抗分枝杆菌植物天然产物研究进展

由分枝杆菌引起的感染是人类健康的巨大威胁。目前,多种结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌对临床抗分枝杆菌药物具有较高的耐药性。中药治疗分枝杆菌感染具有悠久历史。例如,中药材狼毒已应用于抗结核分枝杆菌的治疗。非中药来源的植物中,也蕴含丰富的抗分枝杆菌成分。这些植物来源的天然产物具有较好的结构多样性,是开发抗分枝杆菌药物的潜在来源。本文综述了近年来在中药和其他非中药来源植物中发现的,具有良好抗分枝杆菌活性的化合物或提取物,并介绍了它们的作用机制。这些活性植物天然产物为新抗分枝杆菌药物的发现提供了化合物库。同时,这些植物天然产物结构与现有抗分枝杆菌药物具有显著的差别,研究其作用机制,也可发现新的抗分枝杆菌靶标。

菌群16S rRNA基因测序的聚类分析方法研究进展

16S核糖体RNA(16S rRNA)基因测序是微生物分析的重要手段。16S rRNA基因测序的原始数据复杂,存在许多误差,分析前一般需要先进行序列质量控制,即对数据进行去噪、去冗余和去嵌合,最终将质量控制后的数据分为可操作分类单元(OTU)或ASV,在OTU或ASV基础上再进行菌群的各种分析。经过多年改进,聚类方法逐渐以UPARSE、DADA2、Deblur和UNOISE3等为主流,OTU聚类已经不能满足研究的需求,而ASV聚类使得菌群分析更加准确。本文除了综述聚类方法的研究进展外,还介绍了USEARCH、MOTHUR和QIIME等多种16S基因测序分析工具软件的相关研究进展。