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蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)全长转录组测序及分析
被引量:
6
1
作者
尚骁尧
周玲芳
+1 位作者
尹芊芊
晁跃辉
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第8期131-140,共10页
为了深入分析和探索豆科模式植物蒺藜苜蓿的mRNA完整结构,使用单分子长读数测序技术(single-molecule long-read sequencing technology,SMRT)对蒺藜苜蓿进行全长转录组测序及分析。共获得7 728 183个subread和509 014条全长非嵌合序列(...
为了深入分析和探索豆科模式植物蒺藜苜蓿的mRNA完整结构,使用单分子长读数测序技术(single-molecule long-read sequencing technology,SMRT)对蒺藜苜蓿进行全长转录组测序及分析。共获得7 728 183个subread和509 014条全长非嵌合序列(full-length non-chimeric read,FLNC),通过比对分析发现,94.36%的序列与93.01%的序列分别与蒺藜苜蓿R108与A17参考基因组匹配。总计存在8 406种可变性剪接,其中主要的剪接方式为内含子保留(intron retention,RI)。共发现23 926个基因,其中12 049个基因存在295 545条转录本,在这些转录本中至少存在一个poly(A)位点。此外,共鉴定出3 223条转录因子,6 595条长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和479条融合转录本。使用SMRT技术能够深入发掘蒺藜苜蓿转录数据,也为更好地利用蒺藜苜蓿基因组资源提供数据补充。
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关键词
蒺藜苜蓿
单分子全长读数测序
可变性剪接
融合转录本
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职称材料
题名
蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)全长转录组测序及分析
被引量:
6
1
作者
尚骁尧
周玲芳
尹芊芊
晁跃辉
机构
北京林业大学草业与草原学院
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第8期131-140,共10页
基金
国家自然科学基金面上基金项目(31971770)。
文摘
为了深入分析和探索豆科模式植物蒺藜苜蓿的mRNA完整结构,使用单分子长读数测序技术(single-molecule long-read sequencing technology,SMRT)对蒺藜苜蓿进行全长转录组测序及分析。共获得7 728 183个subread和509 014条全长非嵌合序列(full-length non-chimeric read,FLNC),通过比对分析发现,94.36%的序列与93.01%的序列分别与蒺藜苜蓿R108与A17参考基因组匹配。总计存在8 406种可变性剪接,其中主要的剪接方式为内含子保留(intron retention,RI)。共发现23 926个基因,其中12 049个基因存在295 545条转录本,在这些转录本中至少存在一个poly(A)位点。此外,共鉴定出3 223条转录因子,6 595条长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和479条融合转录本。使用SMRT技术能够深入发掘蒺藜苜蓿转录数据,也为更好地利用蒺藜苜蓿基因组资源提供数据补充。
关键词
蒺藜苜蓿
单分子全长读数测序
可变性剪接
融合转录本
Keywords
Medicago truncatula
single-molecule long-read sequencing
alternative splice
fusion transcript
分类号
S541 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)全长转录组测序及分析
尚骁尧
周玲芳
尹芊芊
晁跃辉
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
6
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