广东省H1N1pdm亚型流感病毒聚合酶碱性蛋白2变异株基因分析

目的了解广东省甲型H1N1pdm流感病毒聚合酶碱性蛋白2(polymerase basic protein 2,PB2)基因变异株的分子特征,探讨其特异性分子位点,为流感病毒防控提供科学依据。方法采集感染PB2基因变异株的2例病例咽拭子标本进行病毒分离,并挑选23株广东省流感病毒株进行测序分析,利用GISAID提供的参考序列和疫苗株序列对血凝素(hemagglutinin,HA)和PB2基因进行进化分析;开展毒株抗原分析和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)抑制试验;构建PB2蛋白模型,分析聚合酶活性。结果PB2-D701N和PB2-A271S变异株HA基因出现H399N氨基酸位点突变,均属于6B.1A.5a.2a分支;与疫苗株A/Victoria/4897/2022同属大分支不同小分支,均为疫苗类似株。在三维结构中,PB2-D701N和PB2-A271S突变发生电荷改变和亲疏水变化。结论PB2-D701和A271高度保守,PB2突变株尚未成为优势株,但其抗原性与疫苗匹配性高,对NA抑制剂敏感。三维模型推测,PB2-D701N突变可增强病毒的致病力而影响传播能力,PB2-A271S则可能影响流感病毒的聚合酶活性和聚合酶复合物的合成。

广东省新型冠状病毒全基因组序列测定及其影响因素分析

目的:对呼吸道标本中新型冠状病毒进行二代测序(NGS),获取基因组序列并分析测序影响因素。方法:2020年1月,收集广东省新型冠状病毒感染病例的上呼吸道和下呼吸道标本共计8份,运用RNA建库的方法进行测序,获得新型冠状病毒的基因组序列,采用生物信息学软件包(CLC Genomics Workbench 12.0)对基因组序列进行分析比较。结果:从8例呼吸道标本中获得5个新型冠状病毒基因组序列,其中2份来自下呼吸道标本。与新冠病毒的核苷酸同源性为97.74%~99.90%。Ct值低的样本,测序深度、覆盖度和相对丰度高。结论:标本中新型冠状病毒的Ct值低,测序质量好。

2016-2020年广东省外环境禽流感病毒监测分析

目的了解广东省涉禽场所外环境中禽流感病毒的污染状况,为广东省人感染禽流感疫情防控、预测和预警提供依据。方法2016—2020年从广东省21个地市5类涉禽场所采集外环境样本,使用荧光定量PCR法进行A型流感病毒核酸检测,对阳性样本进行H5、H7和H9亚型鉴定,描述广东省涉禽市场外环境中禽流感病毒的流行病学特征,使用χ^(2)检验进行结果分析。结果2016—2020年广东省共采集并检测外环境禽流感样本78013份,A型流感病毒阳性16303份(阳性率20.90%),其中H5亚型2307份(阳性率2.96%),H7亚型1230份(阳性率1.58%),H9亚型11285份(阳性率14.47%),阳性样本中,混合阳性样本占9.82%。各年度外环境禽流感病毒阳性率高峰均出现在冬春季,2019和2020年季节性高发现象更明显,H7亚型阳性率在2016—2017年出现了一次高峰,且与人感染H7N9病例数呈正相关(Spearman,r=0.828,P<0.01)。各类场所和样本中,家禽屠宰加工厂外环境样本的A型流感病毒阳性率最高(29.75%),宰杀或摆放禽肉案板表面的擦拭样本和清洗禽类的污水样本的A型流感病毒阳性率最高(27.72%和21.83%)。结论广东省各地均存在外环境禽流感病毒污染,每年冬春季为高发期,禽类屠宰和交易有较高的禽流感病毒感染风险。针对这些流行特点,需加强冬春季外环境禽流感的监测和防控,加强各类涉禽场所的外环境消毒,相关工作人员需注意个人防护。

2009—2018年广东省新甲型H1N1流感病毒奥司他韦耐药性分析

目的了解广东省2009-2018年分离到的新甲型H1N1[A(H1N1)pdm09]流感病毒对奥司他韦(商品名达菲)的耐药情况,为流感的临床治疗用药提供一定的指导,同时监测流感流行株的变异趋势。方法选取2009-2018年广东省网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09流感病毒(每个网络实验室每年至少送检1~2株毒株),用化学荧光为基础的中和抑制实验检测各病毒株的IC50值,筛选出奥司他韦的可疑耐药株;同时提取112株A(H1N1)pdm09流感病毒核酸,用RT-PCR方法扩增流感病毒的神经氨酸酶(NA)基因,通过病毒核酸测序并用生物信息学软件分析NA基因与耐药性有关的氨基酸位点及其基因变异情况。结果广东省分离到的A(H1N1)pdm09流感病毒有1.76%(5/284)对奥司他韦耐药,其H275Y位点(按N1编码序列)发生变异,即氨基酸275位点均由275H(组氨酸)变异为275Y(酪氨酸),确定为奥司他韦的耐药株。2009-2018年广东省分离的甲型H1N1毒株的NA基因按年份成簇分布,随着时间发展不断出现新的进化簇,具有一定的时段倾向性。结论 2009-2018年广东省的A(H1N1)pdm09流感病毒对奥司他韦的耐药比例低,奥司他韦对广东省的A(H1N1)pdm09流感病毒仍然敏感,病毒株的NA基因随时间发展不断出现新的进化簇,具有一定的时段倾向性,需继续开展抗流感病毒耐药性的监测,为临床抗流感病毒药物的使用提供科学依据。

