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基于细胞焦亡基因构建肾上腺皮质癌预后模型及免疫微环境分析
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作者 孔令启 李昆芳 +4 位作者 丁一 张隽宁 孟欣彤 孙启瑞 屈艳琳 《现代肿瘤医学》 CAS 2024年第8期1496-1506,共11页
目的:建立一个细胞焦亡基因相关的肾上腺皮质癌预后模型,分析其免疫微环境并实验验证。方法:运用TCGA数据库和GTEx数据库筛选焦亡相关的差异表达基因,Cox回归和Lasso分析构建ACC预后风险模型,外部队列验证预后价值及临床相关性,对差异... 目的:建立一个细胞焦亡基因相关的肾上腺皮质癌预后模型,分析其免疫微环境并实验验证。方法:运用TCGA数据库和GTEx数据库筛选焦亡相关的差异表达基因,Cox回归和Lasso分析构建ACC预后风险模型,外部队列验证预后价值及临床相关性,对差异表达基因进行GO-KEGG和GSEA富集分析,探究致癌可能的相关通路,ssGSEA算法、Pearson相关性分析研究ACC的免疫微环境,实时荧光定量及免疫组化实验验证预测结果。结果:Lasso分析成功构建了ACC风险模型,Cox多因素回归分析显示风险评分可作为评价预后的独立因素。高风险患者具有更低的OS和PFI,时间依赖性ROC曲线下面积(AUC)均大于0.5。风险模型还与T、M、N临床分期相关,对外部队列进行同样的风险分组,显示高风险患者预后更差,进一步证实风险模型的普适性。富集分析显示E2f、MYC等致癌通路被显著上调。高风险组中多数免疫细胞浸润较差,且MHC分子、趋化因子等分子分泌下降,不利于抗癌免疫微环境的形成。TP53和DNNB1蛋白提示为ACC的潜在治疗靶点。实时荧光定量和免疫组化实验验证了模型的普适性。结论:本研究利用生物信息学方法,成功构建出肾上腺皮质癌风险模型,外部验证良好,具有较准确的预后能力。免疫微环境分析得出ACC患者常处于免疫抑制状态,因此热门免疫检查点抑制剂效果不佳。TP53和DNNB1癌蛋白在高风险患者中表达显著,可作为潜在治疗靶点,以改善免疫治疗失效的现状。希望该风险模型能为肾上腺皮质癌的预后识别及靶向治疗提供新思路。 展开更多
关键词 肾上腺皮质癌 细胞焦亡 风险模型 预后 免疫微环境
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深下腹穿支皮瓣(DIEP)在乳房重建中的应用
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作者 孔涵 屈艳琳 孔令启 《系统医学》 2024年第1期191-194,共4页
乳腺癌是全世界女性中最常见的恶性肿瘤,且发病年龄逐渐年轻化。随着患者生存期的延长及生活质量要求的提升,乳房重建成了很多患者的选择,在乳腺恶性肿瘤中起到至关重要的作用。乳房重建可以使乳房得到较好外观和对称性,使乳房外观方面... 乳腺癌是全世界女性中最常见的恶性肿瘤,且发病年龄逐渐年轻化。随着患者生存期的延长及生活质量要求的提升,乳房重建成了很多患者的选择,在乳腺恶性肿瘤中起到至关重要的作用。乳房重建可以使乳房得到较好外观和对称性,使乳房外观方面得到提升。深下腹穿支皮瓣(Deep Inferior Epigastric Perforator,DIEP)是目前自体组织重建手术最常用的术式之一,其损伤小,并发症发生率低,恢复快,得到广泛应用。本综述从术前、术中、术后三个方面对DIEP在乳房重建中的应用进行总结归纳。 展开更多
关键词 DIEP皮瓣 自体乳房重建 乳腺癌 综述
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鼻咽癌组织中高表达的GSDME对TME免疫浸润和患者预后的影响
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作者 丁一 李昆芳 +5 位作者 王然 张隽宁 苑珀涢 毕馨曼 余继霜 屈艳琳 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期489-496,共8页
目的:探究细胞焦亡相关基因GSDME在鼻咽癌组织中的表达及其对肿瘤微环境(TME)和患者预后的影响。方法:从TCGA数据库获得548例鼻咽癌患者的基因表达数据及临床资料,运用R语言对GSDME进行差异表达分析、GO-KEGG富集分析;从人类蛋白质图谱(... 目的:探究细胞焦亡相关基因GSDME在鼻咽癌组织中的表达及其对肿瘤微环境(TME)和患者预后的影响。方法:从TCGA数据库获得548例鼻咽癌患者的基因表达数据及临床资料,运用R语言对GSDME进行差异表达分析、GO-KEGG富集分析;从人类蛋白质图谱(HPA)数据库中获取GSDME蛋白在鼻咽癌组织和相应癌旁组织中的表达数据,通过STRING数据库探究与GSDME相互作用的蛋白质网络;应用ss GSEA算法分析GSDME在鼻咽癌组织中的表达及其与24种免疫细胞浸润的相关性,运用Spearman法分析GSDME与免疫检查点分子的相关性,通过TISIDB数据库分析GSDME表达与细胞因子基因表达的相关性。