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酒精性肝炎自噬关键基因的筛选及生物信息学分析
被引量:
3
1
作者
袁超
练庆海
+3 位作者
尼贝贝
许燕
张彤
张剑
《器官移植》
CSCD
北大核心
2024年第1期90-101,共12页
目的筛选酒精性肝炎(AH)的自噬关键基因,探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点。方法采用基因表达综合数据库(GEO)中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取关键基因。...
目的筛选酒精性肝炎(AH)的自噬关键基因,探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点。方法采用基因表达综合数据库(GEO)中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取关键基因。对筛选的关键基因进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,蛋白质相互作用(PPI)分析,免疫浸润分析,构建信使RNA(mRNA)-微小RNA(miRNA)网络,进行酒精性肝病不同分期的自噬相关关键基因的表达差异分析,并进一步通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-qPCR)在AH患者和小鼠肝脏组织中验证。结果本研究筛选得到了11个与AH自噬相关的基因(EEF1A2、CFTR、SOX4、TREM2、CTHRC1、HSPB8、TUBB3、PRKAA2、RNASE1、MTCL1、HGF),均为上调基因。在AH患者和小鼠肝脏组织中,SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2在AH组中的相对表达量均高于对照组。结论SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2可能是AH潜在的生物标志物和治疗靶点。
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关键词
酒精性肝炎
自噬
关键基因
生物信息学
加权基因共表达网络分析(WGCNA)
基因本体(GO)
京都基因和基因组百科全书(KEGG)
蛋白质相互作用(PPI)
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职称材料
脾酪氨酸激酶在实体肿瘤中的研究进展
被引量:
1
2
作者
尼贝贝
李诗
《医学综述》
2017年第22期4414-4418,共5页
脾酪氨酸激酶(SYK)一度被认为是造血细胞特有的信号分子,在淋巴细胞成熟和免疫细胞激活中发挥重要作用,并在很多恶性血液病中被标识为致癌驱动因子。目前认为SYK在多种实体肿瘤中也发挥重要作用,尤其在肿瘤的增生及浸润转移方面有重要影...
脾酪氨酸激酶(SYK)一度被认为是造血细胞特有的信号分子,在淋巴细胞成熟和免疫细胞激活中发挥重要作用,并在很多恶性血液病中被标识为致癌驱动因子。目前认为SYK在多种实体肿瘤中也发挥重要作用,尤其在肿瘤的增生及浸润转移方面有重要影响,越来越多关于SYK在实体肿瘤中的研究陆续展开。SYK在不同肿瘤中发挥着不同甚至相反的作用,在一些肿瘤中是候选抑癌基因,在另外一些肿瘤中发挥癌基因的作用。对SYK基因深入研究,有望为发现肿瘤防治的新靶点提供线索。
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关键词
脾酪氨酸激酶
实体肿瘤
抑癌基因
癌基因
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职称材料
人脐带间充质干细胞通过线粒体转移减轻肝细胞缺血-再灌注损伤的机制研究
被引量:
1
3
作者
单佳柔
尼贝贝
+2 位作者
李翠平
徐睿璇
陈文捷
《器官移植》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期294-301,共8页
目的探讨人脐带间充质干细胞(HUC-MSC)通过线粒体转移减轻肝细胞缺血-再灌注损伤(IRI)的作用机制。方法将正常人肝细胞株L02分为空白对照组、氧糖剥夺(OGD)组、实验对照组、L02与HUCMSC共培养组(L02+HUC-MSC组),其中L02+HUC-MSC组根据L0...
