珍稀植物日本荚蒾遗传多样性的ISSR分析

日本荚蒾是浙江省重点保护野生植物,种群数量极为稀少,仅零星分布于部分海岛。在野外调查的基础上,对8个居群共125份日本荚蒾样品进行了ISSR遗传多样性分析。从100条ISSR通用引物中筛选出7条引物用于ISSR-PCR,共扩增得到240个谱带,其中多态性谱带232个。在物种水平上,日本荚蒾的多态性位点百分比(PPB)达96.67%,Nei’s基因多样性指数(H)为0.2273,Shannon’s信息指数(I)为0.3581,具有较高的遗传多样性;在居群水平上,日本荚蒾的PPB为32.61%,H为0.0731~0.1363,均值为0.1088;I为0.1092~0.2051,均值为0.1642;居群间基因分化系数(Gst)为0.5271,基因流(Nm)为0.4487,遗传距离为0.0982~0.2540;聚类分析结果表明,同一地理来源的日本荚蒾大多聚为一类,呈一定的地域分布规律。日本荚蒾遗传多样性水平高,但主要存在于居群间,岛屿之间的地理隔离可能是遗传分化的主要原因。

一株甘蓝内生枯草芽孢杆菌16S rDNA序列的克隆与分析

台州学院生命科学学院实验室前期从甘蓝健康植株中分离到一株内生细菌GL06,为甘蓝内生枯草芽孢杆菌GL06的功能研究和生产应用奠定基础,利用PCR法克隆其16S rDNA序列,并进行生物信息学分析。结果表明:以27F/1492R为PCR引物,扩增到长度为1 510bp的16S rDNA序列,序列的GC含量为54%;GL06 16S与枯草芽孢杆菌16S的相似性最高,达99%,仅存在3个碱基差异;GL06与枯草芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌的系统发育树聚为一组。

日本荚蒾ITS序列的克隆与分析

为日本荚蒾的分子鉴定及遗传多样性研究提供参考,在克隆日本荚蒾rDNA ITS全长的基础上,利用生物信息学手段明确其序列特征和系统发育关系。结果表明:日本荚蒾的ITS全长为617bp,ITS1、ITS2和5.8S序列长度分别为226bp、227bp和164bp;荚蒾属18种植物的ITS全长为607~617bp,其中ITS1为224~230bp,ITS2为219~227bp;ITS1和ITS2的变异位点各有86个和74个,其中信息位点分别为41个和29个;荚蒾属植物的平均遗传距离为0.062,日本荚蒾和宜昌荚蒾之间的遗传距离最小,在系统发育树上处于同一分支,支持率达99%。

城市化对台州市蝴蝶多样性的影响

蝴蝶是城市化对生物多样性影响评价的重要指示生物。台州市的城市化水平不断提高,但对生物多样性的影响一直没有得到评估。2017年4—9月,按城市化水平梯度,选取市区、郊区、农村3个样区,采用样线调查法对蝴蝶的种类和数量进行逐月调查并进行统计分析。结果显示,3个样区共调查到蝴蝶5科85属142种,优势种为菜粉蝶Pieris rapae; Margalef物种丰富度指数、Shannon-Wiener多样性指数、Pielou均匀度指数、Simpson优势度指数均为:农村>郊区>市区,且差异有统计学意义; 3个样区在科数、属数和物种数之间的差异均有统计学意义,同一样区的样线之间的差异均无统计学意义;在个体数水平上,农村样线1(V1)与城市样线1(U1),V1与城市样线2(U2),农村样线2(V2)与U1之间的差异有统计学意义(P <0. 05),其他样线之间的差异无统计学意义(P> 0. 05)。由此可见,城市化对台州市蝴蝶多样性产生了显著的影响,城市化水平与蝴蝶种类和数量存在显著负相关;蝴蝶种及以上水平适合作为台州市城市化水平的评估指标。

三叶崖爬藤叶绿体基因组的组装与序列分析

目的以药用植物三叶崖爬藤为材料,在利用高通量技术测定DNA序列的基础上,对叶绿体基因组进行组装和序列分析,为进一步开展群体遗传学和多样性研究奠定基础。方法利用HiSeqXTen测定三叶崖爬藤的DNA序列,用NOVOPlasty组装叶绿体基因组,在基因注释的基础上开展序列分析。结果三叶崖爬藤叶绿体基因组的全长为160 189 bp,GC值37.5%,具1个典型的四分区域结构,包括1个大单拷贝区、1对反向重复区和1个小单拷贝区,序列长度分别为88 184、26 519、18 967 bp。三叶崖爬藤的叶绿体基因组共有133个基因,其中编码蛋白基因、rRNA基因与tRNA基因的数量分别为88、8、37个。位于反向重复区和小单拷贝区的ycf1基因3’端发生缺失,是1个假基因。结论三叶崖爬藤的叶绿体基因组的组装和序列分析为后续开展群体遗传学和遗传多样性研究奠定了基础。

射干叶绿体基因组结构、序列特征与系统发育分析

目的以射干Belamcanda chinensis为材料,在测序、组装获得叶绿体基因组的基础上,明确其结构、序列特征及系统发育关系。方法利用PE150双末端策略进行建库测序,用NOVOPlasty组装完整的叶绿体基因组,经PCR验证边界,借助生物信息学工具进行序列分析和系统发育研究。结果射干的叶绿体基因组全长为153816 bp,大单拷贝区、反向重复区和小单拷贝区的长度分别为83143、26214、18245 bp。射干叶绿体基因组共有133个基因,编码基因、tRNA和rRNA的数量分别为92、38和8;ycf1有2个拷贝,其中一个为假基因。系统发育分析结果表明,7种植物叶绿体基因组在发育树上可分为4组,射干与同为鸢尾科的溪荪聚为一组,支持率达100%。结论射干叶绿体基因组的组装、序列分析和系统发育分析,为该药用植物的遗传结构和遗传多样性研究奠定了基础。