艰难梭菌感染的临床治疗策略及新药物研究进展

艰难梭菌(Clostridium difficile)是一种革兰阳性厌氧芽孢杆菌,因导致医院内腹泻备受关注。由于C. difficile的分离培养需要在厌氧状态下实现,这给国内外研究者带来非常大的限制和挑战。目前临床治疗手段主要采取抗生素和粪便微生物群移植(fecal microbiota transplantation, FMT)。据统计艰难梭菌感染(C. difficile infection, CDI)经万古霉素治疗后复发率高达30%,死亡率达15%,是临床上亟待解决的难题。目前,许多国家在大力开发有效的新型药物来治疗CDI。本文根据目前的临床治疗现状和正在开发中的新药物进行了简要总结,更新了目前5种已有临床实验的新型抗菌药物和11种新开发的不同抗菌剂,前者包括ridinilazole、surotomycin、cadazolid、CRS3123和DS-2969b;后者包括黄芩苷、rhodomyrtone、OPS-2071、rakicidin B、依拉环素、双环胍、CM-A、月桂酸、NCK-10、Raja 42和AJ-024。针对现有临床前和临床抗菌数据,将这些潜在药物与传统抗生素进行比较,分析其所具有的药代动力学和药效特征优势,以期为CDI的新药研发提供新思路。

PhageGT:dsDNA噬菌体基因组末端分析软件

【背景】随着测序费用的降低,越来越多的科学家选择利用高通量测序技术研究噬菌体的基因组序列。通过对这些基因组数据的分析和研究,一些科学家也开发出了判断dsDNA噬菌体末端序列的方法,但这些方法是基于Linux系统下的命令,并没有在Windows操作系统下的软件。【目的】在Windows平台下开发一款免费的、可以在高通量测序获得的庞大序列文件中找到dsDNA噬菌体基因组末端序列的软件PhageGT。【方法】使用Visual Studio 2019开发一个基于对话框的微软基础类库(Microsoft Foundation Classes,MFC)应用程序。软件使用C++语言开发,逐行读取序列文件中的每条Reads,并设计相应的算法进行统计、计算。【结果】软件PhageGT可在高通量测序文件中提取出不同序列出现的频率、排序,并利用提取序列的最高频率和序列平均频率的比值(R值)判断噬菌体基因组是否存在末端序列。【结论】软件PhageGT的使用比较方便、简单。软件PhageGT和本文所利用的所有测试数据均可从https://zenodo.org/record/4674231#.YHADb-gzZxc免费获得。