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DNA分类方法的探讨
被引量:
6
1
作者
徐晓秋
初立元
+1 位作者
左铭杰
谭欣欣
《大连大学学报》
2001年第4期95-100,共6页
DNA序列分类的方法有很多种.本文给出了两种模型都是在图象的基础上,利用图象的直观、易于分析等优点,找到各种碱基不同的特征,得出一个比较合理的方法. 在建立模型时,先计算出给定的前20种DNA序列中各碱基A,G、C、...
DNA序列分类的方法有很多种.本文给出了两种模型都是在图象的基础上,利用图象的直观、易于分析等优点,找到各种碱基不同的特征,得出一个比较合理的方法. 在建立模型时,先计算出给定的前20种DNA序列中各碱基A,G、C、T的含量 (将一串长序列简化成了四个百分含量数值,大大简化了序列),并以此含量为数据作出直角坐标系下的二维曲线.根据曲线的特征,得出了两个算法,一个是以其中的一个DNA序列中碱基的含量大于其它三种含量为特征分出类别,对21至40种序列的分类正确率达到 80%,对于题中所给的 182种序列分类正确率为 42%;另一个是通过转化曲线为直线的方法找出符合分类特征的区间,根据是否在此区间内而分出类别,对21至40种序列的分类正确率达到100%,对于题中所给的182种序列分类正确率为85%. 最后,通过对比两种模型的结果,判断出两种模型的优劣,并分析了其中的原因.
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关键词
DNA序列
分类方法
碱基
人类基因组计划
生物信息学
下载PDF
职称材料
题名
DNA分类方法的探讨
被引量:
6
1
作者
徐晓秋
初立元
左铭杰
谭欣欣
机构
大连大学物理学系
大连大学数学系
出处
《大连大学学报》
2001年第4期95-100,共6页
文摘
DNA序列分类的方法有很多种.本文给出了两种模型都是在图象的基础上,利用图象的直观、易于分析等优点,找到各种碱基不同的特征,得出一个比较合理的方法. 在建立模型时,先计算出给定的前20种DNA序列中各碱基A,G、C、T的含量 (将一串长序列简化成了四个百分含量数值,大大简化了序列),并以此含量为数据作出直角坐标系下的二维曲线.根据曲线的特征,得出了两个算法,一个是以其中的一个DNA序列中碱基的含量大于其它三种含量为特征分出类别,对21至40种序列的分类正确率达到 80%,对于题中所给的 182种序列分类正确率为 42%;另一个是通过转化曲线为直线的方法找出符合分类特征的区间,根据是否在此区间内而分出类别,对21至40种序列的分类正确率达到100%,对于题中所给的182种序列分类正确率为85%. 最后,通过对比两种模型的结果,判断出两种模型的优劣,并分析了其中的原因.
关键词
DNA序列
分类方法
碱基
人类基因组计划
生物信息学
Keywords
DNA sequence
average content
base
分类号
Q523 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
DNA分类方法的探讨
徐晓秋
初立元
左铭杰
谭欣欣
《大连大学学报》
2001
6
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