单因素和多因素COX回归分析筛选预后风险因素,基于风险因素GSDME绘制预后预测列线图和校准图,根据GSDME的表达水平对鼻咽癌患者进行生存分析和风险分析。qPCR法验证中国人鼻咽癌组织中GSDME及4种趋化因子mRNA的表达。结果:数据库数据分析显示,与癌旁组织相比,鼻咽癌组织中GSDME呈高表达(P<0.01),GO-KEGG富集分析显示GSDME参与免疫反应、细胞焦亡相关信号通路,GSDME表达与免疫细胞浸润、细胞因子及免疫检查点分子表达等相关,q PCR检查结果验证了中国人鼻咽癌组织中GSDME呈高表达。GSDME表达量、N分期和M分期是鼻咽癌患者预后的风险因素,基于风险因素建立的列线图和校正图能较好地预测鼻咽癌患者OS,鼻咽癌组织中GSDME高表达的患者预后差。结论:GSDME在鼻咽癌癌组织中呈高表达且是患者预后风险因素,基于GSDME建立的列线图预测预后效能良好;GSDME高表达与TME免疫浸润有关,其可能是免疫治疗的潜在靶点。 展开更多
关键词 鼻咽癌 细胞焦亡 GSDME 预后 免疫细胞浸润
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qRT-PCR检测结核分枝杆菌毒素-抗毒素系统mazE F的表达
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作者 刘微 赵继利 +2 位作者 屈艳琳 谢婉莹 袁俐 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期143-147,共5页
目的探讨结核分枝杆菌毒素基因mazF3,6,9及抗毒素基因mazE3,6,9的表达差异。方法运用实时定量PCR检测结核分枝杆菌单耐药株20株,耐多药株20株和标准株H37Rv毒素基因mazF3,6,9及抗毒素基因mazE3,6,9的表达水平;组间基因表达水平的差异用o... 目的探讨结核分枝杆菌毒素基因mazF3,6,9及抗毒素基因mazE3,6,9的表达差异。方法运用实时定量PCR检测结核分枝杆菌单耐药株20株,耐多药株20株和标准株H37Rv毒素基因mazF3,6,9及抗毒素基因mazE3,6,9的表达水平;组间基因表达水平的差异用one-way ANOVA进行统计分析。结果与对照株相比较,毒素基因mazF6,9在单耐药组(11.151 9±22.317 21;8.430 6±17.978 97)及耐多药组(4.601 6±1.290 18;6.962 7±6.929 48)表达均上调且差异有统计学意义(P<0.01),mazF3基因在单耐药组及耐多药组差异无统计学意义(P>0.05),抗毒素基因mazE3在单耐药(0.360 6±0.125 27)及耐多药组(0.201 6±0.165 42)中表达均下调,差异有统计学意义(P<0.01),mazE6均无统计学意义,mazE9只有在耐多药组(0.398 9±0.376 79)中表达下调,差异有统计学意义,(P<0.01)。结论毒素基因mazF6,9抗毒素基因mazE3,9可能参与了结核分枝杆菌的耐药形成,具体机制尚待进一步的研究。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 毒素-抗毒素系统 耐药性 耐多药
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结核分枝杆菌标准株H37Rv mazEF3基因过表达菌株的构建及初步鉴定
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作者 屈艳琳 赵继利 +3 位作者 刘微 申爱平 曹帅丽 袁俐 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 2016年第1期46-51,共6页
为构建H37Rv mazEF3基因的过表达菌株,检测过表达菌株mazEF3 mRNA表达水平。使用穿梭质粒pMV361,把mazEF3基因连入其中,构建重组质粒pMV361-mazEF3;利用电穿孔技术,将穿梭表达质粒导入H37Rv中,并将该菌涂在卡那霉素培养基上初步筛选,提... 为构建H37Rv mazEF3基因的过表达菌株,检测过表达菌株mazEF3 mRNA表达水平。使用穿梭质粒pMV361,把mazEF3基因连入其中,构建重组质粒pMV361-mazEF3;利用电穿孔技术,将穿梭表达质粒导入H37Rv中,并将该菌涂在卡那霉素培养基上初步筛选,提取阳性菌株质粒进行PCR、双酶切后送公司测序进一步验证;检测不同电转电压下mazEF3 mRNA表达水平,寻找最佳电转电压。结果显示,成功构建H37Rv mazEF3基因的过表达菌株,PCR、双酶切后目的基因,测序结果与已知mazEF3基因比对,同源性100%。实时荧光定量检测,电转电压为2300V时,构建的过表达菌株mazEF3 mRNA表达量最高。由此可知,成功构建及初步鉴定了mazEF3 mRNA过表达菌株,电转电压为2300V时,构建的过表达菌株mazEF3 mRNA表达量最高。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 mazEF3 毒素-抗毒素系统 过表达
