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基因组大数据变异检测算法的并行优化
被引量:
1
1
作者
崔英博
黄春
+3 位作者
唐滔
杨灿群
廖湘科
彭绍亮
《大数据》
2020年第5期16-28,共13页
序列比对和变异检测是基因组数据分析的基础步骤,是后续各种功能性分析的前提,也是基因组数据分析中最耗时的环节。为有效处理高通量测序技术产生的海量基因组大数据,采用OpenMP、MPI等技术,对序列比对算法和SNP检测算法进行了多级并行...
序列比对和变异检测是基因组数据分析的基础步骤,是后续各种功能性分析的前提,也是基因组数据分析中最耗时的环节。为有效处理高通量测序技术产生的海量基因组大数据,采用OpenMP、MPI等技术,对序列比对算法和SNP检测算法进行了多级并行优化,并对相关算法进行了改进。在不同数据集和并行规模下的测试中,核心算法加速比达到9倍以上,大规模测试中算法的并行效率保持在60%以上,在保证精度的前提下获得了良好的并行性能和可扩展性,有效提高了基因组大数据变异检测的能力。
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关键词
序列比对
SNP
OPENMP
MPI
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职称材料
变电站电气设备安装方法探讨
被引量:
8
2
作者
崔英博
《科技与生活》
2011年第11期107-107,共1页
电气安装质量的好坏,对于变电站整体效能具有重要作用,因此合理可行的安装方法,对保证工程质量及今后安全运行具有重要作用。
关键词
变电站
电气设备
安装方法
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职称材料
生物效应大数据评估聚类算法的并行优化
被引量:
1
3
作者
彭绍亮
杨顺云
+6 位作者
孙哲
程敏霞
崔英博
王晓伟
李非
伯晓晨
廖湘科
《大数据》
2018年第3期24-36,共13页
生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标。基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式。综合考虑了MPI、Open MP两级并行加速,移植优化...
生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标。基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式。综合考虑了MPI、Open MP两级并行加速,移植优化了基因探针富集分析(GSEA)比对算法和聚类算法,使用不同的数据量和并行度验证了优化后算法潜在的良好可扩展性和快速处理海量生物信息数据的能力。
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关键词
GSEA
聚类
MPI
OPENMP
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职称材料
油田配电网电压偏差研究
4
作者
崔英博
《环球市场》
2016年第28期181-181,共1页
保证供电电压质量,使用户端电压波动范围在允许电压偏差范围之内,确保油田电力设施有效运行,是油田配电网建设、改造和运行中的主要任务之一。本文简要从电压偏差产生原因进行分析,并通过具体措施的实施,从而达到改善配电网电压质...
保证供电电压质量,使用户端电压波动范围在允许电压偏差范围之内,确保油田电力设施有效运行,是油田配电网建设、改造和运行中的主要任务之一。本文简要从电压偏差产生原因进行分析,并通过具体措施的实施,从而达到改善配电网电压质量的目的。
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关键词
配电网
电压质量
电压偏差
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职称材料
闪耀在心头的话语
5
作者
崔英博
《中学生博览》
2012年第23期53-55,共3页
在这座陌生的城市又想起了你。你我第一次相识是在一家玩具店,咱俩相中同一款赛车,都哭着让妈妈买,可只剩下最后一辆。最后你同意把车让给我,但是得借你玩几天。我答应了。没想到赛车再也没有回来……上小学第一天,我看见了你熟悉...
