肠息肉与早期结直肠癌基因表达谱特征差异的生物信息学分析

目的应用生物信息学方法研究从肠息肉发展成为结肠癌的关键分子标志物,筛选出与早期CRC发生、发展相关的基因。研究由肠息肉向结直肠癌的转变机制,为CRC发生发展的机制提供线索和思路。方法从公共基因表达数据库(GEO)下载CRC基因芯片GSE8671、GSE9348数据集,采用R4.1.1软件和Rstudio进行数据处理和分析。利用limma包分别筛选出肠息肉与正常组织、早期结直肠癌和正常组织间差异表达的基因(DEGs),Venn分析对肠息肉和结直肠癌的DEGs进行筛选。并对DEGs进行GO和KEGG富集分析,筛选出由肠息肉转变为结直肠癌的关键分子标志物。结果初步筛选出了CDH3、CXCL8、CEMIP、DPEP1、MMP3等在腺瘤中下调,而在早期CRC中表达上调的关键基因。GO富集分析显示,阴离子跨膜转运途径在早期结直肠癌的发生发展中起着重要的作用。KEGG富集分析显示IL-17信号转导通路,TNF信号通路和视黄醇代谢等通路可能在腺瘤向早期结直肠癌的发展过程中发挥作用。结论通过基因芯片结合生物信息学方法发现了与早期结直肠癌相关的5个关键基因,包括CDH3、CXCL8、CEMIP、DPEP1、MMP3,对肠息肉向肠癌的转变机制研究以及结直肠癌的早期诊断具有重要的意义。