基于Nanopore测序技术分析广东地区1株PRRSV-2的基因组特征

为促进Nanopore测序技术在美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV-2)全基因组测序中的应用并进一步了解当前广东地区PRRSV-2全基因组特征,本试验从广东地区某屠宰场采集1份PRRSV-2阳性样本,提取核酸进行靶向扩增,对扩增产物进行文库构建和测序,使用Samtools和Medaka等软件对测序数据进行生物信息学分析和拼接,得到样本的全基因组序列。选取5′端1~4 500核苷酸位点和开放阅读框5(ORF5)基因进行一代测序验证,评估本试验的准确性。进一步使用MEGA 11软件对所得的序列进行全基因组遗传进化分析、核苷酸相似性分析和NSP2蛋白氨基酸变异分析;使用RDP4软件和SimPlot软件进行重组分析。结果显示,本试验完成1份PRRSV-2阳性样本的全基因组测序,序列命名为GDYJ0718-7。2Samtools软件分析结果显示,本试验的平均测序深度为1 838×,覆盖PRRSV-2所有编码区。本试验Nanopore测序结果与一代测序结果一致性为100%。全基因组遗传进化分析结果显示,GDYJ0718-7属于QYYZ-like毒株,与参考株QYYZ(JQ308798)的核苷酸相似性仅为86.3%。NSP2蛋白氨基酸变异分析结果显示,GDYJ0718-7呈现1 aa+36 aa+29 aa的独特缺失模式。重组分析发现,GDYJ0718-7可能由QYYZ-like毒株和JXA1-like毒株重组形成。本试验通过Nanopore测序技术发现了广东地区QYYZ-like毒株变异的复杂性和新特点,为PRRSV-2的防控提供了技术和分子信息支持。

耐亚磷酸盐紫花苜蓿品种筛选及评价指标的鉴定

亚磷酸盐是正磷酸盐的一种还原形态,具有溶解度高、运输效率高、与土壤反应活性低等优势。通过探讨不同紫花苜蓿品种苗期对亚磷酸盐的耐逆能力,旨在为紫花苜蓿耐亚磷酸盐品种筛选和亚磷酸盐新型磷肥的开发提供科学依据。以37个紫花苜蓿品种为试验材料,设置正磷酸盐(0.5 mmol·L^(-1)KH_(2)PO_(4))和亚磷酸盐(0.5 mmol·L^(-1)KH_(2)PO_(3))两个处理,测定不同品种幼苗的株高(PH)、茎粗(SD)、茎叶磷含量(SPC)、茎叶干重(DWS)、根干重(DWR)、根冠比(RSR)、总根长(RL)、根表面积(RSA)、根磷含量(RPC)、叶绿素含量(Chl)、叶面积(LA)、净光合速率(P_(n))12个形态和生理指标变化情况。以各单项指标的耐亚磷酸盐系数(PTC)作为衡量依据,运用主成分分析、隶属函数分析、聚类分析和逐步回归等方法对其耐亚磷酸盐的特性进行综合评价并建立数学模型。在亚磷酸盐胁迫下,不同紫花苜蓿品种根磷含量和叶绿素含量增加,其余指标均显示下降。通过主成分分析,可将12个单项指标转换成5个相互独立的综合指标,根据耐亚磷酸盐综合评价值和聚类分析,可将37个品种划分为4个类别,其中,高度耐亚磷酸盐包括WL903和可汗2个,中度耐亚磷酸盐12个,低耐亚磷酸盐17个,亚磷酸盐敏感型6个。进一步利用逐步回归方法建立了耐亚磷酸盐特性的评价回归模型Y=-0.174+0.102PH+0.189DWR+0.168 RL+0.187RSA-0.061P_(n)(R_(2)=0.9908),且各品种对回归方程的估计精度均大于93.22%。综合表明:高度耐亚磷酸盐的品种有可汗和WL903;在亚磷酸盐胁迫下,株高、根干重、总根长、根表面积和净光合速率等可作为紫花苜蓿品种耐亚磷酸盐特性强弱的快速鉴定和预测指标。