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膀胱癌术后吉西他滨与吡柔比星灌注对复发预防效果 被引量:5
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作者 孔令启 于芹超 +1 位作者 杨猛 屈艳琳 《齐鲁医学杂志》 2016年第3期282-284,共3页
目的探讨吉西他滨(GEM)与吡柔比星(THP)膀胱灌注预防膀胱癌术后复发的有效性及其安全性。方法 2012年1月—2013年3月,我院收治的浅表性膀胱癌病人79例,经尿道膀胱肿瘤电切术(TURBT)后,观察组39例病人采用GEM行膀胱灌注治疗,对照... 目的探讨吉西他滨(GEM)与吡柔比星(THP)膀胱灌注预防膀胱癌术后复发的有效性及其安全性。方法 2012年1月—2013年3月,我院收治的浅表性膀胱癌病人79例,经尿道膀胱肿瘤电切术(TURBT)后,观察组39例病人采用GEM行膀胱灌注治疗,对照组40例病人采用THP进行膀胱灌注治疗。随访1~2年,观察两组复发情况及不良反应。结果观察组2年内复发率为17.9%,不良反应发生率为12.8%,对照组2年内复发率为22.5%,不良反应发生率为32.5%,两组复发率比较差异无显著性(P〉0.05);观察组不良反应发生率明显低于对照组(χ~2=4.347,P〈0.05)。结论 GEM和THP预防膀胱癌术后复发效果相近,而GEM膀胱灌注不良反应更少,病人耐受性好,值得临床推广使用。 展开更多
关键词 膀胱肿瘤 吉西他滨 吡柔比星 化学疗法 肿瘤 局部灌注 复发
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抑郁样小鼠肠黏膜屏障功能障碍研究 被引量:3
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作者 赵恬叶 屈艳琳 +2 位作者 王保生 解瑞宁 乔艺 《济宁医学院学报》 2019年第4期233-237,共5页
目的研究慢性社会击败应激所致抑郁样小鼠肠黏膜屏障功能性变化。方法构建慢性社会击败应激小鼠模型,运用社会接触实验检测小鼠抑郁样行为,将小鼠分为抑郁敏感组(10只)、抑郁抵抗组(6只)、空白对照组(10只),HE染色制片观察肠上皮的组织... 目的研究慢性社会击败应激所致抑郁样小鼠肠黏膜屏障功能性变化。方法构建慢性社会击败应激小鼠模型,运用社会接触实验检测小鼠抑郁样行为,将小鼠分为抑郁敏感组(10只)、抑郁抵抗组(6只)、空白对照组(10只),HE染色制片观察肠上皮的组织形态学变化并评分,实时荧光定量PCR测定Muc2基因的表达量。结果与空白对照组相比,抑郁敏感组小鼠回肠组织形态结构出现明显损伤,且组织病理学评分显著升高,差异具有统计学意义(P<0.05),抑郁抵抗组与空白对照组差异不显著(P>0.05);抑郁敏感组M uc 2的mRNA表达上调,差异具有统计学意义(P<0.05),抑郁抵抗组差异不显著(P>0.05)。结论慢性社会击败应激所致小鼠抑郁症可能与肠黏膜机械屏障损伤存在相关性。 展开更多
关键词 抑郁样小鼠 慢性社会击败应激 抑郁症 肠黏膜屏障
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小儿睾丸肿瘤的诊疗现状
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作者 孔令启 屈艳琳 朱凡河 《岭南现代临床外科》 2021年第6期684-687,F0003,共5页
儿童与成人睾丸肿瘤在病理特点、治疗方案、临床预后上均存在明显差异。由于睾丸肿瘤在儿童中发病率低、病理分析较多、治疗方案差别较大,这要求临床医师要掌握丰富的相关医学知识及临床技能,以便对睾丸肿瘤及早诊断、精准分型及合理治... 儿童与成人睾丸肿瘤在病理特点、治疗方案、临床预后上均存在明显差异。由于睾丸肿瘤在儿童中发病率低、病理分析较多、治疗方案差别较大,这要求临床医师要掌握丰富的相关医学知识及临床技能,以便对睾丸肿瘤及早诊断、精准分型及合理治疗。目前国内对小儿睾丸肿瘤的研究不多,患者数量相对较少导致研究的局限性和研究偏倚,因此对小儿睾丸肿瘤的认识有限。本文综述了睾丸肿瘤的诊断与治疗进展。 展开更多
关键词 小儿 睾丸肿瘤 诊断 治疗
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JAK抑制剂治疗中重度COVID-19患者临床疗效及安全性的Meta分析
