南瓜蚜传黄化病毒基因组遗传多样性分析

【目的】研究南瓜蚜传黄化病毒(Cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)的分子特征、遗传结构和进化机制,对于明确该病毒病在田间发生的流行规律和制定长期可持续的防控策略具有重要意义。【方法】从新疆阿克苏市随机采集了疑似感染CABYV的120份甜瓜叶片,采用RT-PCR方法进行病毒检测,序列采用MEGA 7.0构建系统发育树,使用DnaSP v5.10分析不同序列之间的遗传多样性,采用RDP v.4.31软件分析CABYV序列可能发生的重组事件。【结果】经RT-PCR验证,38个样品为CABYV阳性,检出率为31.67%。从这些阳性样品中分离、测序、克隆得到了一个新的CABYV-2分离物。该分离物基因组长度为5497 bp,编码6个开放阅读框。与NCBI数据库中的来自不同国家的23个CABYV分离物相比,CABYV-2与KR231942.1的同源性最高,与JF939812.1的同源性最低。进化树分析结果表明,24个分离物由于地理因素的不同被分为2个分支,其中CABYV-2与KR231942.1聚在一起,属于分支1。遗传多样性与中性检验结果说明CABYV存在高度变异且种群不断扩展。重组分析结果表明,有EU636992.1和KR231949.1两个重组事件,重组加剧了CABYV的变异。【结论】CABYV在我国分布广泛且种群不断扩展,成为瓜类植物生产的限制因素。CABYV新疆阿克苏市分离株与韩国分离株KR231942.1亲缘关系最近,与来自欧洲国家的分离株亲缘关系最远,分支1和分支2分离株之间存在较大的遗传差异,CABYV在不同宿主间的重组加剧了CABYV的变异,重组和负选择可能是影响CABYV遗传变异的重要原因。

南瓜蚜传黄化病毒遗传多样性分析

哈密瓜是新疆重要的经济作物之一。南瓜蚜传黄化病毒(cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)是世界重要的瓜类黄化病毒,在新疆哈密瓜植株上普遍发生,严重威胁新疆哈密瓜的品质与产量。本研究从新疆阿克苏市随机采集120份哈密瓜叶片样品,经过RT-PCR检测证实38个样品为CABYV阳性,从阳性样品中分离、测序、克隆得到一个新的CABYV分离物。将该分离物与22个来自不同国家的分离物(NCBI)进行核酸和氨基酸序列一致性和系统发育分析,结果显示23个CABYV分离物根据地域差异被划分为2个不同进化群体。进一步对不同CABYV群体进行遗传多样性分析,结果表明CABYV在寄主和地理种群之间存在明显的遗传差异。选择压分析和偏离中立性检验显示CABYV种群近期可能发生了种群扩张或背景选择,并且负向选择可能是CABYV遗传变异的原因之一。本文较全面研究了CABYV的发生、危害与遗传结构及进化机制,可为新疆病毒病防治提供理论指导。

山西苹果茎痘病毒遗传多样性分析

苹果茎痘病毒是苹果安全生产的巨大威胁,严重影响苹果产量和质量。探讨苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV)在山西省的分布、变异和多样性,可为制定可持续的病毒管理策略提供理论依据。从山西省11个地区采集苹果叶片样品进行RT-PCR检测。结合在线数据库,利用相关软件对文中研究获得的序列进行系统发育、遗传多样性、重组以及种群遗传分化等分析。RT-PCR检测结果显示从山西省11个地区采集的409份苹果叶片样品中,ASPV的检出率为36.33%(临漪)至55.37%(平遥)。选择15个ASPV检测为阳性的样品,分别克隆其CP基因并与22个不同的ASPV分离物进行核苷酸和氨基酸一致性分析,发现37个ASPV分离物的核酸一致率为70.27~96.31%,氨基酸一致率为37.04~96.64%,其中,Shanxi-2与JX673826.1的核酸一致率最高,为90.86%, Shanxi-2与MN617853.1的核酸一致率最低,为70.40%。基于CP的进化树分析结果显示37个ASPV分离物被划分为2个进化群体。遗传多样性分析结果表明ASPV种群发生了收缩,且在两个群体之间呈现较大的遗传差异。ASPV-CP基因受负选择压力影响。该研究结果将为评估山西省ASPV的流行病学特征提供重要线索。