猪奇异变形杆菌的分离鉴定及分子生物学分析

从腹泻病猪消化道中分离得到一株细菌,对该菌进行分离纯化,革兰染色、培养特性和生化试验观察,并进行分子生物学鉴定确定该病病原;同时对相关致病因子进行PCR检测、敏试验和耐药基因检测分析。结果分离的菌株为革兰阴性,具有多形态性;生化试验结果初步证实该菌为变形杆菌。利用PCR方法进一步鉴定,并将PCR产物进行测序分析,结果该菌为奇异变形杆菌。致病因子检测结果表明,Ure C和Rsb A致病因子有关。药物敏感试验结果表明,该菌仅对氟哌酸和四环素敏感,而对卡那霉素,链霉素等药耐药,耐药基因检测表明,该菌aad AI、str B和oxa-31阳性。表明该分离菌株为奇异变形杆菌,其致病力性与Ure C和Rsb A有关,而其耐药性与aad AI、str B和oxa-31有关。

MDRV P10基因的克隆、分析及蛋白质结构预测

参考Gen Bank中番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus,MDRV)S4基因序列,设计合成一对非结构蛋白P10基因的特异性引物,以MDRV-YB株病毒RNA为模板进行RT-PCR扩增,并将目的基因克隆到PGEM-T载体,提取质粒测序.对测序结果进行遗传进化树分析和生物信息学软件预测、分析蛋白质结构和功能.结果表明,MDRV-YB株病毒的P10蛋白基因开放阅读框(ORF)全长为288 bp,编码95个氨基酸.核苷酸比对结果表明,与标准株法国MDRV-89026株同源性为95%,而与ARV-S1133株氨基酸同源性仅为21.9%.运用Prot Param tool软件对番鸭呼肠孤病毒的P10蛋白分析结果表明,该蛋白分子质量为10.7 ku,不稳定系数为52.37,不存在信号肽和糖基化位点,有4个丝氨酸和1个络氨酸的磷酸化位点.此外,MDRV的P10蛋白为疏水性蛋白,但不存在跨膜区,这与禽呼肠孤病毒(Avian reo virus,ARV)的P10蛋白具有较大差异.二级结构分析表明,MDRV-YB株的P10蛋白与ARV-S1133株P10蛋白相比,α-螺旋和无规则卷曲减少,β-折叠则增加.因此,MDRV-YB株的非结构蛋白P10不仅在基因水平上发生了较大的变异,而且在蛋白质性质与结构上也发生了较大的变异,其与该病毒毒力的增强可能存在一定的关系.

鸭坦布苏病毒LH株E蛋白基因的克隆与结构

采用分子克隆技术对鸭坦布苏病毒(DTMUV)E蛋白基因进行克隆,同时运用多种生物学软件对该基因进行结构和生物学功能预测和分析.结果表明,本试验成功克隆了DTMUV LH株E蛋白基因,该基因包含一个1 500 bp的开放阅读框,编码500个氨基酸.遗传进化树分析表明,该蛋白与我国其他省份分离株的同源性很高.该蛋白的分子质量为54.3 ku,等电点为7.63,不存在信号肽序列,含有17个糖基化位点,有13个丝氨酸、4个络氨酸和8个苏氨酸的磷酸化位点.该蛋白存在跨膜区域,为亲水性蛋白.抗原位点分析表明,该蛋白有21个抗原肽段.本试验结果为E蛋白的生物学功能和致病机理的研究奠定重要的分子理论基础.

小鼠Ogg1基因pET28a-mOgg1原核表达系统建立及其生物信息学探讨

将小鼠Ogg1(mOgg1)基因克隆至pET-28a(+)原核表达载体上,分析其相关的生物信息学特性.运用分子克隆的方法,获得重组质粒pET28a-mOgg1;经同源性分析证实与NCBI基因库中mOgg1基因相似度为100%;mOgg1基因可翻译成345个氨基酸序列,翻译后的蛋白不存在N-糖基化位点、跨膜螺旋区域,不含信号肽且无信号肽剪切位点,但含有31个磷酸化位点;运用在线软件对mOgg1蛋白进行结构分析并建立蛋白的3D结构,发现在该蛋白链上含有48%α螺旋、10%β折叠.成功获得了pET28a-mOgg1重组质粒,并对重组蛋白进行Western-blot鉴定,从基因及氨基酸组成上分析该蛋白的特性,由此探讨mOgg1基因及蛋白表达相关的生物信息学特性.