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作者 丁一 李昆芳 +4 位作者 彭翱翔 刘乃婕 路嘉慧 薛庆节 屈艳琳 《中国医院药学杂志》 CAS 北大核心 2023年第5期536-544,共9页
目的:采用Meta分析方法评估JAK抑制剂治疗中重度COVID-19患者的临床疗效及安全性。方法:从PubMed、Web of Science,Cochrane Library数据库检索了2020年1月1日至2022年4月的685篇相关文章,最终纳入13篇文献到RevMan 5.4.1软件中进行主... 目的:采用Meta分析方法评估JAK抑制剂治疗中重度COVID-19患者的临床疗效及安全性。方法:从PubMed、Web of Science,Cochrane Library数据库检索了2020年1月1日至2022年4月的685篇相关文章,最终纳入13篇文献到RevMan 5.4.1软件中进行主要临床结局的研究。Cochrane风险评估工具和Newcastle-Ottawa Scale(NOS)量表分别评估随机对照实验和队列研究的文献质量。亚组分析研究了用药剂量、种类、合并用药对临床死亡率的影响。结果:最终纳入13项研究,包括4402名患者,大多为感染SARS-CoV-2的中重度或重度老年患者。研究全因死亡率时,实验组与对照组相比有更低的临床死亡风险(RR=0.55,95%CI:0.47~0.65),且实验组总体严重不良反应风险和机械通气的需求率均低于对照组(总体严重不良反应:RR=0.78,95%CI:0.67~0.91;机械通气:RR=0.63,95%CI:0.46~0.85)。按照系统分析了实验组和对照组发生严重不良反应的差异。实验组发生继发性感染、泌尿系统和呼吸系统严重不良事件的风险更低,心血管系统严重不良事件的发生风险差异无统计学意义。此外对用药种类、剂量、合并用药进行了亚组分析,希望对临床治疗提供更多思路。结论:JAK抑制剂治疗中重度或重度COVID-19患者的临床疗效及安全性较好,且临床严重不良事件的发生风险更低,尚无试验证明相关不良反应发生与JAK抑制剂的直接相关性。 展开更多
关键词 JAK抑制剂 COVID-19 临床疗效 META分析
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EB病毒BZLF1基因表位疫苗的预测及构建
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作者 丁一 李昆芳 +1 位作者 薛庆节 屈艳琳 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2023年第1期12-18,共7页
目的 采用生物信息学方法预测EB病毒BZLF1基因编码蛋白的结构、抗原表位及疫苗的初步构建,为EB病毒相关疾病的疫苗的研制提供依据。方法 通过NCBI获得EB病毒BZLF1蛋白的核苷酸序列和氨基酸序列,采用ORF Finder、Protparam、SOPMA、DTU H... 目的 采用生物信息学方法预测EB病毒BZLF1基因编码蛋白的结构、抗原表位及疫苗的初步构建,为EB病毒相关疾病的疫苗的研制提供依据。方法 通过NCBI获得EB病毒BZLF1蛋白的核苷酸序列和氨基酸序列,采用ORF Finder、Protparam、SOPMA、DTU Health Tech、TMHMM-2.0、Cell-PLoc 2.0、NetPhos 3.1 Servera、NetNGlyc、SWISS MODE、Immunomedicine Group、IEDB、BLAST、Uniprot等生物信息学软件对EB病毒BZLF1蛋白的理化性质、亲疏水性、结构域、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、磷酸化及糖基化位点、二级结构、三级结构、抗原决定簇、B细胞与T细胞抗原表位、蛋白同源性及相互作用蛋白进行预测分析。在T4DNA连接酶作用下连接BZLF1基因与穿梭表达载体pMV261,对连接产物进行PCR及双酶切鉴定。结果 BZLF1蛋白是由245个氨基酸组成的亲水蛋白,分子式为C_(1185)H_(1850)N_(332)O_(366)S_(8),相对分子质量为26.860×10^(3),理论等电点为5.25,脂肪族氨基酸指数为71.35,平均亲水系数为-0.529;该蛋白二级结构以无规则卷曲居多,占51.84%,无信号肽和跨膜区,存在18个磷酸化位点,2个糖基化位点,含有1个碱性亮氨酸拉链结构。预测该蛋白有9个抗原决定簇,8个B细胞优势抗原表位,9个CTL细胞优势表位,8个Th细胞表位,与人类环状amp反应元件结合蛋白相似度为6.12%,同源性较低。PCR及双酶切鉴定含BZLF1基因的pMV261载体构建正确。结论 生物信息学预测BZLF1属于亲水蛋白,热稳定性较好。该蛋白含有多个磷酸化位点可参与相关信号通路,对疾病的发展起到重要作用。BZLF1含有多个B、T细胞抗原表位,且与人体蛋白同源性低,不易发生免疫交叉反应,可作为EB病毒候选疫苗表位。 展开更多
