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结直肠癌中lncRNA相关ceRNA调控网络的构建与分析 被引量:2
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作者 何佳琪 崔馨桐 +5 位作者 王建乔 李倩 赵钰佳 侯晓雯 冯旭 吴际 《沈阳医学院学报》 2023年第6期649-653,共5页
目的:筛选结直肠癌相关的lncRNA,构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性内源网络,并预测其生物学功能。方法:从GEO数据库下载结直肠癌表达谱芯片数据并进行差异分析,使用Cytoscape软件构建ceRNA调控网络,利用DAVID对差异基因进行基因本体论(GO)... 目的:筛选结直肠癌相关的lncRNA,构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性内源网络,并预测其生物学功能。方法:从GEO数据库下载结直肠癌表达谱芯片数据并进行差异分析,使用Cytoscape软件构建ceRNA调控网络,利用DAVID对差异基因进行基因本体论(GO)功能和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用GEPIA数据库验证差异表达lncRNA与结直肠癌患者预后的关系。结果:从GEO数据库下载芯片GSE156720、GSE126092、GSE156732和GSE134834,筛选出差异表达基因,构建了基于4个lncRNA(HAND2-AS1、MEF2C-AS1、LINC01354和CRNDE)的ceRNA调控网络。GO、KEGG以及蛋白质互作分析结果显示这4个lncRNA可能通过竞争性结合miRNA,参与到结直肠癌的发生发展过程,其中HAND2-AS1与结直肠癌患者预后有关(P<0.05)。结论:通过生物信息学方法构建了结直肠癌lncRNA相关的ceRNA调控网络,为研究结直肠癌的分子机制研究提供了参考。 展开更多
关键词 长链非编码RNA GEO数据库 竞争性内源RNA 结直肠癌
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基于加权基因共表达网络分析筛选结肠癌关键长链非编码RNA及其竞争性内源RNA网络构建
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作者 李倩 卢金磊 +4 位作者 王会新 崔馨桐 王建乔 侯晓雯 冯旭 《癌症进展》 2023年第1期57-61,共5页
目的通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法筛选与结肠癌可能相关的长链非编码RNA(lncRNA),并构建其竞争性内源RNA(ceRNA)网络,为进一步探索结肠癌的机制提供依据。方法在GEO数据库下载结肠癌GSE126092的数据信息,获得差异表达lncRNA... 目的通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法筛选与结肠癌可能相关的长链非编码RNA(lncRNA),并构建其竞争性内源RNA(ceRNA)网络,为进一步探索结肠癌的机制提供依据。方法在GEO数据库下载结肠癌GSE126092的数据信息,获得差异表达lncRNA。下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠癌组织及结肠正常组织lncRNA的表达数据,通过WGCNA方法筛选出与结肠癌相关性最高的模块,与GEO差异表达lncRNA取交集筛选出结肠癌关键lncRNA,进一步构建这些lncRNA相关的ceRNA网络,对靶mRNA进行基因本位(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果共筛选出6个在结肠癌组织和正常组织中具有差异表达的lncRNA:锌指NFX1结构1反义RNA1(ZFAS1),β1,3-半乳糖基转移酶5反义RNA1(B3GALT5-AS1),细胞色素P450家族1亚家族B成员1反义RNA1(CYP1B1-AS1),二肽基肽酶样10反义RNA1(DPP10-AS1),VPS9包含域1反义RNA1(VPS9D1-AS1)和细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子2B反义RNA1(CDKN2B-AS1),并构建了其相关ceRNA网络。GO功能分析结果显示,生物功能主要集中在DNA模板转录调控、RNA聚合酶Ⅱ基因启动子的转录调控和RNA聚合酶Ⅱ启动子转录负向调控等;细胞功能主要集中在细胞核、突触、神经细胞体、突触后密集区和微管相关复合体;分子功能主要集中在核酸结合、金属离子结合、DNA结合等。KEGG富集分析结果显示,基因主要富集在癌症蛋白聚糖、磷脂酰肌醇-3-羟激酶(PI3K)-蛋白激酶B(AKT)信号通路、Rap1信号通路和局部粘连等。结论本研究通过WGCNA分析方法筛选出可能与结肠癌相关的lncRNA,并构建了其相关的ceRNA调控网络,可供后续实验验证。 展开更多
