6号染色体中,其中3_195730561标记被两个模型同时检测到。鉴定到14个候选基因,其中Zm00001d032096和Zm00001d002641基因在玉米粒厚性状细胞发育中发挥重要作用。全基因组选择结果显示,当标记数量为500、训练群体占总群体70%时,即可得到较好的GS预测精度,显著SNP标记可以提高预测精度。
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关键词
玉米
粒厚
全基因组关联分析
全基因组选择
下载PDF
职称材料
联合用药对肝癌发生发展的作用
2
作者
康慧婷
朱志华
+4 位作者
陈霖
张漠
刘勃
孟窈
张巍
《吉林医药学院学报》
2020年第5期388-389,共2页
本文总结联合用药对肝癌细胞研究的进展,包括联合用药对肝癌细胞基因蛋白的影响,以及对细胞增殖、凋亡、迁移与侵袭的影响,为更好地选择用药提供依据。
关键词
肝癌细胞
联合用药
治疗
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职称材料
肠炎沙门菌噬菌体JD01的生物学特性及在污染蛋液中的杀菌潜在应用
3
作者
孟窈
李菁华
+4 位作者
黄鑫
李兆雪
黄红兰
孙玲玲
赵春燕
《中华微生物学和免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第12期1048-1058,共11页
目的从环境中分离并鉴定能特异裂解肠炎沙门菌的噬菌体,探究其生物学特性及裂解细菌功效。方法通过双层平板法分离并纯化噬菌体,透射电镜观察噬菌体形态,测定最佳感染复数、一步生长曲线、pH稳定性、温度稳定性,对噬菌体进行全基因组测...
目的从环境中分离并鉴定能特异裂解肠炎沙门菌的噬菌体,探究其生物学特性及裂解细菌功效。方法通过双层平板法分离并纯化噬菌体,透射电镜观察噬菌体形态,测定最佳感染复数、一步生长曲线、pH稳定性、温度稳定性,对噬菌体进行全基因组测序并检测其裂解细菌的功效。结果肠炎沙门菌噬菌体JD01头部为(58±3)nm的二十面体,尾部长度为(120±5)nm,带有约17 nm的薄底板,尾端有5~6个尖刺。噬菌体JD01基因组全长44880 bp,G+C含量为50.17%,预测有63个开放阅读框,无tRNA,基因比对分析和系统发育分析表明噬菌体JD01为全新噬菌体,归类于有尾噬菌体纲(Caudoviricetes),Guernseyvirinae科,Jerseyvirus属,在噬菌体基因组中均未发现已知的毒力基因和耐药基因。噬菌体JD01在70℃以下、pH为4.0~12.0的条件下存活,且裂解细菌具有属的特异性;噬菌体JD01对污染鸡蛋液中的肠炎沙门菌具有良好的杀菌效果。结论噬菌体JD01裂解性强,宿主范围广,在食品安全和控制肠炎沙门菌污染方面具有较大潜力,可以用于食品安全生物防控制剂的开发。
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关键词
肠炎沙门菌
噬菌体
生物防控制剂
基因组分析
原文传递
题名
玉米粒厚全基因组关联分析及全基因组选择研究
1
作者
孟窈
林绍航
曾雨康
范泽辉
蒋佳乐
杜正阳
张枫毅
任姣姣
吴鹏昊
机构
新疆农业大学农学院
出处
《新疆农业大学学报》
CAS
2023年第5期367-373,共7页
基金
新疆维吾尔自治区天山创新团队项目(2022D14017)
新疆维吾尔自治区自然科学基金重点项目(2022D01D34)
+3 种基金
新疆维吾尔自治区天山英才项目(2022TSYCJU0003)
新疆维吾尔自治区重大专项(2022A02003-4)
国家自然科学基金项目(32060484,U2003304,32001561)
新疆玉米产业技术体系项目(XJARS-02)。
文摘
本研究以多亲本双单倍体(DH)群体为供试材料,结合48k液相探针捕获技术,利用Blink和Farm CPU两种全基因组关联分析(GWAS)模型对玉米粒厚进行全基因组关联分析和全基因组选择,挖掘控制粒厚的显著单核苷酸多态性位点(SNP),探讨不同训练群体大小、标记密度、显著SNP标记对全基因组选择(GS)预测精度的影响。结果表明,玉米粒厚遗传力为73.68%,粒厚与穗长、穗粗和果穗重等穗部性状间均存在显著性相关关系。标准线为P<3.17×10^(-5),共鉴定出11个与粒厚显著相关的稳定标记,主要分布于1、2、3、4、5和6号染色体中,其中3_195730561标记被两个模型同时检测到。鉴定到14个候选基因,其中Zm00001d032096和Zm00001d002641基因在玉米粒厚性状细胞发育中发挥重要作用。全基因组选择结果显示,当标记数量为500、训练群体占总群体70%时,即可得到较好的GS预测精度,显著SNP标记可以提高预测精度。