关键词 EB病毒 BZLF1 生物信息学 抗原表位
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EB病毒潜伏膜蛋白LMP1疫苗的预测及验证
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作者 李昆芳 张隽宁 +3 位作者 丁一 公博傲 王然 屈艳琳 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2023年第7期750-758,共9页
目的采用生物信息学方法分析EB病毒潜伏膜蛋白LMP1,为疫苗的研发提供理论依据。方法在NCBI数据库中获取LMP1蛋白的基因组序列和氨基酸序列,采用生物信息学分析工具ProtParam、SOPMA、SWISS MODEL、SignalP、TMHMM、Cell-PLoc 2.0、NetN... 目的采用生物信息学方法分析EB病毒潜伏膜蛋白LMP1,为疫苗的研发提供理论依据。方法在NCBI数据库中获取LMP1蛋白的基因组序列和氨基酸序列,采用生物信息学分析工具ProtParam、SOPMA、SWISS MODEL、SignalP、TMHMM、Cell-PLoc 2.0、NetNGly、NetPhos-3.1、Conserved domains、IEDB、BLAST、Immunomedicine Group、UniProt预测LMP1蛋白的理化性质,二、三级结构,信号肽和跨膜区域,亚细胞定位,糖基化位点和磷酸化位点,保守结构域,B、T细胞表位,同源性,抗原决定簇以及相互作用蛋白。构建重组质粒LMP1-pMV261以及重组卡介苗,并通过检测LMP1分子及蛋白表达水平探究构建疫苗的基本条件。结果LMP1蛋白分子式为C1901H2877N493O562S11,氨基酸数为386,相对分子质量为41.98238×10^(3),原子总数为5844。LMP1蛋白为稳定亲水蛋白,二级结构主要为无规则卷曲(Cc),占49.48%,易与抗体嵌合。该蛋白无信号肽,具有6个跨膜区,亚细胞定位在宿主细胞膜,无糖基化位点,有27个磷酸化位点,7个相互作用蛋白。实时荧光定量PCR及Western blot检测该蛋白基因及蛋白表达均稳定。结论生物信息学分析LMP1蛋白为稳定亲水蛋白,含有丰富的B、T细胞表位,构建的重组卡介苗蛋白表达稳定,可作为EB病毒的候选疫苗。 展开更多
关键词 LMP1 EB病毒 生物信息学分析
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实时荧光定量PCR对结核病潜伏感染快速诊断的研究 被引量:1
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作者 屈艳琳 谢松松 +6 位作者 左维泽 刘薇 赵继利 曹帅丽 申爱平 廖娟 袁俐 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2016年第4期294-300,共7页
目的探讨7种细胞因子的mRNA表达水平作为诊断结核分枝杆菌潜伏感染生物标志物的可能性。方法健康对照64人,活动性肺结核50人,结核分枝杆菌潜伏感染60人,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测结核特异性抗原刺激的外周血中TNF-α、IFN-γ、I... 目的探讨7种细胞因子的mRNA表达水平作为诊断结核分枝杆菌潜伏感染生物标志物的可能性。方法健康对照64人,活动性肺结核50人,结核分枝杆菌潜伏感染60人,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测结核特异性抗原刺激的外周血中TNF-α、IFN-γ、IL-2、IL-10、IFI35、CXCL10及Foxp3的mRNA表达水平。结果 7种因子相对表达量在活动性肺结核组分别为2.33±0.09、4.94±0.45、150±17.82、2.02±0.55、9.53±5.96、5.56±0.97、1.24±0.17,潜伏感染组分别为3.2±0.61、10.04±1.89、202±17.6、21.89±10.25、29.17±11.19、41.35±11.46、2.14±0.67,健康组分别为1.2±0.08、2.92±0.03、53±17.82、1.48±0.17、1.28±0.77、1.63±0.25、1.03±0.67。