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基于RNA-Seq技术的乒乓菊转录组分析
被引量:
1
1
作者
周琳
蔡友铭
+6 位作者
张永春
杨柳燕
姚建军
薛建平
叶燕萍
席祖路
于忠正
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第18期5917-5924,共8页
为开展乒乓菊基因功能分析、表型差异、分子标记开发和遗传多样性等研究,本试验以‘绿乒乓’和‘粉乒乓’的花朵和叶片混合样品为试验材料,通过转录组测序分析,经de novo组装后获得133200条Unigenes,进一步利用6大公共数据库对其进行注...
为开展乒乓菊基因功能分析、表型差异、分子标记开发和遗传多样性等研究,本试验以‘绿乒乓’和‘粉乒乓’的花朵和叶片混合样品为试验材料,通过转录组测序分析,经de novo组装后获得133200条Unigenes,进一步利用6大公共数据库对其进行注释,共注释64601条Unigenes,并基于转录组数据开展SSR和SNP位点预测。结果表明:有25462条Unigenes参与了KEGG代谢通路,包括与花色、花期和药用成分代谢等相关的途径;共预测到1444个转录因子,分属于35个家族,包括在植物的生长发育、生物合成、抗非生物和生物胁迫等方面发挥重要作用的AP2/ERF、C2C2、bHLH、WRKY等转录因子家族,以及LBD、MADS和TCP等与花色素苷代谢、花和根系发育、植物进化和发育密切相关的转录因子家族。此外,从13014条Unigenes序列中搜索到14905个SSR位点;并分别从‘绿乒乓’和‘粉乒乓’中挖掘到1081925个和1077818个SNP位点。本研究可为乒乓菊功能基因挖掘和分子标记开发提供基础。
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关键词
乒乓菊
转录组
生物信息学分析
分子标记
原文传递
题名
基于RNA-Seq技术的乒乓菊转录组分析
被引量:
1
1
作者
周琳
蔡友铭
张永春
杨柳燕
姚建军
薛建平
叶燕萍
席祖路
于忠正
机构
上海市农业科学院林木果树研究所
上海虹华园艺有限公司
出处
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第18期5917-5924,共8页
基金
上海市农委产业体系建设(沪农科产字(2019)第8号)
上海市植物种苗组培专业技术服务平台(18DZ229-1400)共同资助。
文摘
为开展乒乓菊基因功能分析、表型差异、分子标记开发和遗传多样性等研究,本试验以‘绿乒乓’和‘粉乒乓’的花朵和叶片混合样品为试验材料,通过转录组测序分析,经de novo组装后获得133200条Unigenes,进一步利用6大公共数据库对其进行注释,共注释64601条Unigenes,并基于转录组数据开展SSR和SNP位点预测。结果表明:有25462条Unigenes参与了KEGG代谢通路,包括与花色、花期和药用成分代谢等相关的途径;共预测到1444个转录因子,分属于35个家族,包括在植物的生长发育、生物合成、抗非生物和生物胁迫等方面发挥重要作用的AP2/ERF、C2C2、bHLH、WRKY等转录因子家族,以及LBD、MADS和TCP等与花色素苷代谢、花和根系发育、植物进化和发育密切相关的转录因子家族。此外,从13014条Unigenes序列中搜索到14905个SSR位点;并分别从‘绿乒乓’和‘粉乒乓’中挖掘到1081925个和1077818个SNP位点。本研究可为乒乓菊功能基因挖掘和分子标记开发提供基础。
关键词
乒乓菊
转录组
生物信息学分析
分子标记
Keywords
Dendranthema morifolium cv.’pompon’
Transcriptome
Bioinformatics analysis
Molecular markers
分类号
S682.11 [农业科学—观赏园艺]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于RNA-Seq技术的乒乓菊转录组分析
周琳
蔡友铭
张永春
杨柳燕
姚建军
薛建平
叶燕萍
席祖路
于忠正
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2020
1
原文传递
已选择
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参考文献
引证文献
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