基于PC/Linux蛋白序列分析系统的构建及应用

介绍利用常见的x86PC,Linux操作系统配合BLAST、PHYLIB和EMBOSS等常见的生物分析软件构建可以完成多种蛋白数据分析的大规模自动分析系统。该系统可自动完成从DNA序列中获取读码框、核酸序列向蛋白序列的转化、在蛋白序列数据库中查找同源序列、序列录入数据库以及蛋白序列的等电点、亲 疏水位点、二级结构等性质的分析、多个序列之间相似度和进化地位的分析,并对输出的结果数据利用Web服务器进行发布。与传统的序列分析模式相比,此分析系统大大加速了对大规模数据信息的分析和利用。

对虾白斑综合症病毒(WSSV)结构蛋白VP28与VP26的功能分析

对虾白斑综合症病毒(W SSV)结构蛋白功能的研究数据还不多。怎样预测并验证那些新发现的蛋白功能,为实验研究提供理论参考,是功能基因及结构蛋白的研究重点之一。利用生物信息学技术对获得的W SSV相关数据进行分析和归纳。分析数据显示结构蛋白VP28与VP26在二级结构和跨膜结构域等方面具有很高的相似度;而且,这两个蛋白与任何已知的蛋白序列没有明显的同源性,但二者的氨基酸序列彼此间具45%的相似性,提示这两个蛋白可能执行相似的生理功能。一个特别设计的细胞吸附实验用于进一步研究W SSV侵染宿主细胞的过程中VP28和VP26所扮演的角色。实验结果显示,两个蛋白均可以与对虾鳃组织来源的细胞发生特异的体外吸附,表明VP28和VP26可能参与W SSV侵染宿主细胞的初始阶段。

一种罕见的蛋白伴侣对尿素酶的活性抑制

关于常见的胃肠道致病源幽门螺旋杆菌如何在胃部同时克服强酸性及躲避免疫攻击的机理,目前尚未完全明了.在此,我们报道该菌中发现的一种GroES蛋白伴侣的罕见变种,其可在大肠杆菌中对幽门螺旋杆菌尿素酶的活性进行显著抑制.此功能有赖于此蛋白的四级结构及羧基端的金属结合.而令人惊讶的是,其羧基端的金属结合容量似乎与尿素酶的活性抑制并无明显关联.我们的发现,首次揭示了幽门螺旋杆菌在寄居胃部后可能的一种生存策略.