潜伏感染组与健康组相比7种细胞因子的mRNA表达水平,差异均有统计学意义(P<0.01),相应细胞因子检测的敏感性、特异性分别为95.1%、82.5%,92.5%、88.7%,91.9%、90.1%,88.2%、51.5%,74.2%、61.2%,81.8%、73.4%和80.4%、51.3%;潜伏感染组和活动性结核组比较除IFI35因子外,其余6种细胞因子的mRNA表达水平差异均有统计学意义(P<0.05),相应细胞因子检测的特异性、敏感性分别为90.6%、80%,88.6%、92.7%,91.9%、86.2%,57.6%、60%,50%、58%,76%、72.2%和66.7%、67.1%;健康对照组和活动性结核组相比较,7种细胞因子的mRNA表达水平差异均有统计学意义(P<0.01),相应细胞因子检测的敏感性、特异性分别为92.3%、90%,88.6%、86.7%,94.4%、86.7%,89.7%、65.8%,82.4%、63.3%,88.2%、70%和92.9%、72.1%。结核病密切接触者潜伏感染率为48.97%,健康组潜伏感染率为36%。结论结核病患者血清TNF-α、IFN-γ、IL-2mRNA水平升高,以潜伏感染者升高更显著,因此可作为诊断结核分枝杆菌潜伏感染的生物标志物。 展开更多
关键词 结核病 潜伏感染 实时定量PCR技术 诊断
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新疆地区汉族和维吾尔族居民感染结核分枝杆菌mazEF系统天然缺失与耐药相关性研究 被引量:1
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作者 屈艳琳 姜晓刚 +1 位作者 王保生 朱凡河 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第7期743-746,750,共5页
目的探讨新疆地区汉族和维吾尔族居民感染结核分枝杆菌mazEF系统天然缺失与耐药的相关性。方法采集新疆多地区汉族、维吾尔族活动性结核患者的痰液标本,NaOH处理后接种罗氏培养基培养,比例法药敏试验鉴定其耐药性;分离结核分枝杆菌,煮... 目的探讨新疆地区汉族和维吾尔族居民感染结核分枝杆菌mazEF系统天然缺失与耐药的相关性。方法采集新疆多地区汉族、维吾尔族活动性结核患者的痰液标本,NaOH处理后接种罗氏培养基培养,比例法药敏试验鉴定其耐药性;分离结核分枝杆菌,煮沸法提取DNA,PCR扩增mazEF系统,分析mazEF系统天然缺失与耐药性的相关性。结果共分离结核分枝杆菌838株,其中分离自汉族居民371株,分离自维吾尔族居民467株。汉族分离株中耐药6株,mazEF系统缺失68株;维吾尔族分离株中耐药23株,mazEF系统缺失31株。两民族分离株耐药率及mazEF系统缺失差异均有统计学意义(χ2值分别为6.557和27.123,P<0.05);敏感株与耐药株mazEF系统缺失率分别为12.24%和0,差异有统计学意义(χ2=4.024,P<0.05)。结论维吾尔族分离株结核分枝杆菌较汉族分离株耐药性高;mazEF系统缺失率汉族分离株高于维吾尔族分离株,敏感株mazEF系统缺失率高于耐药株,由此推测mazEF系统天然缺失与结核分枝杆菌耐药相关。 展开更多
关键词 汉族 维吾尔族 耐药 结核分枝杆菌 mazEF
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血吸虫丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶RIO2的生物学信息预测 被引量:2
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作者 赵珍 阿孜尔古丽·阿布都克日木 +3 位作者 屈艳琳 戴军 丁剑冰 于涛 《寄生虫病与感染性疾病》 CAS 2018年第4期182-185,191,共5页
目的应用在线软件分析血吸虫丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶RIO2抗原蛋白的生物学信息,为研制新型血吸虫病基因疫苗提供理论基础。方法采用蛋白质分析系统Protparam(http:∥expasy.org/tools/protparam.html)分析血吸虫丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶R... 目的应用在线软件分析血吸虫丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶RIO2抗原蛋白的生物学信息,为研制新型血吸虫病基因疫苗提供理论基础。方法采用蛋白质分析系统Protparam(http:∥expasy.org/tools/protparam.html)分析血吸虫丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶RIO2蛋白的理化性质;利用软件Protscale(http:∥www.espasy.org/cgibin/protscale.p1)蛋白质在线分析RIO2蛋白的亲(疏)水性;在线软件预测血吸虫RIO2丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶蛋白的二级结构,利用PyMOLviewer软件作图构建三级结构模型。