厌氧氨氧化细菌物种组成对环境因子响应的研究进展

分析海洋水体及沉积物中厌氧氨氧化细菌所处的环境条件,比较海洋与淡水环境中其物种组成的差异,总结了其物种组成、丰度及厌氧氨氧化活性对环境因子的响应规律。认为厌氧氨氧化细菌物种组成受多种环境因子的影响。其中,盐度为影响其物种组成的最显著因素,如Candidatus Brocadia,Candidatus Kuenenia及Candidatus Scalindua分别适应淡水、寡盐和海水环境;同一地区,其物种组成在不同季节表现出明显差异,夏季的多样性高于冬季的;根据陆源厌氧氨氧化细菌多样性及海洋沉积物中浮霉菌门多样性随深度增加而减小的趋势,推断海洋沉积物中厌氧氨氧化细菌多样性与深度成反比。厌氧氨氧化细菌丰度、厌氧氨氧化活性与温度、NO-2及NO-3浓度之间成正相关;丰度与季节的关系,在不同地区的研究结果存在差异。未来厌氧氨氧化细菌研究工作重点应在其对氧浓度的耐受范围、海洋中厌氧氨氧化细菌多样性随深度的变化规律、导致其物种组成、丰度及厌氧氨氧化活性季节性差异的具体环境因子。

四种海水样品总基因组DNA提取方法的比较研究

采用4种不同的方法,分别提取了同一来源的50 mL、200 mL和1 000 mL海水样品的基因组DNA,利用紫外分光光度法测定DNA质量和纯度。研究发现:方法 1(使用PIPES缓冲液)和方法 2(使用TENS缓冲液)所提取的DNA,其OD260/OD280和OD260/OD230很低(不足1.4);方法 3(使用STE缓冲液)及其改进后的方法 4(使用STE缓冲液,但利用机械作用取代酶消化作用来破碎细胞)所提取DNA的两个指标都较高(超过1.6),并且方法 4所得DNA的产率是其他3种方法的1.5～2.4倍。另外,检测方法 3和方法 4所提取DNA的PCR扩增效率,结果表明所提取DNA无需纯化就能进行高效PCR扩增反应。综合以上结果,从DNA浓度、纯度及PCR扩增效率可以看出,方法 4是适合于海水样品多样性研究的一种高效DNA提取方法。