宏基因组二代测序在免疫抑制合并重症肺炎患者病原体分布中的应用

目的应用宏基因组二代测序(mNGS)分析不同类型免疫抑制合并重症肺炎患者的病原体分布特点,为临床治疗提供依据。方法2021年1月—2022年1月郑州大学第一附属医院诊治免疫抑制合并重症肺炎患者113例,根据免疫抑制类型分为长期使用激素或免疫抑制剂组(长期组)71例和其他类型组(其他组)42例,2组均行纤维支气管镜检查,收集支气管肺泡灌洗液行mNGS检测,分析2组病原体感染类型及病原体分布特点。73例患者根据mNGS结果调整抗感染治疗方案,观察治疗结局。结果2组肺部混合感染均常见,长期组mNGS检出的细菌、真菌、病毒分别主要为鲍曼不动杆菌、耶氏肺孢子菌、人类疱疹病毒4型;其他组mNGS检出的细菌、真菌、病毒分别主要为鲍曼不动杆菌、曲霉菌、人类疱疹病毒1型。长期组病毒+真菌检出率(25.4%)高于其他组(7.1%)(χ^(2)=4.499,P=0.034),细菌+真菌、细菌+真菌+病毒检出率(7.0%、19.7%)均低于其他组(21.4%、38.1%)(χ^(2)=4.527,P=0.033;χ^(2)=4.135,P=0.043),细菌+病毒检出率(9.9%)与其他组(9.5%)比较差异无统计学意义(χ^(2)=0.007,P=0.935),单病原体(细菌、真菌、病毒、非典型病原体)检出率(11.3%、14.1%、1.4%、2.8%)与其他组(11.9%、2.4%、0、2.4%)比较差异均无统计学意义(χ^(2)=0.005,P=0.945;χ^(2)=2.232,P=0.135;χ^(2)=0.587,P=0.443;χ^(2)=0.021,P=0.886)。长期组耶氏肺孢子菌检出率(46.7%)高于其他组(28.0%)(χ^(2)=5.130,P=0.023),鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌检出率(11.3%、5.6%)均低于其他组(23.5%、14.7%)(χ^(2)=25.230,P<0.001;χ^(2)=26.440,P<0.001)。73例患者根据mNGS结果调整抗感染治疗方案后好转出院48例,病情恶化自动出院20例,死亡5例。结论不同类型免疫抑制合并重症肺炎患者常见感染类型均为混合感染;与其他免疫抑制类型相比,长期使用激素或免疫抑制剂患者感染耶氏肺孢子菌的风险较高,感染鲍曼不动杆菌和肺炎克雷伯菌的风险较低。

多数据库对影响肺腺癌发生发展关键基因的初步筛选

目的利用基因表达数据库(GEO)和Oncomine数据库筛选与肺腺癌发生发展相关的关键基因,并对其在肺腺癌患者预后中的价值进行分析。方法利用GEO对肺腺癌表达数据集(GSE10072)进行基因分层富集分析,利用Oncomine对肺腺癌的相关研究进行荟萃分析筛选上调和下调基因。对两个结果比对筛选在两个结果中都存在的基因,利用GEPIA在线工具评价这些基因对肺腺癌患者生存期的影响。结果基因富集分析结果显示,吸烟肺腺癌富集信号通路最多,戒烟肺腺癌富集到的通路次之,不吸烟肺腺癌富集的信号通路最少。将基因富集分析结果中前100个基因与Oncomine荟萃分析结果比较,筛选出肺腺癌中27个上调和44个下调的关键基因。进一步生存分析结果显示,13个上调和6个下调的基因可影响肺腺癌患者预后(所有Logrank P<0.05)。结论对不同吸烟状态肺腺癌发生发展的信号通路进行分析后,筛选出来的19个肺腺癌发生发展关键基因,可以在后续的研究中进一步评价这些标志物在肺腺癌中的诊断价值以及应用价值。