结果利用在线软件预测血吸虫RIO2抗原蛋白的二级结构中α螺旋结构占41.01%,β-折叠占11.63%,无规则卷曲占34.25%。负电荷残基(Asp+Glu)数为55,正电荷残基(Arg+Lys)数为77,不稳定系数为50.41,预测为不稳定蛋白;总平均亲水性系数为-0.633,可能为亲水性蛋白质;预测RIO2蛋白糖基化位点在31、96、176、260、330和369氨基酸处,且存在在1个丝氨酸、1个苏氨酸、2个酪氨酸磷酸化。结论生物信息学分析血吸虫RIO2含有磷酸化位点和糖基化位点。因此推测其可能具有免疫原性,可为血吸虫高效表位疫苗的研发提供参考,为血吸虫病的临床诊断与治疗提供新的靶标。 展开更多
关键词 日本血吸虫 RIO2蛋白 抗原表位 生物信息学
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致病微生物长链非编码RNA(lncRNA)研究进展 被引量:1
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作者 屈艳琳 袁俐 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2015年第1期75-77,共3页
长链非编码RNA(lncRNA)长度大于200个核苷酸,无蛋白编码功能,在真核细胞基因组中被普遍转录。相对研究较多的非编码小RNA,lncRNA的功能目前尚不清楚,但越来越多的研究发现,lncRNA在多个水平调控基因的表达。本文在简要介绍lncRNA的基础... 长链非编码RNA(lncRNA)长度大于200个核苷酸,无蛋白编码功能,在真核细胞基因组中被普遍转录。相对研究较多的非编码小RNA,lncRNA的功能目前尚不清楚,但越来越多的研究发现,lncRNA在多个水平调控基因的表达。本文在简要介绍lncRNA的基础上,结合国内外最新报道,对lncRNA在一些细菌及病毒引起感染性疾病过程中的调节作用研究进展作一综述。 展开更多
关键词 长链非编码RNA 微生物 细菌 病毒 综述
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lncRNA在结核病患者外周血的差异性表达 被引量:4
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作者 赵继利 刘微 +3 位作者 曹帅丽 屈艳琳 崔庆华 袁俐 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第4期328-334,340,共8页
目的比较活动性肺结核患者、潜伏感染者与健康对照者外周血结核分枝杆菌特异性抗原刺激前后lncRNA1和lncRNA2的差异性表达,探讨其作为诊断结核分枝杆菌感染生物标志物的可能性。方法收集活动性肺结核患者、潜伏感染者和健康对照者全血,... 目的比较活动性肺结核患者、潜伏感染者与健康对照者外周血结核分枝杆菌特异性抗原刺激前后lncRNA1和lncRNA2的差异性表达,探讨其作为诊断结核分枝杆菌感染生物标志物的可能性。方法收集活动性肺结核患者、潜伏感染者和健康对照者全血,分别在特异性抗原刺激前后提取RNA,利用实时荧光定量PCR方法检测lncRNA1和lncRNA2的mRNA表达水平。应用ELISA检测血浆中IFN-γ和IL-2含量。结果结核分枝杆菌特异性抗原刺激前,结核病组、潜伏感染组全血lncRNA1相对表达量较健康对照组分别下降32%和64%;lncRNA2结核病组相对表达量是健康对照组的6.10倍;抗原刺激后,结核病组、潜伏感染组lncRNA1相对表达量较健康对照组分别下降33%和77%,lncRNA2潜伏感染组相对表达量较健康对照组下降84%。与刺激前相比,抗原刺激后健康对照组、结核病组lncRNA1相对表达量分别提高1.80倍和2.80倍,lncRNA2健康对照组、潜伏感染组分别提高3.50倍和1.86倍(P<0.05)。健康组与潜伏感染组、结核病组与潜伏感染组、健康组与结核病组lncRNA1ROC曲线下面积(AUC)分别为0.700、0.752和0.400,lncRNA2的AUC分别为0.702、0.465和0.762。在结核特异性蛋白刺激前,结核病组IFN-γ、IL-2含量均高于健康组(P<0.05),刺激后,结核病组及潜伏感染组与健康组相比较、潜伏感染组与结核病组相比较IFN-γ均增高(P<0.05)。与刺激前相比,刺激后3组IFN-γ、IL-2诱导表达量均显著增高(P<0.05)。结论活动性结核病、潜伏感染和健康对照者全血结核特异性抗原刺激前后lncRNA1和lncRNA2均出现差异性表达,结核病及潜伏感染者血浆IFN-γ含量增高。lncRNA1和lncRNA2可能是诊断肺结核感染的潜在生物标志物。 展开更多
