目的运用网络药理学和分子对接的方法研究麻黄-苦杏仁药对治疗支气管哮喘的分子机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)查找麻黄、...目的运用网络药理学和分子对接的方法研究麻黄-苦杏仁药对治疗支气管哮喘的分子机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)查找麻黄、苦杏仁的有效成分及相关靶点,并运用Uniprot数据库对靶点进行人类基因名称标注并规范化处理。通过OMIM及GeneCards查找支气管哮喘疾病靶点。将中药的靶点与疾病靶点进行比对,找出药物与疾病的共同蛋白靶点。运用Cytoscape3.3.0构建"成分-靶点"网络,找出麻黄-苦杏仁的主要活性成分。运用String数据库对共同靶点进行蛋白相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)分析,找出关键靶点蛋白。运用Bioconductor对共同蛋白靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,预测麻黄-苦杏仁药对治疗疾病的作用机制。通过iGemdock及AutoDockTools软件对筛选出的主要活性成分与关键蛋白靶点的最优结合模式进行分子对接。结果筛选出麻黄-苦杏仁药对治疗支气管哮喘疾病的36个有效成分和80个有效靶点。其中主要活性成分8个,包括quercetin、kaempferol、luteolin、Stigmasterol、beta-sitosterol、Glabridin、(+)-catechin、naringenin。治疗疾病的关键靶点蛋白7个,分别是TP53、IL6、EGFR、VEGFA、CASP3、ESR1、MAPK8。GO功能富集共得到1591个条目,其中生物过程(BP)占比最高,达89%。KEGG通路富集分析得到127条信号通路,涉及的主要通路为TNF signaling pathway、PI3K-Akt signaling pathway、p53 signaling pathway、C-type lectin receptor signaling pathway。分子对接显示麻黄-苦杏仁药对的8个主要有效成分与7个关键靶点的最优结合模式都能完美对接。结论本研究显示了麻黄-苦杏仁药对可能通过调节TNF、PI3K-Akt、p53等信号通路来达到抗炎,降低气道高反应性以及气道上皮细胞损伤修复的功能,从而治疗支气管哮喘,也为后期实验验证提供了理论依据。展开更多
目的运用网络药理学和分子对接的方法研究苍耳子治疗过敏性鼻炎的分子机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TC-MSP)数据库查找苍耳子的...目的运用网络药理学和分子对接的方法研究苍耳子治疗过敏性鼻炎的分子机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TC-MSP)数据库查找苍耳子的有效成分及相关靶点,运用Uniprot数据库对靶点进行人类基因名称标注并规范化处理。通过在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)及GeneCards数据库查找过敏性鼻炎的疾病靶点。找出药物与疾病的共同蛋白靶点。运用Cytoscape(V 3.7.0)构建“成分-靶点”网络,找出苍耳子的主要活性成分。通过String数据库对共同靶点进行PPI分析,找出关键靶点蛋白。借助R包(ClusterProfiler)对共同蛋白靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集和(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。通过iGemdock及AutoDock Tools软件对筛选出的主要活性成分与关键蛋白靶点的最优结合模式进行分子对接。结果筛选出苍耳子有效成分7个,治疗疾病的潜在靶点15个。分子对接显示Cleomiscosin A与关键靶点TP 53、CASP 3、ESR 1、MYC、PGR都能较好结合,可能为苍耳子发挥作用最主要的物质。通过GO富集和KEGG富集发现,苍耳子可能通过甲状腺激素信号通路、p 53信号通路及PI 3 K-Akt信号通路来达到调节上皮细胞及控制神经胶质细胞的凋亡,从而达到治疗过敏性鼻炎的作用。结论本研究显示了苍耳子可能通过对T细胞和上皮细胞的调控来达到治疗过敏性鼻炎的目的,也为后期实验验证提供了理论依据。展开更多
文摘目的运用网络药理学和分子对接的方法研究麻黄-苦杏仁药对治疗支气管哮喘的分子机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)查找麻黄、苦杏仁的有效成分及相关靶点,并运用Uniprot数据库对靶点进行人类基因名称标注并规范化处理。通过OMIM及GeneCards查找支气管哮喘疾病靶点。将中药的靶点与疾病靶点进行比对,找出药物与疾病的共同蛋白靶点。运用Cytoscape3.3.0构建"成分-靶点"网络,找出麻黄-苦杏仁的主要活性成分。运用String数据库对共同靶点进行蛋白相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)分析,找出关键靶点蛋白。运用Bioconductor对共同蛋白靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,预测麻黄-苦杏仁药对治疗疾病的作用机制。通过iGemdock及AutoDockTools软件对筛选出的主要活性成分与关键蛋白靶点的最优结合模式进行分子对接。结果筛选出麻黄-苦杏仁药对治疗支气管哮喘疾病的36个有效成分和80个有效靶点。其中主要活性成分8个,包括quercetin、kaempferol、luteolin、Stigmasterol、beta-sitosterol、Glabridin、(+)-catechin、naringenin。治疗疾病的关键靶点蛋白7个,分别是TP53、IL6、EGFR、VEGFA、CASP3、ESR1、MAPK8。GO功能富集共得到1591个条目,其中生物过程(BP)占比最高,达89%。KEGG通路富集分析得到127条信号通路,涉及的主要通路为TNF signaling pathway、PI3K-Akt signaling pathway、p53 signaling pathway、C-type lectin receptor signaling pathway。分子对接显示麻黄-苦杏仁药对的8个主要有效成分与7个关键靶点的最优结合模式都能完美对接。结论本研究显示了麻黄-苦杏仁药对可能通过调节TNF、PI3K-Akt、p53等信号通路来达到抗炎,降低气道高反应性以及气道上皮细胞损伤修复的功能,从而治疗支气管哮喘,也为后期实验验证提供了理论依据。
文摘目的运用网络药理学和分子对接的方法研究苍耳子治疗过敏性鼻炎的分子机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TC-MSP)数据库查找苍耳子的有效成分及相关靶点,运用Uniprot数据库对靶点进行人类基因名称标注并规范化处理。通过在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)及GeneCards数据库查找过敏性鼻炎的疾病靶点。找出药物与疾病的共同蛋白靶点。运用Cytoscape(V 3.7.0)构建“成分-靶点”网络,找出苍耳子的主要活性成分。通过String数据库对共同靶点进行PPI分析,找出关键靶点蛋白。借助R包(ClusterProfiler)对共同蛋白靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集和(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。通过iGemdock及AutoDock Tools软件对筛选出的主要活性成分与关键蛋白靶点的最优结合模式进行分子对接。结果筛选出苍耳子有效成分7个,治疗疾病的潜在靶点15个。分子对接显示Cleomiscosin A与关键靶点TP 53、CASP 3、ESR 1、MYC、PGR都能较好结合,可能为苍耳子发挥作用最主要的物质。通过GO富集和KEGG富集发现,苍耳子可能通过甲状腺激素信号通路、p 53信号通路及PI 3 K-Akt信号通路来达到调节上皮细胞及控制神经胶质细胞的凋亡,从而达到治疗过敏性鼻炎的作用。结论本研究显示了苍耳子可能通过对T细胞和上皮细胞的调控来达到治疗过敏性鼻炎的目的,也为后期实验验证提供了理论依据。
