基于生物信息学分析HBV感染相关肝组织中免疫微环境枢纽基因

目的 通过生物信息学分析HBV感染相关免疫机制,找出定位于HBV感染相关免疫微环境的潜在治疗靶点。方法 从基因表达综合数据库下载GSE121248和GSE55092数据集。使用limma R软件包筛选HBV阳性肝组织样本与正常肝组织样本间的差异表达基因(DEGs)。从GeneCards数据库中下载免疫相关基因集,与上述两组DEGs取交集后得到免疫相关的差异表达基因(i-DEGs)。利用i-DEGs构建蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络,以筛选可能与HBV感染相关的枢纽基因;使用多种网络工具评估枢纽基因与miRNA、转录因子、小分子药物的关联性。结果 从GSE55092和GSE121248分别获得1417和789个DEGs,二者与免疫相关基因集取交集后得到324个i-DEGs。通过构建PPI网络,鉴定出TOP2A、CDK1、AURKA、NCAPG、KIF11、CCNB1、CDC20、BUB1B、CCNB2、CCNA2共10个枢纽基因。通过探索DGIdb数据库,鉴定出可以调控TOP2A、CDK1、AURKA、CCNA2表达的36种小分子药物。进一步研究发现,CDK1对于HBV感染的诊断效能最高,其表达水平与HBV相关免疫微环境中的6种免疫细胞浸润水平显著相关。结论 本研究发现CKD1可能是调控HBV相关免疫微环境的关键靶点。

成人核心结合因子相关急性髓系白血病遗传异质性及预后因素分析

目的:探讨成人核心结合因子急性髓系白血病(core-binding factor acute myeloid leukemia,CBF-AML)的遗传异质性及预后因素。方法:回顾性分析271例成人新诊断CBF-AML患者的临床资料,包括188例t(8;21)AML患者和83例inv(16)/t(16;16)AML患者。比较2组患者间分子遗传学差异,采用log-rank检验和Cox回归模型分析影响患者生存和复发的因素。结果:t(8;21)AML患者性染色体缺失(33.6%vs 1.5%,P<0.001)、CD19(58.9%vs 6.8%,P<0.001)和CD56表达(63.8%vs 1.7%,P<0.001)明显高于inv(16)/t(16;16)AML患者。+22在inv(16)/t(16;16)AML患者中明显高于t(8;21)AML患者(13.6%vs 0.7%,P<0.001)。KIT突变(51.8%vs 28.3%,P=0.010)、EZH2突变(18.8%vs 4.3%,P=0.022)在t(8;21)AML患者中的发生率明显高于inv(16)/t(16;16)AML患者。FLT3突变(34.8%vs 12.9%,P=0.003)和WT1突变(15.2%vs 4.7%,P=0.044)在inv(16)/t(16;16)AML患者中的发生率明显高于t(8;21)AML患者。对于t(8;21)AML患者,KIT D816突变是影响总生存的独立危险因素(P=0.050),而异基因造血干细胞移植是影响总生存的独立保护因素(P=0.029)。初诊时骨髓高原始细胞数(P=0.043)、CD19不表达(P=0.008)是影响无事件生存的独立危险因素。KIT D816突变(P=0.014)、CD19不表达(P=0.036)是影响累计复发率的独立危险因素。对于inv(16)/t(16;16)AML患者,髓外浸润是影响无事件生存的独立危险因素(P=0.023),异基因造血干细胞移植是影响累计复发率(P=0.037)和无事件生存(P=0.015)的独立保护因素。结论:成人t(8;21)和inv(16)/t(16;16)AML患者具有显著的遗传学异质性。