关键词 肺结核 结核分枝杆菌潜伏感染 长链非编码RNA 荧光定量PCR
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新冠病毒N基因编码蛋白的生物信息学分析 被引量:2
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作者 孔令启 丁一 屈艳琳 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第7期745-750,756,共7页
目的利用生物信息学方法分析预测新冠病毒N基因编码蛋白的结构及抗原表位,为研究新冠病毒靶向药物和疫苗提供理论依据。方法通过NCBI获得新冠病毒核衣壳蛋白的核苷酸序列和氨基酸序列,采用ORF Finder、Protparam、SOPMA、DTU Health Tec... 目的利用生物信息学方法分析预测新冠病毒N基因编码蛋白的结构及抗原表位,为研究新冠病毒靶向药物和疫苗提供理论依据。方法通过NCBI获得新冠病毒核衣壳蛋白的核苷酸序列和氨基酸序列,采用ORF Finder、Protparam、SOPMA、DTU Health Tech、TMHMM-2.0、Conserved domains、Cell-PLoc 2.0、NetPhos 3.1 Servera、NetNGlyc、SWISS MODE、Immunomedicine Group、IEDB、SYFPEITHI、BLAST、Uniprot等生物信息学软件对新冠病毒N蛋白的开放阅读框、理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜区、结构域、亚细胞定位、磷酸化及糖基化位点、二级结构、三级结构、抗原决定簇、B细胞与T细胞抗原表位、蛋白同源性及相互作用蛋白进行预测分析。结果新冠病毒核衣壳蛋白是由419个氨基酸组成的亲水蛋白,分子式为C_(1970)H_(3137)N_(607)O_(629)S_(7),相对分子质量为45.625×10^(3),理论等电点为10.07,脂肪族氨基酸指数为52.93,平均亲水系数为-0.971;该蛋白二级结构以无规则卷曲居多占55.13%,无信号肽和跨膜区,存在57个磷酸化位点,5个糖基化位点。预测该蛋白有16个抗原决定簇,8个B细胞优势抗原表位,16个CTL细胞优势表位,13个Th细胞表位,与SARS-CoV同源性最高,主要与6种蛋白相互作用发挥功能。结论新冠病毒N基因编码蛋白含有多个B、T细胞优势抗原表位,与SARS-CoV同源性高,可为冠状病毒疫苗的研发提供和理论基础。 展开更多
关键词 新冠病毒 核衣壳蛋白 生物信息学 抗原表位
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尿液中LncRNA UCA1检测对膀胱癌诊断价值的Meta分析 被引量:4
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作者 孔令启 屈艳琳 《临床泌尿外科杂志》 2017年第12期968-970,974,共4页
目的:通过Meta分析文献中已经报道的尿液中长链非编码RNA尿路上皮癌抗原1(LncRNA UCA1)对膀胱癌的诊断价值,探讨尿液中LncRNA UCA1对膀胱癌的诊断价值。方法:采用计算机检索PubMed、中国知网、万方和维普等数据库,按照已定的纳入和排除... 目的:通过Meta分析文献中已经报道的尿液中长链非编码RNA尿路上皮癌抗原1(LncRNA UCA1)对膀胱癌的诊断价值,探讨尿液中LncRNA UCA1对膀胱癌的诊断价值。方法:采用计算机检索PubMed、中国知网、万方和维普等数据库,按照已定的纳入和排除标准筛选文献,利用Meta-DiSc软件分别计算LncRNA UCA1检查组和尿细胞学(UC)检查组灵敏度、特异度、似然比和诊断性比数比。绘制总受试者工作特征曲线(SROC),计算曲线下面积,估计总诊断精确度。结果:共检出62篇相关文献,5篇文献纳入本次Meta分析,共1 066例,通过合并文献得出,LncRNA UCA1对膀胱癌的诊断总灵敏度为0.82(95%CI:0.76~0.88),特异度为0.87(95%CI:0.78~0.97),SROC的曲线下面积为0.905;UC检查检测膀胱癌总灵敏度为0.61(95%CI:0.57~0.65),特异度为0.95(95%CI:0.93~0.97),SROC的曲线下面积为0.91。LncRNA UCA1检查在总体诊断效能上与UC检查差异无统计学意义(P>0.05)。结论:目前研究证据表明,LncRNA UCA1对膀胱癌具有较好的诊断价值,其对膀胱癌的诊断灵敏度高于细胞学检查,但其特异度低于细胞学检查,所以尚不能证实LncRNA UCA1检测的诊断价值高于细胞学检查。 展开更多
关键词 长链非编码RNA尿路上皮癌抗原1 膀胱癌 诊断 META分析
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