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新疆地区人类免疫缺陷病毒-1感染者CRF07-BC流行毒株gag基因遗传特性
被引量:
2
1
作者
周素娟
米吉提·买买提
+7 位作者
王发省
常燕玲
尼芮
芮
宝玲
王丽
王昌敏
高眉扬
何纳
《中华传染病杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第12期746-749,共4页
目的分析新疆地区HIV-1感染者中流行的单-亚型CRF07-BC毒株的gag基因遗传特性。方法对35例CRF07-BC亚型的HIV-1感染者分别于2011年9月(T1时间点)、2012年5月(T2时间点)、2013年2月(T3时间点)和2013年10月(T4时间点)4个时间点采...
目的分析新疆地区HIV-1感染者中流行的单-亚型CRF07-BC毒株的gag基因遗传特性。方法对35例CRF07-BC亚型的HIV-1感染者分别于2011年9月(T1时间点)、2012年5月(T2时间点)、2013年2月(T3时间点)和2013年10月(T4时间点)4个时间点采集全血标本。为排除不同程度免疫功能对HIV-1基因变异的影响,使用流式细胞仪进行CD4+T淋巴细胞计数,并按照CD4’T淋巴细胞〈200/pL(重度免疫抑制)、200~500/pL(中度免疫抑制)和〉500/pL(无免疫抑制)分为不同免疫功能的3组。抽提标本RNA,套式PCR扩增gag基因片段,最终将3组研究对象得到的4次序列进行基因离散率和进化树分析,并使用BEAST软件估算该地区CRF07-BC流行毒株的最近共同祖先株形成时间和平均进化速率。为排除HARRT对HIV-1基因变异影响,对HARRT组和非HARRT组进行基因离散率分析。结果3组不同免疫功能的研究对象均呈现出在T1、T2、T3、T4时间点的组内和组间基因离散率依次升高的趋势。HARRT组和非HARRT组也均呈现出在T1、T2、T3、T4时间点的组内和组间基因离散率依次升高的趋势。进化树分析显示,同一样本的几次序列在进化树上聚集成一簇,大部分毒株均在T4时间点上独立分出一支;其最近共同祖先株形成时间为10.9年E95%最高后验密度(HPD):2.O~22.2年],平均进化速率为1.34×10。替换·位点-1·年-1(95%HPD:5.16×10-4-2.23×10。替换·位点-1·年-1)。结论新疆地区HIV-1感染者CRF07-BC亚型毒株会随着在一个地区流行时间的延长,加大该地区同一亚型内的基因离散率;CRF07-BC单-亚型内病毒株的gag基因进化速率相对文献报道的略慢。
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关键词
HIV-1
基因产物
GAG
聚合酶链反应
进化速率
原文传递
题名
新疆地区人类免疫缺陷病毒-1感染者CRF07-BC流行毒株gag基因遗传特性
被引量:
2
1
作者
周素娟
米吉提·买买提
王发省
常燕玲
尼芮
芮
宝玲
王丽
王昌敏
高眉扬
何纳
机构
复旦大学公共卫生学院流行病学教研室公共卫生安全教育部重点实验室
新疆维吾尔自治区人民医院预防保健科
新疆伊宁市人民医院内科
乌鲁木齐市水磨沟区人民医院预防保健科
乌鲁木齐市疾病预防控制中心传染病科
出处
《中华传染病杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第12期746-749,共4页
基金
新疆维吾尔自治区科技支疆项目计划(201191248)
文摘
目的分析新疆地区HIV-1感染者中流行的单-亚型CRF07-BC毒株的gag基因遗传特性。方法对35例CRF07-BC亚型的HIV-1感染者分别于2011年9月(T1时间点)、2012年5月(T2时间点)、2013年2月(T3时间点)和2013年10月(T4时间点)4个时间点采集全血标本。为排除不同程度免疫功能对HIV-1基因变异的影响,使用流式细胞仪进行CD4+T淋巴细胞计数,并按照CD4’T淋巴细胞〈200/pL(重度免疫抑制)、200~500/pL(中度免疫抑制)和〉500/pL(无免疫抑制)分为不同免疫功能的3组。抽提标本RNA,套式PCR扩增gag基因片段,最终将3组研究对象得到的4次序列进行基因离散率和进化树分析,并使用BEAST软件估算该地区CRF07-BC流行毒株的最近共同祖先株形成时间和平均进化速率。为排除HARRT对HIV-1基因变异影响,对HARRT组和非HARRT组进行基因离散率分析。结果3组不同免疫功能的研究对象均呈现出在T1、T2、T3、T4时间点的组内和组间基因离散率依次升高的趋势。HARRT组和非HARRT组也均呈现出在T1、T2、T3、T4时间点的组内和组间基因离散率依次升高的趋势。进化树分析显示,同一样本的几次序列在进化树上聚集成一簇,大部分毒株均在T4时间点上独立分出一支;其最近共同祖先株形成时间为10.9年E95%最高后验密度(HPD):2.O~22.2年],平均进化速率为1.34×10。替换·位点-1·年-1(95%HPD:5.16×10-4-2.23×10。替换·位点-1·年-1)。结论新疆地区HIV-1感染者CRF07-BC亚型毒株会随着在一个地区流行时间的延长,加大该地区同一亚型内的基因离散率;CRF07-BC单-亚型内病毒株的gag基因进化速率相对文献报道的略慢。
关键词
HIV-1
基因产物
GAG
聚合酶链反应
进化速率
Keywords
HIV-1
Gene products, gag
Polymerase chain reaction
Evolutionary rate
分类号
R512.91 [医药卫生—内科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
新疆地区人类免疫缺陷病毒-1感染者CRF07-BC流行毒株gag基因遗传特性
周素娟
米吉提·买买提
王发省
常燕玲
尼芮
芮
宝玲
王丽
王昌敏
高眉扬
何纳
《中华传染病杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2014
2
原文传递
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