关键词
玉米
粒厚
全基因组关联分析
全基因组选择
Keywords
maize
kernel thickness
genome-wide association study
genome-wide selection
分类号
S513 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
联合用药对肝癌发生发展的作用
2
作者
康慧婷
朱志华
陈霖
张漠
刘勃
孟窈
张巍
机构
吉林医药学院药学院
吉林医药学院国际交流学院
出处
《吉林医药学院学报》
2020年第5期388-389,共2页
文摘
本文总结联合用药对肝癌细胞研究的进展,包括联合用药对肝癌细胞基因蛋白的影响,以及对细胞增殖、凋亡、迁移与侵袭的影响,为更好地选择用药提供依据。
关键词
肝癌细胞
联合用药
治疗
分类号
R47 [医药卫生—护理学]
下载PDF
职称材料
题名
肠炎沙门菌噬菌体JD01的生物学特性及在污染蛋液中的杀菌潜在应用
3
作者
孟窈
李菁华
黄鑫
李兆雪
黄红兰
孙玲玲
赵春燕
机构
吉林大学基础医学院病原生物学系
出处
《中华微生物学和免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第12期1048-1058,共11页
基金
吉林省科技厅国际合作项目(20210402023GH)。
文摘
目的从环境中分离并鉴定能特异裂解肠炎沙门菌的噬菌体,探究其生物学特性及裂解细菌功效。方法通过双层平板法分离并纯化噬菌体,透射电镜观察噬菌体形态,测定最佳感染复数、一步生长曲线、pH稳定性、温度稳定性,对噬菌体进行全基因组测序并检测其裂解细菌的功效。结果肠炎沙门菌噬菌体JD01头部为(58±3)nm的二十面体,尾部长度为(120±5)nm,带有约17 nm的薄底板,尾端有5~6个尖刺。噬菌体JD01基因组全长44880 bp,G+C含量为50.17%,预测有63个开放阅读框,无tRNA,基因比对分析和系统发育分析表明噬菌体JD01为全新噬菌体,归类于有尾噬菌体纲(Caudoviricetes),Guernseyvirinae科,Jerseyvirus属,在噬菌体基因组中均未发现已知的毒力基因和耐药基因。噬菌体JD01在70℃以下、pH为4.0~12.0的条件下存活,且裂解细菌具有属的特异性;噬菌体JD01对污染鸡蛋液中的肠炎沙门菌具有良好的杀菌效果。结论噬菌体JD01裂解性强,宿主范围广,在食品安全和控制肠炎沙门菌污染方面具有较大潜力,可以用于食品安全生物防控制剂的开发。
关键词
肠炎沙门菌
噬菌体
生物防控制剂
基因组分析
Keywords
Salmonella enteritidis
Bacteriophage
Biological control agent
Genomic analysis
分类号
R378 [医药卫生—病原生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
玉米粒厚全基因组关联分析及全基因组选择研究
孟窈
林绍航
曾雨康
范泽辉
蒋佳乐
杜正阳
张枫毅
任姣姣
吴鹏昊
《新疆农业大学学报》
CAS
2023
0
下载PDF
职称材料
2
联合用药对肝癌发生发展的作用
康慧婷
朱志华
陈霖
张漠
刘勃
孟窈
张巍
《吉林医药学院学报》
2020
0
下载PDF
职称材料
3
肠炎沙门菌噬菌体JD01的生物学特性及在污染蛋液中的杀菌潜在应用
孟窈
李菁华
黄鑫
李兆雪
黄红兰
孙玲玲
赵春燕
《中华微生物学和免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
原文传递
已选择
0
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参考文献
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