2016年-2017年四川省部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子流行病学调查

为了解近年来四川省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异和分子流行病学情况,通过RT-PCR方法,对四川省各地疑似病料进行PRRSV检测,确定获得阳性样本基因型和对GP5基因遗传进化进行分析。结果显示,149份疑似病料中经ORF7片段检测33份为阳性,阳性率为22.15%(95%CI:15.8%~29.7%);通过对NSP2片段的检测,其中有9份为PRRSV高致病性毒株(HP-PRRSV),5份为PRRSV经典毒株,8份为PRRSV NADC-30样毒株;通过对GP5基因进行扩增和序列测定,得到11株部分的GP5基因序列数据,所获序列与已报道对应核苷酸序列同源性为60.4%~99.8%,推导的氨基酸序列的同源性为74.3%~100%。结果表明,近两年四川地区PRRSV主要流行毒株为HP-PRRSV,同时新的变异毒株NADC30的流行呈上升趋势。四川地区乃至国内各地区的PRRSV基因在逐渐变异,且毒株的流行趋势在转变,提示应加强对PRRSV流行及变异的监测。

四川地区猪细环病毒1型的流行病学调查和分子特征研究

为了解猪细环病毒1型(TTSuV1)在四川地区猪群中的流行情况及其遗传进化关系,采用PCR对四川省不同地区的5个规模化猪场采集的140份临床健康猪血清进行检测,并根据NCBI已发表的TTSuV1的全基因组序列,对TTSuV1中的2个亚型TTSuV1a和TTSuV1b进行全基因的扩增。结果显示,在140份临床健康猪血清样本中TTSuV1a和TTSuV1b的阳性检出率分别为49.29%(95%CI:40.7%~57.9%)和39.29%(95%CI:31.1%~47.9%)。通过克隆转化,序列测定后拼接获得TTSuV1a的近似全基因组长为2 497bp,TTSuV1b为2 693bp,对测得序列进行同源性和遗传进化分析。结果表明,扩增得到TTSuV1a的ORF1和ORF2序列,与国内外已发表的参考毒株间的核苷酸同源性分别为79.3%~97.5%和92.7%~98.2%,TTSuV1b的ORF1、ORF2序列与其他参考毒株间的核苷酸同源性分别为100%和97.1%~98.6%,分析表明其差异较小,亲缘关系较近。研究结果为四川省部分地区猪群中TTSuV1的流行情况提供数据参考,为进一步研究TTSuV的遗传进化提供一定的理论依据。