分泌抗金黄色葡萄球菌细菌素乳酸菌的分离鉴定

为分离和筛选产抗金黄色葡萄球菌乳酸菌素的优势乳酸菌,利用乳酸菌分离培养基MRS从收集的各种腌制菜汁中分离培养乳酸菌,通过细菌培养特性、革兰氏染色特点、生理生化特性初步鉴定,同时根据Genbank中乳酸菌的16S r DNA序列设计特异性引物,采用PCR方法进一步鉴定,并以金黄色葡萄球菌为指示菌对乳酸菌的发酵上清液进行抑菌特性研究。结果表明,从腌渍菜汁中分离获得90株产酸菌,通过形态学、生理生化特性和PCR鉴定,结果 73株产酸菌为乳酸杆菌;分泌产物抑菌试验表明,有10株菌具有抑制金黄色葡萄球菌活性,经酸排除和过氧化氢排除试验,仍然有5株乳酸菌的分泌产物具有抑制金黄色葡萄球菌活性。可见,从腌渍菜汁分离到的乳酸菌具有抑制金黄色葡萄球菌活性的特性,主要是通过分泌乳酸菌素来发挥作用。

小鼠MT-RNR1基因的克隆及其真核转录系统的构建

采用分子克隆技术克隆小鼠MT-RNR1基因并构建真核转录系统,运用生物信息学软件预测、分析该基因的结构和生物学功能.成功克隆了MT-RNR1基因并成功构建MT-RNR1基因真核转录系统,分析其与基因库所收录基因序列的同源性为100%,该基因包含18个可能的开放阅读框架,可能编码产生13条多肽;质粒转染293T细胞24 h后显示明显的绿色荧光,说明该重组质粒在293T细胞内的转录效果较好.实验结果为后续研究MT-RNR1基因及其衍生多肽的功能提供依据,也为今后挖掘更多线粒体基因组功能做铺垫.

鸭坦布苏病毒病研究进展

鸭坦布苏病毒病(Duck tembusu virus disease)自2010年暴发以来,众多科研工作者对于该病毒的病原学、病理学、致病机理、防治措施等方面进行研究,并取得丰硕的成果。本文针对鸭坦布苏病毒病的病原学、病理学、致病机理、防治措施等方面进行综述。

小鼠Nudt9基因原核载体的构建及其生物信息学分析

利用分子克隆的方法,将小鼠Nudt9基因克隆至原核表达载体,并进行PCR鉴定、酶切鉴定及测序鉴定;再运用DNAMAN和DNATAR对基因进行同源性分析及抗原肽分析,同时在线分析小鼠Nudt9蛋白的信号肽、跨膜区域、结构域、N-糖基化位点以及磷酸化位点。本研究成功获得重组pET28a-Nudt9质粒,并从基因及氨基酸组成上分析该蛋白的特性,从而挖掘出一些基因及蛋白生物信息。

基于ORF3蛋白的PCV2间接ELISA诊断方法的建立

ORF3蛋白是猪圆环病毒2型(porcine circovirus type,2PCV2)的一个重要的非结构蛋白。根据GenBank数据库中PCV2的ORF3基因序列设计引物,以PCV2基因组为模板进行PCR扩增,并构建重组表达质粒。将重组质粒转染至BL21感受态细胞,进行最佳诱导条件的选择,采用Ni-NTA亲和层析柱纯化表达产物。以纯化后的重组ORF3蛋白作为酶标包被抗原,优化反应条件,建立PCV2间接ELISA(indirect ELISA,iELISA)诊断方法。结果显示,重组质粒经PCR鉴定、酶切鉴定和测序鉴定构建成功。重组蛋白表达的最佳诱导条件为37℃、8 h、1 mmol/LIPTG。Western-blot结果表明,该重组蛋白具有较好的免疫原性。Ni-NTA亲和层析纯化结果表明,280 mmol/L咪唑为最佳洗脱浓度。iELISA的最佳包被抗原质量浓度为0.03 mg/m L,待检血清最佳稀释度为1∶100,酶标抗体最佳工作浓度为1∶4 000。批内和批间试验结果表明,该方法具有较好的重复性。此iELISA与PCR检测方法具有良好的一致性。结果表明,基于ORF3蛋白建立的PCV2间接ELISA诊断方法,可以为临床上rCap蛋白基因工程疫苗免疫猪场进行鉴别诊断。