不同品系杜氏藻的多相特征研究

杜氏藻(Dunaliella)是一类独特的嗜盐单细胞真核微藻,为对该藻不同地理来源各品系间的特征进行总结及分类鉴定,挖掘特色品系,研究搜集国内外20株不同品系的杜氏藻,利用PCR扩增内部转录间隔区(ITS)和细胞色素C氧化酶(cox2-3)基因,生物信息学软件构建系统发育树对其进行分子鉴定;形态学方法对其显微结构进行观察,利用生理生化研究方法对杜氏藻盐胁迫下的4个代表性指标(最大光合效率、中性脂含量、β-胡萝卜素含量和3-磷酸甘油磷酸酶活性)进行了测定。结果表明,20株供试藻均属杜氏藻属,ITS和cox2-3的系统发育结果相似,均聚为两大簇,各品系间亲缘关系较为接近;成熟期的D13细胞最大,D14细胞最小并呈长颈形,颜色以绿色或黄绿色为主,鞭毛和眼点各异;D6和D10生长周期短,D18耐盐性最强;D7最大光合效率最高,D6和D18中性脂干重最高,D11的β-胡萝卜含量最高,D7的3-磷酸甘油磷酸酶活性最强。研究结果可为国内外杜氏藻资源的分类鉴定、特色资源的保护、开发与利用奠定基础。

基于生物信息学的条斑紫菜microRNAs及其靶标预测

目前,作为模式红藻的条斑紫菜面临着日益严峻的生存危机。非编码RNA介导的基因后转录水平调控对于条斑紫菜资源的保护与开发具有十分重要的意义。研究利用BLASTn结合Mireap软件,共预测到5条新的条斑紫菜miRNAs;利用Target Finder工具预测到5条与紫菜生长发育及代谢相关的靶标基因,另预测到59条未知功能的靶标位点。Clustal W结合WebLoGO的分析结果显示了条斑紫菜miRNAs在植物间保守性;Clustal W结合MEGA的miR164家族系统进化结果显示,pre-miR64s与物种进化不同步,且具有进化的随机性与序列的多态性。研究结果丰富了条斑紫菜miRNAs及其靶标信息,可为条斑紫菜后转录水平的分子选育及其功能的开发与利用奠定基础。

张氏江蓠microRNAs鉴定及其基因家族系统进化

张氏江蓠是江蓠属的重要代表,具有宝贵的工业生产价值。随着海洋环境的恶化,江蓠资源亟待进一步开发与利用。作为基因转录后表达的重要调控子,microRNA (miRNA)在植物组织器官发育、生理调节、胁迫应答等方面起着关键的调控作用。然而,迄今仍未有张氏江蓠miRNA(gch-miRNA)信息的报道,极大地阻碍了江蓠属非编码RNA的相关研究。运用生物信息学技术,通过gch-ESTs与miRBase数据库的比对分析,共鉴定到6条gch-miRNAs。序列特征分析结果显示,鉴定的gch-miRNA序列基本可信,并在其它植物间有保守性和多态性特征。颈环引物qRT-RCR的试验验证进一步证实了鉴定结果的可靠性。部分miRNA基因家族的NJ系统进化结果显示:gch-miRNA位于进化树的外类群;miRNA的进化与物种本身的进化并不同步。TargetFinder筛选获得8条gch-miRNA靶标序列,psRNATarget预测其抑制类型均为切割抑制。首次公布了张氏江蓠miRNA及其靶标信息,综合分析了部分miRNA基因家族在不同植物物种间的系统进化关系。研究结果为张氏江蓠非编码RNA研究,高品质藻种分子选育及其资源的开发利用奠定了基础。