广东省流感病毒亚型双重感染病例分离株的基因变异和进化分析

目的分析并揭示广东省流感病毒双重感染病例的毒株基因进化特征和变异特点。方法采集4例H1N1pdm和H3N2双重感染患者的咽拭子,分离毒株,进行抗原分析及神经氨酸酶药物敏感性试验。高通量测序方法测定3例患者的咽拭子和1株毒株序列并进行基因变异分析。结果分离获得4株流感病毒,血清型为1株H1N1pdm及3株H3N2亚型流感病毒,皆为2022—2023年疫苗株的类似株。甲型H1pdm和H3基因分别为6B.1A.5a.2a和2a.3a.1分支,与广东地区同期的流行株为同一分支。N1和N2基因未发现耐药位点的变异,对奥司他韦和扎那米韦均敏感。结论双重感染病例的毒株传代分离中,H1pdm比H3亚型复制能力更强。H1N1pdm和H3N2亚型流感病毒基因与广东地区同期流行的毒株基因型相近,无明显基因差异。H1N1pdm和H3N2对奥司他韦和扎那米韦均敏感,可以继续使用此类药物进行流感病毒单一或双重感染病例的治疗。

7种新型冠状病毒核酸检测试剂变异株检测性能比对分析

目的评价常用的7种新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测试剂(荧光定量PCR法)对2019-nCoV变异株的检测性能。方法收集已知2019-nCoV核酸检测阳性的变异株样本,包括Alpha变异株、Beta变异株、Eta变异株样本。比较7种2019-nCoV核酸检测试剂的灵敏度和特异度,采用Kappa系数对7种检测试剂的检测结果与基因测序结果进行一致性评价。结果7种检测试剂对3种变异株的灵敏度均>85%,特异度均为100%,Kappa系数均>0.8。结论7种2019-nCoV核酸检测试剂在检测现有流行变异株时均具有较高灵敏度和特异度,未造成脱靶和漏检,且与基因测序结果相比一致性好。

2018—2022年广州市住院患者呼吸道合胞病毒的流行特征研究

目的 分析近几年新型冠状病毒感染(coronavirus disease 2019,COVID-19)流行前后广州市呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)的流行特征。方法 2018—2022年在广州2家哨点医院(广东省妇幼保健院和中山大学孙逸仙纪念医院)采集因急性呼吸道感染住院患者的鼻咽拭子作为样本。采用Luminex呼吸道多病原检测技术对样本进行RSV的检测和分型。结果 共收集鼻咽拭子样本1 243份,RSV总体阳性率为6.11%(76/1243),其中RSV-A为39份(51.32%, 39/76), RSV-B为37份(48.68%,37/76)。3岁以下儿童RSV检出率最高为8.79%(66/751)。与2018年(8.30%,22/265)和2020年(14.78%,30/203)相比,RSV阳性率在2019年(3.13%,10/319)、2021年(4.08%,10/245)和2022年(1.90%,4/211)下降明显。2018、2022年流行亚型以A型为主(19/22 vs 4/4),2020年流行亚型以B型(25/30)为主,2019、2021年AB型共存。四季检出率除2020年差异有统计学意义外[7.14%(3/42)、16.39%(10/61)、27.12%(16/59)和0(0/42),χ^(2)=16.975,P<0.001],其余年份差异均无统计学意义。在76例检出RSV样本中,17例(22.37%,17/76)存在多重感染。其中鼻病毒是最常见的混合感染病毒,占混合感染的58.83%(10/17)。结论 RSV是广州市流行的常见呼吸道病毒,3岁以下儿童是RSV感染的主要人群。RSV感染年度间呈现隔年流行且A型与B型交替流行的特点,且COVID-19疫情后出现了反季节流行。2019年末COVID-19暴发后,国家严格筛查COVID-19疑似病例,2020年RSV检出率显著升高;随着国家COVID-19防控政策变化,2021—2022年RSV的检出率下降显著。

开展人群大规模新冠核酸筛查的混合检测方法研究

目的为在大规模人群中进行新型冠状病毒核酸筛查时提高检测效率、缩短检测时间,探索混采混检、单采混检检测的合理比例数。方法对当天采集的56份新鲜样本进行单独检测,再分为混采混检组和单采混检组,各组中均有3∶1、5∶1、10∶1混合样本,每份混合样本中含1份阳性样本并配备双份样本进行平行试验,比较混采混检和单采混检检测结果的差异。结果混采混检方案:3∶1、5∶1混采混检阳性样本检测结果与单采单检相比Ct值基本不变,检测灵敏度无差异;10∶1混采混检阳性样本Ct值平均升高2.95个单位(0.71~5.47),检测灵敏度略有降低,检测结果在临界值(37~40)的样本会成为假阴性。单采混检方案:3∶1、5∶1、10∶1的单采混检阳性样本检测结果与单检相比Ct值平均升高1.13、2.57、4.92个单位(0.30~7.66),检测灵敏度降低。结论建议在针对高风险地区的大规模人群筛查时采用5∶1混采混检方案。特殊情况下需要快速提升核酸检测能力时可采取10∶1混采混检方案。对发热门诊、重点人员以及密接人员仍采用单人单采单检的检测方案。