【目的】探明石杉科植物叶绿体基因组密码子的使用模式及偏好性,为石杉科植物物种鉴定、系统发育及叶绿体遗传改良奠定基础。【方法】利用CUSP、Codon W 1.4.2及EMBOSS等程序对石杉科长柄石杉、亮叶石杉、蛇足石杉、皱边石杉、长白石杉...【目的】探明石杉科植物叶绿体基因组密码子的使用模式及偏好性,为石杉科植物物种鉴定、系统发育及叶绿体遗传改良奠定基础。【方法】利用CUSP、Codon W 1.4.2及EMBOSS等程序对石杉科长柄石杉、亮叶石杉、蛇足石杉、皱边石杉、长白石杉、龙骨马尾杉、马尾杉和粗糙马尾杉8种植物的叶绿体基因密码子进行中性绘图、ENC-plot及PR2-plot绘图分析。【结果】密码子GC含量在属内变异范围小,石杉属总体高于马尾杉属;密码子3个位置的GC含量呈GC_(1)>GC_(2)>GC_(3),第3位碱基以A/T为主;8个物种的叶绿体基因组密码子总体偏性较弱,马尾杉属密码子偏性强于石杉属,有9个基因的ENC在全部或部分物种中低于40,petD的ENC在龙骨马尾杉和粗糙马尾杉中低于35;GC_(3)对ENC影响较大;密码子偏好主要受自然选择和突变影响,突变因素对马尾杉属的影响大于石杉属;石杉科8个物种分别确定12个、13个、12个、15个、9个、17个、17个和16个最优密码子,石杉属5个物种和马尾杉属3个物种分别确定7个和11个最优密码子,8个物种共同的最优密码子仅4个。【结论】石杉科植物叶绿体基因组密码子使用偏好性受多种因素影响,其中,突变因素对马尾杉属的影响大于石杉属,石杉属5个物种和马尾杉属3个物种分别确定7个和11个最优密码子。展开更多
为探究南五味子属植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及影响因素,利用Codon W 1.4.2、CUSP及EMBOSS等程序,进行中性绘图、ENC-plot及PR2-plot绘图分析。结果表明,南五味子属4个物种的叶绿体基因组密码子总体偏性较弱,只有rps14的ENC值...为探究南五味子属植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及影响因素,利用Codon W 1.4.2、CUSP及EMBOSS等程序,进行中性绘图、ENC-plot及PR2-plot绘图分析。结果表明,南五味子属4个物种的叶绿体基因组密码子总体偏性较弱,只有rps14的ENC值小于40;物种间的密码子参数高度保守,GC_(2)对ENC影响较大;有31个密码子RSCU大于1,均以A/U结尾;自然选择在4个物种叶绿体基因组同义密码子使用偏性中发挥主导作用;南五味子属4个物种中分别确定了18、17、16和18个最优密码子,共有的最优密码子有14个;在ΔR_(SCU)>0.5的高频密码子中,仅有编码半胱氨酸(Cys)的UGU为共有最优密码子。表明南五味子属4个物种间密码子偏好性较保守,自然选择是影响密码子偏好性的主要因素。研究结果为南五味子属物种鉴定、保护和遗传改良提供了基础。展开更多
文摘【目的】探明石杉科植物叶绿体基因组密码子的使用模式及偏好性,为石杉科植物物种鉴定、系统发育及叶绿体遗传改良奠定基础。【方法】利用CUSP、Codon W 1.4.2及EMBOSS等程序对石杉科长柄石杉、亮叶石杉、蛇足石杉、皱边石杉、长白石杉、龙骨马尾杉、马尾杉和粗糙马尾杉8种植物的叶绿体基因密码子进行中性绘图、ENC-plot及PR2-plot绘图分析。【结果】密码子GC含量在属内变异范围小,石杉属总体高于马尾杉属;密码子3个位置的GC含量呈GC_(1)>GC_(2)>GC_(3),第3位碱基以A/T为主;8个物种的叶绿体基因组密码子总体偏性较弱,马尾杉属密码子偏性强于石杉属,有9个基因的ENC在全部或部分物种中低于40,petD的ENC在龙骨马尾杉和粗糙马尾杉中低于35;GC_(3)对ENC影响较大;密码子偏好主要受自然选择和突变影响,突变因素对马尾杉属的影响大于石杉属;石杉科8个物种分别确定12个、13个、12个、15个、9个、17个、17个和16个最优密码子,石杉属5个物种和马尾杉属3个物种分别确定7个和11个最优密码子,8个物种共同的最优密码子仅4个。【结论】石杉科植物叶绿体基因组密码子使用偏好性受多种因素影响,其中,突变因素对马尾杉属的影响大于石杉属,石杉属5个物种和马尾杉属3个物种分别确定7个和11个最优密码子。
文摘为探究南五味子属植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及影响因素,利用Codon W 1.4.2、CUSP及EMBOSS等程序,进行中性绘图、ENC-plot及PR2-plot绘图分析。结果表明,南五味子属4个物种的叶绿体基因组密码子总体偏性较弱,只有rps14的ENC值小于40;物种间的密码子参数高度保守,GC_(2)对ENC影响较大;有31个密码子RSCU大于1,均以A/U结尾;自然选择在4个物种叶绿体基因组同义密码子使用偏性中发挥主导作用;南五味子属4个物种中分别确定了18、17、16和18个最优密码子,共有的最优密码子有14个;在ΔR_(SCU)>0.5的高频密码子中,仅有编码半胱氨酸(Cys)的UGU为共有最优密码子。表明南五味子属4个物种间密码子偏好性较保守,自然选择是影响密码子偏好性的主要因素。研究结果为南五味子属物种鉴定、保护和遗传改良提供了基础。