关键词 结肠癌 长链非编码RNA 加权基因共表达网络分析 竞争性内源RNA
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苄基三乙基氯化铵为相转移催化剂催化合成4,4'—二甲酸三苯胺 被引量:1
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作者 赵仑 邓青辉 +2 位作者 吴志正 崔馨桐 牛茜 《长春师范学院学报(自然科学版)》 2014年第3期82-84,共3页
实验结果表明分子结构为C13H22ClN的苄基三乙基氯化铵是合成4,4'—二甲酸三苯胺的一种优良的相转移催化剂。在合成过程中以4,4'—二甲基三苯胺为原料,在碱性条件下用高锰酸钾氧化,并加入相转移催化剂,最终合成4,4'—二甲酸三苯胺。... 实验结果表明分子结构为C13H22ClN的苄基三乙基氯化铵是合成4,4'—二甲酸三苯胺的一种优良的相转移催化剂。在合成过程中以4,4'—二甲基三苯胺为原料,在碱性条件下用高锰酸钾氧化,并加入相转移催化剂,最终合成4,4'—二甲酸三苯胺。通过对反应条件的研究,发现利用相转移催化合成4,4'—二甲酸三苯胺的最佳反应条件为:高锰酸钾用量7g,叔丁醇30ml,苄基三乙基氯化铵用量为0.50g,反应时间5.5h,此时产品产率最高达59.4%。 展开更多
关键词 苄基三乙基氯化铵 相转移催化剂 4 4'—二甲酸三苯胺
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基于文献计量的锑对农作物影响研究趋势 被引量:7
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作者 刘连华 欧阳威 +2 位作者 何孟常 林春野 崔馨桐 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第10期4798-4806,共9页
为了明确锑对农作物影响领域的研究现状和发展趋势,基于Web of Science数据库,检索了1991~2021年该领域的文献,利用文献计量学软件CiteSpace对年发文量、发文国家/地区、研究机构以及关键词共现网络、突显关键词、文献共被引网络和关键... 为了明确锑对农作物影响领域的研究现状和发展趋势,基于Web of Science数据库,检索了1991~2021年该领域的文献,利用文献计量学软件CiteSpace对年发文量、发文国家/地区、研究机构以及关键词共现网络、突显关键词、文献共被引网络和关键文献进行了可视化分析,并总结了未来研究发展趋势.结果显示:1991~2021年,本研究领域发文量整体呈快速增长模式,中国、美国、巴西、印度、意大利、西班牙等发文量较多,是推动该领域发展的主要国家.中国科学院和中国农业科学院是全球发文数量排名前10的中国研究机构,占总发文量的10.5%.基于关键词共现网络及突显词分析,锑对农作物的影响研究从主要考虑农作物生长、产量和品质的影响研究发展到考虑土壤、作物、水体、沉积物等环境中锑的迁移转化机制研究,土壤微生物群落活性的响应机理以及锑对人类健康的风险评价研究成为近年来的研究热点. 展开更多
关键词 农作物 文献计量分析 CiteSpace可视化 研究趋势
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基于Sentinel-1 SAR数据的锡林浩特市典型草原土壤水分反演 被引量:11
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作者 王龙 宫辉力 +3 位作者 潘云 苗百岭 杨晶晶 崔馨桐 《干旱气象》 2019年第6期979-986,共8页
土壤水分是影响植被生长发育的重要因子,为快速、有效了解典型草原植被生长状况及评估草原干旱灾害,以Sentinel-1合成孔径雷达(SAR)数据和地面实测数据为基础,利用雷达后向散射系数快速监测和反演锡林浩特市典型草原土壤水分并与地面实... 土壤水分是影响植被生长发育的重要因子,为快速、有效了解典型草原植被生长状况及评估草原干旱灾害,以Sentinel-1合成孔径雷达(SAR)数据和地面实测数据为基础,利用雷达后向散射系数快速监测和反演锡林浩特市典型草原土壤水分并与地面实测数据进行对比。结果表明:SAR后向散射系数与实测土壤含水量存在显著相关关系,相关系数R 2达0.8;在不同地面粗糙度条件下,雷达后向散射系数与实测土壤水分相关系数达0.9。说明利用Sentinel-1 SAR数据能够快速、准确地对研究区进行土壤水分动态监测,这也将可能成为一种新的典型草原干旱监测方法。 展开更多
关键词 土壤水分 合成孔径雷达 遥感反演 典型草原
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