目的探讨人脐带间充质干细胞(HUC-MSC)通过线粒体转移减轻肝细胞缺血-再灌注损伤(IRI)的作用机制。方法将正常人肝细胞株L02分为空白对照组、氧糖剥夺(OGD)组、实验对照组、L02与HUCMSC共培养组(L02+HUC-MSC组),其中L02+HUC-MSC组根据L02与HUC-MSC不同共培养比例分为101共培养组(A组)、41共培养组(B组)、21共培养组(C组)、11共培养组(D组)和12共培养组(E组)。采用流式细胞术检测L02细胞凋亡率和细胞内活性氧簇(ROS)相对量;采用流式细胞术检测L02的MitoTracker阳性率;采用激光共聚焦显微镜观察HUC-MSC向L02转移线粒体的情况。结果OGD组L02细胞凋亡率和细胞内ROS相对量高于空白对照组(均为P<0.05);与OGD组比较,B、C、D、E组L02细胞凋亡率均降低(均为P<0.05),E组L02细胞内ROS相对量降低(P<0.05)。A组L02的MitoTracker阳性率与实验对照组比较,差异无统计学意义(P>0.05),B、C、D、E组均较实验对照组增加(均为P<0.05),并呈浓度依赖性。在激光共聚焦显微镜下可观察到线粒体通过隧道纳米管(TNT)从HUC-MSC向L02转移。结论HUC-MSC可通过细胞间直接转移线粒体的方式减轻肝细胞IRI后细胞凋亡和降低细胞内ROS水平。
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关键词
缺血-再灌注损伤(IRI)
人脐带间充质干细胞(HUC-MSC)
氧糖剥夺(OGD)
活性氧簇(ROS)
线粒体转移
隧道纳米管(TNT)
细胞凋亡
免疫治疗
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职称材料
题名
酒精性肝炎自噬关键基因的筛选及生物信息学分析
被引量:
3
1
作者
袁超
练庆海
尼贝贝
许燕
张彤
张剑
机构
中山大学附属第三医院肝脏外科暨肝移植中心
中山大学附属第三医院疫苗研究所
中山大学附属第三医院生物治疗中心
出处
《器官移植》
CSCD
北大核心
2024年第1期90-101,共12页
基金
广东省自然科学基金面上项目(2019A1515011850、2022A1515012224)。
文摘
目的筛选酒精性肝炎(AH)的自噬关键基因,探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点。方法采用基因表达综合数据库(GEO)中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取关键基因。对筛选的关键基因进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,蛋白质相互作用(PPI)分析,免疫浸润分析,构建信使RNA(mRNA)-微小RNA(miRNA)网络,进行酒精性肝病不同分期的自噬相关关键基因的表达差异分析,并进一步通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-qPCR)在AH患者和小鼠肝脏组织中验证。结果本研究筛选得到了11个与AH自噬相关的基因(EEF1A2、CFTR、SOX4、TREM2、CTHRC1、HSPB8、TUBB3、PRKAA2、RNASE1、MTCL1、HGF),均为上调基因。在AH患者和小鼠肝脏组织中,SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2在AH组中的相对表达量均高于对照组。结论SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2可能是AH潜在的生物标志物和治疗靶点。
关键词
酒精性肝炎
自噬
关键基因
生物信息学
加权基因共表达网络分析(WGCNA)
基因本体(GO)
京都基因和基因组百科全书(KEGG)
蛋白质相互作用(PPI)
Keywords
Alcoholic hepatitis
Autophagy
Key gene
Bioinformatics
Weighted gene co-expression network analysis(WGCNA)
Gene ontology(GO)
Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)
Protein-protein interaction(PPI)
分类号
R617 [医药卫生—外科学]
R318.04 [医药卫生—生物医学工程]
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职称材料
