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计算机克隆大片段EST序列的方法研究
被引量:
7
1
作者
杨灿珠
凌伦奖
+1 位作者
宣震宇
陈润生
《自然科学进展(国家重点实验室通讯)》
1999年第9期812-817,共6页
构建了从表达序列片段(Expressed sequence tags,EST)数据库进行基因计算机克隆的一系列软件,并对程序中的重要参数进行了认真调试。为保证克隆片段的质量,筛选、建立了载体序列、种子序列和人EST序列等多个数据库,同时发展了相应的理...
构建了从表达序列片段(Expressed sequence tags,EST)数据库进行基因计算机克隆的一系列软件,并对程序中的重要参数进行了认真调试。为保证克隆片段的质量,筛选、建立了载体序列、种子序列和人EST序列等多个数据库,同时发展了相应的理论检验方法。软件系统建成后,从GenBank中取出4 562条人成纤维细胞EST作为种子序列,在大型计算机上进行克隆、组装,最后得到了238条kb量级的contig。结果表明,组建的软件系统是可靠、有效的。目前,正在应用该系统作大规模的人类基因克隆。
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关键词
EST序列
基因
计算机克隆
人类基因组计划
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职称材料
正常和反常PRION分子PrP^C和PrP^(Sc)的空间结构模建和电子结构计算
2
作者
沈玲玲
宣震宇
陈润生
《生物物理学报》
CSCD
北大核心
1999年第4期766-774,共9页
朊蛋白(PRION) 是一种不同于细菌,真菌,病毒的新的病原体。1996 年英国“疯牛病”引起了对PRION 研究的高潮。PRION 分子生物学研究的关键是解释PRION 蛋白构象转换的生物学本质。本文从构象模建,量子化...
朊蛋白(PRION) 是一种不同于细菌,真菌,病毒的新的病原体。1996 年英国“疯牛病”引起了对PRION 研究的高潮。PRION 分子生物学研究的关键是解释PRION 蛋白构象转换的生物学本质。本文从构象模建,量子化学整体从头算的水平上对两个构象的电子结构进行了计算比较,从中发现了PRION 蛋白分子电子结构上区别于其他分子的特异性, 并对计算所得的活性部位进行了讨论。
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关键词
PRION
分子动力学
朊蛋白
空间结构
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职称材料
随机共振在生物学和医学领域中的应用
3
作者
宣震宇
陈润生
《物理》
CAS
1998年第5期317-317,共1页
随机共振在生物学和医学领域中的应用随机共振技术(stochasticresonance,SR),是指如何向一个系统中输入一定量的噪声,来提高信号的传输率和对信号的探测,也就是使信号的信噪比达到最大.这一技术起初在气候...
随机共振在生物学和医学领域中的应用随机共振技术(stochasticresonance,SR),是指如何向一个系统中输入一定量的噪声,来提高信号的传输率和对信号的探测,也就是使信号的信噪比达到最大.这一技术起初在气候研究和激光科学中进行探索.在过去的...
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关键词
随机共振
生物学应用
信号处理
医学应用
原文传递
蛋白质和受体结合的信号匹配研究
4
作者
宣震宇
陈润生
《物理》
CAS
1998年第5期316-316,共1页
蛋白质和受体结合的信号匹配研究蛋白质是生物体的功能执行者.它由20种氨基酸组成.蛋白质的长度差别很大,小的如信号肽,长度仅为18—140个残基,而大的,如膜受体,可由200—2500个残基构成.信号肽,这种小的蛋白质...
蛋白质和受体结合的信号匹配研究蛋白质是生物体的功能执行者.它由20种氨基酸组成.蛋白质的长度差别很大,小的如信号肽,长度仅为18—140个残基,而大的,如膜受体,可由200—2500个残基构成.信号肽,这种小的蛋白质分子,或称之为多肽,它在启动或终止...
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关键词
蛋白质
受体结合
信号匹配
原文传递
采用RNA Draw程序识别真核生物硒蛋白基因的SECIS结构
被引量:
4
5
作者
徐辉碧
黄开勋
+4 位作者
瞿祥虎
高中洪
刘琼
陈润生
宣震宇
《科学通报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2001年第7期556-558,共3页
采用RNA Draw程序对已测序的7类46个真核生物硒蛋白的3′-UTR进行二级结构研究, 均找到1个或2个可能的SECIS结构, 它们均由一茎-环结构组成, 并都具有3段保守碱基AUGA-(A)AA-GA. 采用该程序对随机挑选的一些非硒蛋白基因的3′-UTR进行...
采用RNA Draw程序对已测序的7类46个真核生物硒蛋白的3′-UTR进行二级结构研究, 均找到1个或2个可能的SECIS结构, 它们均由一茎-环结构组成, 并都具有3段保守碱基AUGA-(A)AA-GA. 采用该程序对随机挑选的一些非硒蛋白基因的3′-UTR进行同样的处理, 则均未发现类似的SECIS茎-环结构, 这些结果表明SECIS是真核生物硒蛋白基因的独有特征. RNA Draw程序可通过在已测序的基因组中检索SECIS结构来寻找新的硒蛋白.
