目的优选抗HIV中药复方,通过复方小分子数据库的构建和类药性分析,为复方抗HIV活性分子研究奠定数据库基础。方法查阅文献和国内专利搜集抗HIV中药复方,优选复方确定研究对象,在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional chinese med...目的优选抗HIV中药复方,通过复方小分子数据库的构建和类药性分析,为复方抗HIV活性分子研究奠定数据库基础。方法查阅文献和国内专利搜集抗HIV中药复方,优选复方确定研究对象,在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)分别下载该复方单味中药化学成分,构建复方小分子数据库,并基于"Lipinski规则"进行类药性分析。结果检索得到48个抗HIV复方,其中单味中药组成明确的复方有11个,优选双黄连粉针剂为研究对象,构建双黄连粉针剂复方小分子数据库,命名为SHLMD,包括481个化合物,包含萜类(121个)、黄酮类(61个)、苯丙素类(31个)和有机酸及其酯类(23个)等11类化合物,以萜类和黄酮类化合物居多。基于"Lipinski规则"筛选得到323个化合物,组成的新数据库命名为Lipinski-SHLMD。结论双黄连粉针剂是适合优先展开研究的抗HIV中药复方,构建的SHLMD为双黄连粉针剂的分子研究奠定了数据库基础,利用"Lipinski规则"初筛突出了研究重点。展开更多
HIV-1整合酶(integrase,IN)是病毒复制过程的关键酶,已被证实是开发抗HIV-1药物的一个理想靶标。针对48个喹诺酮酸类整合酶链转移抑制剂(integrasestrandtransfer inhibitors, INSTIs),利用遗传函数逼近法(genetic function approximati...HIV-1整合酶(integrase,IN)是病毒复制过程的关键酶,已被证实是开发抗HIV-1药物的一个理想靶标。针对48个喹诺酮酸类整合酶链转移抑制剂(integrasestrandtransfer inhibitors, INSTIs),利用遗传函数逼近法(genetic function approximation, GFA)构建10个抑制活性与优选的分子结构描述符之间的二维定量构效关系(2D-QSAR)模型,从中优选出最佳的模型并对其进行验证,据此探究影响抑制剂生物活性的主要分子微观结构因素,希冀为其进一步结构优化提供理论指导。所建立的最优2D-QSAR模型的非交叉验证相关系数R^2为0.8903,交叉验证相关系数Q^2为0.8213,表明该模型具有较高的预测能力和明显的统计学意义。该研究表明,喹诺酮酸类INSTIs的生物活性主要受Jurs_RPCG、Shadow_nu、BIC、ALogP、Dipole_X以及Dipole_Y描述符的影响,为其进一步结构修饰,开发高效抗HIV-1药物奠定了理论基础。展开更多
目的:探究影响人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)非核苷类逆转录酶抑制剂6-苄基-1-乙氧甲基-5-异丙基尿嘧啶[6-benzyl-1-(ethoxymethyl)-5-isopropyluracil,MKC-442]及其类似物抗病毒活性的主要分子微...目的:探究影响人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)非核苷类逆转录酶抑制剂6-苄基-1-乙氧甲基-5-异丙基尿嘧啶[6-benzyl-1-(ethoxymethyl)-5-isopropyluracil,MKC-442]及其类似物抗病毒活性的主要分子微观结构因素。方法:针对45个MKC-442及其类似物,利用遗传函数逼近法(genetic function approximation,GFA)构建10个抗HIV-1活性与优选的分子结构描述符之间的二维定量构效关系(2-dimensional quantitative structure-activity relationship,2D-QSAR)模型,从中挑选出最优模型并对其进行验证,据此阐明影响MKC-442及其类似物抗HIV-1活性的主要微观结构因素。结果:最优2D-QSAR模型的非交叉验证相关系数r2为0.7845,交叉验证相关系数q2为0.6958,预测验证相关系数r2pred为0.8415,表明其具有较高的预测能力和稳定性。结论:研究表明,MKC-442及其类似物抗HIV-1活性主要与描述符JursFNSA2,ShadowYZ,DipoleX,Kappa3AM和CHIV3P相关,为MKC-442及其类似物的进一步结构修饰打下了一定的理论基础。展开更多
文摘目的优选抗HIV中药复方,通过复方小分子数据库的构建和类药性分析,为复方抗HIV活性分子研究奠定数据库基础。方法查阅文献和国内专利搜集抗HIV中药复方,优选复方确定研究对象,在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)分别下载该复方单味中药化学成分,构建复方小分子数据库,并基于"Lipinski规则"进行类药性分析。结果检索得到48个抗HIV复方,其中单味中药组成明确的复方有11个,优选双黄连粉针剂为研究对象,构建双黄连粉针剂复方小分子数据库,命名为SHLMD,包括481个化合物,包含萜类(121个)、黄酮类(61个)、苯丙素类(31个)和有机酸及其酯类(23个)等11类化合物,以萜类和黄酮类化合物居多。基于"Lipinski规则"筛选得到323个化合物,组成的新数据库命名为Lipinski-SHLMD。结论双黄连粉针剂是适合优先展开研究的抗HIV中药复方,构建的SHLMD为双黄连粉针剂的分子研究奠定了数据库基础,利用"Lipinski规则"初筛突出了研究重点。
文摘目的:探究影响人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)非核苷类逆转录酶抑制剂6-苄基-1-乙氧甲基-5-异丙基尿嘧啶[6-benzyl-1-(ethoxymethyl)-5-isopropyluracil,MKC-442]及其类似物抗病毒活性的主要分子微观结构因素。方法:针对45个MKC-442及其类似物,利用遗传函数逼近法(genetic function approximation,GFA)构建10个抗HIV-1活性与优选的分子结构描述符之间的二维定量构效关系(2-dimensional quantitative structure-activity relationship,2D-QSAR)模型,从中挑选出最优模型并对其进行验证,据此阐明影响MKC-442及其类似物抗HIV-1活性的主要微观结构因素。结果:最优2D-QSAR模型的非交叉验证相关系数r2为0.7845,交叉验证相关系数q2为0.6958,预测验证相关系数r2pred为0.8415,表明其具有较高的预测能力和稳定性。结论:研究表明,MKC-442及其类似物抗HIV-1活性主要与描述符JursFNSA2,ShadowYZ,DipoleX,Kappa3AM和CHIV3P相关,为MKC-442及其类似物的进一步结构修饰打下了一定的理论基础。
基金National Nature Science Foundation of China (Grant No. 81241114)Basic Research Project of Logistics University of PAP (Grant No. WHJ201401)Fund for Scientific Research and Innovation Team of Logistics University of PAP。