筛选与探讨乳腺癌的关键生物标志物及预后价值

目的基于生物信息学方法筛选乳腺癌的关键生物标志物,并分析其预后价值。方法利用TCGA和GEO数据库筛选乳腺癌的共有差异表达基因;DAVID数据库对差异基因进行GO和KEGG富集分析;单因素和多因素Cox分析获得具有显著预后价值的基因;利用UALCAN在线工具对关键基因进行病理特征分析。结果从TCGA和GEO数据库中分别获得1566和231个差异基因;通过共表达分析得到140个共有的差异表达基因;单因素和多因素Cox回归分析中发现S100B和TFF1在乳腺癌中具有独立预后价值;临床病理特征分析结果显示,S100B和TFF1在乳腺癌组织中的表达与其患者的性别、分期、淋巴结转移、TP53突变等均有显著差异。结论S100B和TFF1可作为关键生物标志物影响乳腺癌的发生和发展。

铁代谢相关基因FLVCR1对肝细胞癌的预后影响及与免疫细胞浸润的相关性研究

目的 基于多个数据库探索猫白血病病毒C亚群受体1(feline leukemia virus subgroup C receptor 1,FLVCR1)在肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)中的表达、预后及与免疫细胞浸润的相关性。方法 利用UALCAN、GEPIA2、仙桃学术平台分析FLVCR1在HCC患者中的表达情况;利用GEPIA、GSCA分析FLVCR1与临床分期的关系;Linkedomics寻找与FLVCR1相关的基因,进一步进行GO、KEGG富集分析;利用TIMER数据库分析FLVCR1与免疫细胞浸润的相关性;Kaplan Meier plotter探索免疫细胞浸润高低对预后的影响;在GSCA分析FLVCR1与药物敏感性的相关性。结果 FLVCR1在HCC患者中高表达;FLVCR1表达与临床分期呈正相关;与FLVCR1正相关的基因主要富集在有机酸分解代谢等过程,与FLVCR1负相关的基因主要富集在染色体分离等过程;FLVCR1表达水平与四种免疫细胞包括CD4^(+)记忆T细胞、CD8^(+)T细胞、髓源性抑制细胞(myeloid-derived suppressor cells, MDSCs)、调节性T细胞(regulatory cells, Tregs)的浸润水平呈正相关且P<0.05;Kaplan Meier plotter数据库结果说明四种免疫细胞浸润与HCC患者不良预后相关;FLVCR1的表达与Dasatinib药物敏感性正相关,与Navitoclax负相关。结论 FLVCR1对HCC患者的不良预后与免疫细胞浸润密切相关。

利用生物信息学分析剪切因子QKI在胃腺癌中的表达及意义

目的利用生物信息学技术探讨胃腺癌(Stomach adenocarcinoma,STAD)预后相关的可变剪切(Alternative spli-cing,AS)事件,筛选预后相关的特异性剪切因子(Splicing factor,SF)QKI,为深入研究QKI在胃腺癌中的作用提供理论依据。方法TCGA数据库下载STAD相关数据,R语言构建可变剪切事件与剪切因子调控网络(AS-SF调控网络),生存分析筛选STAD预后相关剪切因子,TCGA与GEO数据比较胃腺癌中癌组织与癌旁组织的表达差异;GEPIA网站获取相关基因,R语言进行功能注释;TIMER在线工具分析在胃腺癌中特异性剪切因子与免疫微环境的相关性。结果通过构建AS-SF调控网络,筛选出胃腺癌中特异性剪切因子QKI,CELF2,SNRPN,BAG2O生存分析提示剪切因子QKI对胃腺癌患者的预后具有显著影响(P<0.05),QKI高表达组的胃腺癌患者总生存率更低。差异分析结果显示QKI在胃腺癌肿瘤组织的表达水平明显高于正常组织,QKI的表达与临床T分期有关。基因富集分析表明QKI主要富集在细胞周期等相关代谢通路。TIMER在线工具分析提示QKI的表达和拷贝数变异(Copy number variation,CNV)可以影响多种免疫细胞特别是巨噬细胞、树突细胞的免疫浸润。结论胃腺癌中存在可变剪切网络,特异性剪切因子QKI在胃腺癌中高表达并与胃腺癌患者的不良预后相关。在胃腺癌免疫微环境(Tumor immune microenvironment,TIME)中QKI的表达和拷贝数变异能够影响免疫细胞的浸润。

消化系统泛癌免疫细胞浸润相关LncRNA的研究进展

消化系统泛癌是来源于消化道及其附属器官恶性肿瘤的全称,我国消化系统恶性肿瘤发病率和死亡率远远超过了世界水平。免疫细胞浸润是肿瘤微环境的一部分,不同程度和种类的免疫细胞浸润对消化系统泛癌的发生和发展有着重要作用。许多长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)与特异的免疫细胞浸润相关,影响消化系统泛癌患者的预后。本文就消化系统泛癌免疫细胞浸润相关的lncRNA进行综述。