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新疆地区人类免疫缺陷病毒-1感染者CRF07-BC流行毒株gag基因遗传特性 被引量:2
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作者 周素娟 米吉提·买买提 +7 位作者 王发省 常燕玲 尼芮 宝玲 王丽 王昌敏 高眉扬 何纳 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期746-749,共4页
目的分析新疆地区HIV-1感染者中流行的单-亚型CRF07-BC毒株的gag基因遗传特性。方法对35例CRF07-BC亚型的HIV-1感染者分别于2011年9月(T1时间点)、2012年5月(T2时间点)、2013年2月(T3时间点)和2013年10月(T4时间点)4个时间点采... 目的分析新疆地区HIV-1感染者中流行的单-亚型CRF07-BC毒株的gag基因遗传特性。方法对35例CRF07-BC亚型的HIV-1感染者分别于2011年9月(T1时间点)、2012年5月(T2时间点)、2013年2月(T3时间点)和2013年10月(T4时间点)4个时间点采集全血标本。为排除不同程度免疫功能对HIV-1基因变异的影响,使用流式细胞仪进行CD4+T淋巴细胞计数,并按照CD4’T淋巴细胞〈200/pL(重度免疫抑制)、200~500/pL(中度免疫抑制)和〉500/pL(无免疫抑制)分为不同免疫功能的3组。抽提标本RNA,套式PCR扩增gag基因片段,最终将3组研究对象得到的4次序列进行基因离散率和进化树分析,并使用BEAST软件估算该地区CRF07-BC流行毒株的最近共同祖先株形成时间和平均进化速率。为排除HARRT对HIV-1基因变异影响,对HARRT组和非HARRT组进行基因离散率分析。结果3组不同免疫功能的研究对象均呈现出在T1、T2、T3、T4时间点的组内和组间基因离散率依次升高的趋势。HARRT组和非HARRT组也均呈现出在T1、T2、T3、T4时间点的组内和组间基因离散率依次升高的趋势。进化树分析显示,同一样本的几次序列在进化树上聚集成一簇,大部分毒株均在T4时间点上独立分出一支;其最近共同祖先株形成时间为10.9年E95%最高后验密度(HPD):2.O~22.2年],平均进化速率为1.34×10。替换·位点-1·年-1(95%HPD:5.16×10-4-2.23×10。替换·位点-1·年-1)。结论新疆地区HIV-1感染者CRF07-BC亚型毒株会随着在一个地区流行时间的延长,加大该地区同一亚型内的基因离散率;CRF07-BC单-亚型内病毒株的gag基因进化速率相对文献报道的略慢。 展开更多
关键词 HIV-1 基因产物 GAG 聚合酶链反应 进化速率
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