在这座陌生的城市又想起了你。你我第一次相识是在一家玩具店,咱俩相中同一款赛车,都哭着让妈妈买,可只剩下最后一辆。最后你同意把车让给我,但是得借你玩几天。我答应了。没想到赛车再也没有回来……上小学第一天,我看见了你熟悉的脸,从那以后,
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关键词
话语
玩具店
赛车
原文传递
题名
基因组大数据变异检测算法的并行优化
被引量:
1
1
作者
崔英博
黄春
唐滔
杨灿群
廖湘科
彭绍亮
机构
国防科技大学计算机学院
湖南大学信息科学与工程学院
国家超级计算长沙中心
出处
《大数据》
2020年第5期16-28,共13页
基金
国家重点研发计划基金资助项目(No.2018YFB0204301,No.2017YFB0202602)
国家自然科学基金资助项目(No.61772543,No.61972408)。
文摘
序列比对和变异检测是基因组数据分析的基础步骤,是后续各种功能性分析的前提,也是基因组数据分析中最耗时的环节。为有效处理高通量测序技术产生的海量基因组大数据,采用OpenMP、MPI等技术,对序列比对算法和SNP检测算法进行了多级并行优化,并对相关算法进行了改进。在不同数据集和并行规模下的测试中,核心算法加速比达到9倍以上,大规模测试中算法的并行效率保持在60%以上,在保证精度的前提下获得了良好的并行性能和可扩展性,有效提高了基因组大数据变异检测的能力。
关键词
序列比对
SNP
OPENMP
MPI
Keywords
sequence alignment
SNP
OpenMP
MPI
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
变电站电气设备安装方法探讨
被引量:
8
2
作者
崔英博
机构
辽河油田电力集团公司检修试验工区
出处
《科技与生活》
2011年第11期107-107,共1页
文摘
电气安装质量的好坏,对于变电站整体效能具有重要作用,因此合理可行的安装方法,对保证工程质量及今后安全运行具有重要作用。
关键词
变电站
电气设备
安装方法
分类号
TM [电气工程]
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职称材料
题名
生物效应大数据评估聚类算法的并行优化
被引量:
1
3
作者
彭绍亮
杨顺云
孙哲
程敏霞
崔英博
王晓伟
李非
伯晓晨
廖湘科
机构
湖南大学信息科学与工程学院&国家超级计算长沙中心
国防科技大学计算机学院
中国人民解放军军事医学科学院
出处
《大数据》
2018年第3期24-36,共13页
基金
国家重点研发计划基金资助项目(No.2017YFB0202603
No.2017YFC1311003
+8 种基金
No.2016YFC1302500
No.2016YFB0200400
No.2017YFB0202104)
国家自然科学基金资助项目(No.61772543
No.U1435222
No.61625202
No.61272056)
广东省科学技术厅基金资助项目(No.2016B090918122)
化学生物传感与计量学国家重点实验室基金项目~~
文摘
生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标。基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式。综合考虑了MPI、Open MP两级并行加速,移植优化了基因探针富集分析(GSEA)比对算法和聚类算法,使用不同的数据量和并行度验证了优化后算法潜在的良好可扩展性和快速处理海量生物信息数据的能力。
关键词
GSEA
聚类
MPI
OPENMP
Keywords
GSEA
clustering
MPI
OpenMP
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
油田配电网电压偏差研究
4
作者
崔英博
机构
辽河石油勘探局电力集团公司生产技术科
出处
《环球市场》
2016年第28期181-181,共1页
文摘
保证供电电压质量,使用户端电压波动范围在允许电压偏差范围之内,确保油田电力设施有效运行,是油田配电网建设、改造和运行中的主要任务之一。本文简要从电压偏差产生原因进行分析,并通过具体措施的实施,从而达到改善配电网电压质量的目的。
关键词
配电网
电压质量
电压偏差
分类号
F273.2 [经济管理—企业管理]
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职称材料
题名
闪耀在心头的话语
5
作者
崔英博
出处
《中学生博览》
2012年第23期53-55,共3页
文摘
在这座陌生的城市又想起了你。你我第一次相识是在一家玩具店,咱俩相中同一款赛车,都哭着让妈妈买,可只剩下最后一辆。最后你同意把车让给我,但是得借你玩几天。我答应了。没想到赛车再也没有回来……上小学第一天,我看见了你熟悉的脸,从那以后,
关键词
话语
玩具店
赛车
分类号
H030 [语言文字—语言学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基因组大数据变异检测算法的并行优化
崔英博
黄春
唐滔
杨灿群
廖湘科
彭绍亮
《大数据》
2020
1
下载PDF
职称材料
2
变电站电气设备安装方法探讨
崔英博
《科技与生活》
2011
8
下载PDF
职称材料
3
生物效应大数据评估聚类算法的并行优化
彭绍亮
杨顺云
孙哲
程敏霞
崔英博
王晓伟
李非
伯晓晨
廖湘科
《大数据》
2018
1
下载PDF
职称材料
4
油田配电网电压偏差研究
崔英博
《环球市场》
2016
0
下载PDF
职称材料
5
闪耀在心头的话语
崔英博
《中学生博览》
2012
0
原文传递
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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