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关键词
硒蛋白
真核生物
3′-UTR
硒代半胶氨酸插入序列
RNADraw程序
原文传递
题名
计算机克隆大片段EST序列的方法研究
被引量:
7
1
作者
杨灿珠
凌伦奖
宣震宇
陈润生
机构
中国科学院生物物理研究所
出处
《自然科学进展(国家重点实验室通讯)》
1999年第9期812-817,共6页
基金
国家自然科学基金重大资助项目(批准号:39392900)
文摘
构建了从表达序列片段(Expressed sequence tags,EST)数据库进行基因计算机克隆的一系列软件,并对程序中的重要参数进行了认真调试。为保证克隆片段的质量,筛选、建立了载体序列、种子序列和人EST序列等多个数据库,同时发展了相应的理论检验方法。软件系统建成后,从GenBank中取出4 562条人成纤维细胞EST作为种子序列,在大型计算机上进行克隆、组装,最后得到了238条kb量级的contig。结果表明,组建的软件系统是可靠、有效的。目前,正在应用该系统作大规模的人类基因克隆。
关键词
EST序列
基因
计算机克隆
人类基因组计划
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
Q987 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
正常和反常PRION分子PrP^C和PrP^(Sc)的空间结构模建和电子结构计算
2
作者
沈玲玲
宣震宇
陈润生
机构
中科院生物物理研究所
出处
《生物物理学报》
CSCD
北大核心
1999年第4期766-774,共9页
基金
国家基金委重点项目!39830070
国家基金委重大项目!1989038
文摘
朊蛋白(PRION) 是一种不同于细菌,真菌,病毒的新的病原体。1996 年英国“疯牛病”引起了对PRION 研究的高潮。PRION 分子生物学研究的关键是解释PRION 蛋白构象转换的生物学本质。本文从构象模建,量子化学整体从头算的水平上对两个构象的电子结构进行了计算比较,从中发现了PRION 蛋白分子电子结构上区别于其他分子的特异性, 并对计算所得的活性部位进行了讨论。
关键词
PRION
分子动力学
朊蛋白
空间结构
Keywords
PRION
Conformation modeling
Electronic structure
HF ab initio
分类号
S852.659.7 [农业科学—基础兽医学]
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
随机共振在生物学和医学领域中的应用
3
作者
宣震宇
陈润生
机构
中国科学院生物物理研究所
出处
《物理》
CAS
1998年第5期317-317,共1页
文摘
随机共振在生物学和医学领域中的应用随机共振技术(stochasticresonance,SR),是指如何向一个系统中输入一定量的噪声,来提高信号的传输率和对信号的探测,也就是使信号的信噪比达到最大.这一技术起初在气候研究和激光科学中进行探索.在过去的...
关键词
随机共振
生物学应用
信号处理
医学应用
分类号
R312 [医药卫生—基础医学]
Q6 [生物学—生物物理学]
原文传递
题名
蛋白质和受体结合的信号匹配研究
4
作者
宣震宇
陈润生
机构
中国科学院生物物理研究所
出处
《物理》
CAS
1998年第5期316-316,共1页
文摘
蛋白质和受体结合的信号匹配研究蛋白质是生物体的功能执行者.它由20种氨基酸组成.蛋白质的长度差别很大,小的如信号肽,长度仅为18—140个残基,而大的,如膜受体,可由200—2500个残基构成.信号肽,这种小的蛋白质分子,或称之为多肽,它在启动或终止...
关键词
蛋白质
受体结合
信号匹配
分类号
Q510.2 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
采用RNA Draw程序识别真核生物硒蛋白基因的SECIS结构
被引量:
4
5
作者
徐辉碧
黄开勋
瞿祥虎
高中洪
刘琼
陈润生
宣震宇
机构
华中理工大学化学系
中国科学院生物物理研究所蛋白质工程研究室
出处
《科学通报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2001年第7期556-558,共3页
文摘
采用RNA Draw程序对已测序的7类46个真核生物硒蛋白的3′-UTR进行二级结构研究, 均找到1个或2个可能的SECIS结构, 它们均由一茎-环结构组成, 并都具有3段保守碱基AUGA-(A)AA-GA. 采用该程序对随机挑选的一些非硒蛋白基因的3′-UTR进行同样的处理, 则均未发现类似的SECIS茎-环结构, 这些结果表明SECIS是真核生物硒蛋白基因的独有特征. RNA Draw程序可通过在已测序的基因组中检索SECIS结构来寻找新的硒蛋白.
关键词
硒蛋白
真核生物
3′-UTR
硒代半胶氨酸插入序列
RNADraw程序
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
计算机克隆大片段EST序列的方法研究
杨灿珠
凌伦奖
宣震宇
陈润生
《自然科学进展(国家重点实验室通讯)》
1999
7
下载PDF
职称材料
2
正常和反常PRION分子PrP^C和PrP^(Sc)的空间结构模建和电子结构计算
沈玲玲
宣震宇
陈润生
《生物物理学报》
CSCD
北大核心
1999
0
下载PDF
职称材料
3
随机共振在生物学和医学领域中的应用
宣震宇
陈润生
《物理》
CAS
1998
0
原文传递
4
蛋白质和受体结合的信号匹配研究
宣震宇
陈润生
《物理》
CAS
1998
0
原文传递
5
采用RNA Draw程序识别真核生物硒蛋白基因的SECIS结构
徐辉碧
黄开勋
瞿祥虎
高中洪
刘琼
陈润生
宣震宇
《科学通报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2001
4
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