题名
脾酪氨酸激酶在实体肿瘤中的研究进展
被引量:
1
2
作者
尼贝贝
李诗
机构
中山大学中山医学院
深圳市第二人民医院深圳大学第一附属医院转化医学研究院广东省泌尿生殖肿瘤系统与合成生物学重点实验室
出处
《医学综述》
2017年第22期4414-4418,共5页
基金
深圳市科技计划项目(JCYJ20160427173722143)
文摘
脾酪氨酸激酶(SYK)一度被认为是造血细胞特有的信号分子,在淋巴细胞成熟和免疫细胞激活中发挥重要作用,并在很多恶性血液病中被标识为致癌驱动因子。目前认为SYK在多种实体肿瘤中也发挥重要作用,尤其在肿瘤的增生及浸润转移方面有重要影响,越来越多关于SYK在实体肿瘤中的研究陆续展开。SYK在不同肿瘤中发挥着不同甚至相反的作用,在一些肿瘤中是候选抑癌基因,在另外一些肿瘤中发挥癌基因的作用。对SYK基因深入研究,有望为发现肿瘤防治的新靶点提供线索。
关键词
脾酪氨酸激酶
实体肿瘤
抑癌基因
癌基因
Keywords
Spleen tyrosine kinase
Solid tumors
Tumor suppressor
Oncogene
分类号
R73 [医药卫生—肿瘤]
下载PDF
职称材料
题名
人脐带间充质干细胞通过线粒体转移减轻肝细胞缺血-再灌注损伤的机制研究
被引量:
1
3
作者
单佳柔
尼贝贝
李翠平
徐睿璇
陈文捷
机构
中山大学附属第三医院生物治疗中心
中山大学附属第三医院疫苗研究所
出处
《器官移植》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期294-301,共8页
基金
国家自然科学基金(81770651)
中山大学青年教师培育项目(19ykpy28)。
文摘
目的探讨人脐带间充质干细胞(HUC-MSC)通过线粒体转移减轻肝细胞缺血-再灌注损伤(IRI)的作用机制。方法将正常人肝细胞株L02分为空白对照组、氧糖剥夺(OGD)组、实验对照组、L02与HUCMSC共培养组(L02+HUC-MSC组),其中L02+HUC-MSC组根据L02与HUC-MSC不同共培养比例分为101共培养组(A组)、41共培养组(B组)、21共培养组(C组)、11共培养组(D组)和12共培养组(E组)。采用流式细胞术检测L02细胞凋亡率和细胞内活性氧簇(ROS)相对量;采用流式细胞术检测L02的MitoTracker阳性率;采用激光共聚焦显微镜观察HUC-MSC向L02转移线粒体的情况。结果OGD组L02细胞凋亡率和细胞内ROS相对量高于空白对照组(均为P<0.05);与OGD组比较,B、C、D、E组L02细胞凋亡率均降低(均为P<0.05),E组L02细胞内ROS相对量降低(P<0.05)。A组L02的MitoTracker阳性率与实验对照组比较,差异无统计学意义(P>0.05),B、C、D、E组均较实验对照组增加(均为P<0.05),并呈浓度依赖性。在激光共聚焦显微镜下可观察到线粒体通过隧道纳米管(TNT)从HUC-MSC向L02转移。结论HUC-MSC可通过细胞间直接转移线粒体的方式减轻肝细胞IRI后细胞凋亡和降低细胞内ROS水平。
关键词
缺血-再灌注损伤(IRI)
人脐带间充质干细胞(HUC-MSC)
氧糖剥夺(OGD)
活性氧簇(ROS)
线粒体转移
隧道纳米管(TNT)
细胞凋亡
免疫治疗
Keywords
Ischemia-reperfusion injury(IRI)
Human umbilical cord mesenchymal stem cell(HUC-MSC)
Oxygen-glucose deprivation(OGD)
Reactive oxygen species(ROS)
Mitochondrial transfer
Tunneling nanotube(TNT)
Cell apoptosis
Immunotherapy
分类号
R617 [医药卫生—外科学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
酒精性肝炎自噬关键基因的筛选及生物信息学分析
袁超
练庆海
尼贝贝
许燕
张彤
张剑
《器官移植》
CSCD
北大核心
2024
3
下载PDF
职称材料
2
脾酪氨酸激酶在实体肿瘤中的研究进展
尼贝贝
李诗
《医学综述》
2017
1
下载PDF
职称材料
3
人脐带间充质干细胞通过线粒体转移减轻肝细胞缺血-再灌注损伤的机制研究
单佳柔
尼贝贝
李翠平
徐睿璇
陈文捷
《器官移植》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
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