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基于数据非依赖采集的蛋白质组质谱数据解析方法研究进展 被引量:1
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作者 侯鑫行 周丕宇 +3 位作者 宫鹏云 付嘉乐 刘超 王海鹏 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第12期2364-2386,共23页
数据非依赖采集(DIA)是蛋白质组学领域近年来快速发展的质谱采集技术,其通过无偏碎裂隔离窗口内的所有母离子采集二级谱图,理论上可实现蛋白质样品的深度覆盖,同时具有高通量、高重现性和高灵敏度的优点。现有的DIA数据采集方法可以分... 数据非依赖采集(DIA)是蛋白质组学领域近年来快速发展的质谱采集技术,其通过无偏碎裂隔离窗口内的所有母离子采集二级谱图,理论上可实现蛋白质样品的深度覆盖,同时具有高通量、高重现性和高灵敏度的优点。现有的DIA数据采集方法可以分为全窗口碎裂方法、隔离窗口序列碎裂方法和四维DIA数据采集方法(4D-DIA)3大类。针对DIA数据的不同特点,主要数据解析方法包括谱库搜索方法、蛋白质序列库直接搜索方法、伪二级谱图鉴定方法和从头测序方法4大类。解析得到的肽段鉴定结果需要进行可信度评估,包括使用机器学习方法的重排序和对报告结果集合的假发现率估计两个步骤,实现对数据解析结果的质控。本文对DIA数据的采集方法、数据解析方法及软件和鉴定结果可信度评估方法进行了整理和综述,并展望了未来的发展方向。 展开更多
关键词 蛋白质组学 数据非依赖采集 质谱 靶向数据提取
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基于蛋白质组学技术的新型冠状病毒肺炎研究进展 被引量:1
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作者 刘响 宫鹏云 +3 位作者 汤敏 胡鸿珂 张永彪 刘超 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1848-1865,共18页
新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)是一种由严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)引发的传染病。此种病毒传染性强、传播速度快,对全球人民的身体健康和生命... 新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)是一种由严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)引发的传染病。此种病毒传染性强、传播速度快,对全球人民的身体健康和生命安全造成严重威胁。蛋白质组学技术以其高通量、高灵敏度的特点,在疾病生物标志物的发现、分子机制研究及治疗靶点研究中扮演着重要角色,并被广泛应用于COVID-19的研究中。本文介绍了SARS-CoV-2的基因组结构及病毒感染过程,总结了目前常用的基于质谱的蛋白质组学研究技术,重点综述了蛋白质组学技术在COVID-19生物标志物的发现、分子机制研究和药物治疗靶标研究中的应用进展,最后展望了蛋白质组学的未来发展方向,以期能够有助于推动蛋白质组学技术在COVID-19精准诊断和治疗中的发展。 展开更多
关键词 蛋白质组学 质谱 新型冠状病毒肺炎 生物标志物
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Multi-Omics and Its Clinical Application in Hepatocellular Carcinoma:Current Progress and Future Opportunities 被引量:1
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作者 Wanshui Yang Hanyu Jiang +5 位作者 Chao Liu Jingwei Wei Yu Zhou Pengyun Gong Bin Song Jie Tian 《Chinese Medical Sciences Journal》 CAS CSCD 2021年第3期173-186,共14页
Hepatocellular carcinoma(HCC)is the sixth most common malignancy and the fourth leading cause of cancer related death worldwide.China covers over half of cases,leading HCC to be a vital threaten to public health.Despi... Hepatocellular carcinoma(HCC)is the sixth most common malignancy and the fourth leading cause of cancer related death worldwide.China covers over half of cases,leading HCC to be a vital threaten to public health.Despite advances in diagnosis and treatments,high recurrence rate remains a major obstacle in HCC management.Multi-omics currently facilitates surveillance,precise diagnosis,and personalized treatment decision making in clinical setting.Non-invasive radiomics utilizes preoperative radiological imaging to reflect subtle pixel-level pattern changes that correlate to specific clinical outcomes.Radiomics has been widely used in histopathological diagnosis prediction,treatment response evaluation,and prognosis prediction.High-throughput sequencing and gene expression profiling enabled genomics and proteomics to identify distinct transcriptomic subclasses and recurrent genetic alterations in HCC,which would reveal the complex multistep process of the pathophysiology.The accumulation of big medical data and the development of artificial intelligence techniques are providing new insights for our better understanding of the mechanism of HCC via multi-omics,and show potential to convert surgical/intervention treatment into an antitumorigenic one,which would greatly advance precision medicine in HCC management. 展开更多
关键词 hepatocellular carcinoma radiomics PROTEOMICS GENOMICS multi-omics
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内源性蛋白质交联的生物质谱分析进展
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作者 韦秋实 宫鹏云 +3 位作者 李诺敏 刘超 张永谦 邓玉林 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第36期4633-4648,共16页
内源性蛋白质交联通常指细胞内蛋白质分子间或蛋白质分子内中的两个氨基酸被肽键之外的共价键相连,其形成会对蛋白质构象和功能造成影响.质谱具有高通量、高灵敏度等特点,是大规模鉴定内源性蛋白质交联的工具之一.结合质谱在组学水平上... 内源性蛋白质交联通常指细胞内蛋白质分子间或蛋白质分子内中的两个氨基酸被肽键之外的共价键相连,其形成会对蛋白质构象和功能造成影响.质谱具有高通量、高灵敏度等特点,是大规模鉴定内源性蛋白质交联的工具之一.结合质谱在组学水平上对内源性蛋白质交联的研究工作层出不穷,但在样品处理、数据采集、定性分析、定量分析和生信分析等环节还有诸多问题仍待解决,构建一套完整的内源性蛋白质交联技术体系将极大推动交联组学研究的开展.因此,本文对内源性蛋白质交联相关研究工作进行了概述,总结了目前内源性蛋白质交联研究中取得的重要成果,梳理了基于质谱的内源性蛋白质交联分析工作流程,最后对内源性蛋白质交联在组学水平上的发展提出了展望. 展开更多
关键词 内源性交联组学 生物质谱 分子内交联 分子间交联
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