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题名植物甜菜碱醛脱氢酶的生物信息学分析
被引量:6
- 1
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作者
弄庆媛
麦秀英
周虹
冯潜
陈劲松
廖海
周嘉裕
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机构
西南交通大学生命科学与工程学院
中国科学院成都生物研究所
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出处
《北方园艺》
CAS
北大核心
2012年第8期120-124,共5页
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基金
教育部中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(SWJTU09ZT28
SWJTU09CX065
+3 种基金
SWJTU11CX114)
中国科学院成都生物研究所山地生态恢复与生物资源利用重点实验室及生态恢复与生物多样性保育四川省重点实验室开放课题资助项目
西南交通大学科技发展资助项目(2008B06)
SRTP资助项目(111612)
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文摘
运用生物信息学的方法,对已在GenBank数据库中注册的甜菜、菠菜、山菠菜、玉米、辽宁碱蓬等植物甜菜碱醛脱氢酶(BADH)的氨基酸序列进行分析。结果表明:植物BADH属于稳定蛋白质,含有较丰富的丙氨酸和谷氨酸;不同植物BADH的氨基酸序列具有较高的同源性,含有与酶功能相关的十肽保守序列及半胱氨酸残基;不同植物的BADH具有不同的亚细胞定位;分子进化研究表明,BADH可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据;氨基酸序列中不存在信号肽;分子中不存在跨膜结构域,可能受蛋白激酶的磷酸化;α?螺旋是多肽链中的主要结构元件;蛋白质保守区域包含典型的醛脱氢酶功能结构域。该研究结果为开展BADH的酶学特性及植物抗逆的分子机理研究提供理论参考。
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关键词
甜菜碱醛脱氢酶
生物信息学
GENBANK
抗逆
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Keywords
betaine aldehyde dehydrogenase
bioinformatics
GenBank
resistance to stress
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分类号
Q71
[生物学—分子生物学]
Q949.93
[生物学—植物学]
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题名植物胆碱单氧化酶的生物信息学分析
被引量:1
- 2
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作者
冯潜
弄庆媛
麦秀英
周虹
陈劲松
周嘉裕
廖海
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机构
西南交通大学生命科学与工程学院
中国科学院成都生物研究所
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出处
《中国农学通报》
CSCD
2012年第24期194-200,共7页
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基金
教育部中央高校基本科研业务费专项资金"生物信息学与功能基因组学"(SWJTU09ZT28)
"川芎甘氨酸甜菜碱合成关键酶(BADH)基因的克隆
+5 种基金
定量表达与功能分析"(SWJTU11CX114)
中国科学院成都生物研究所山地生态恢复与生物资源利用重点实验室
生态恢复与生物多样性保育四川省重点实验室开放课题"川芎甜菜碱醛脱氢酶基因的克隆
定量表达分析及功能研究"(2011KF01)
西南交通大学科技发展项目"川芎抗逆性基因的克隆及功能鉴定"(2008B06)
"希望之星"(2009)
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文摘
为了研究胆碱单氧化物酶的抗逆机理,运用NCBI、Expasy、Psort、NetPhosK、TMHMM、NPSA网站和MEGA5、DNAman软件,对已在GenBank数据库中注册中的甜菜、菠菜、四翅滨藜草、山菠菜、苋菜等植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明:植物胆碱单氧化酶中Ala、Ser、Leu等氨基酸含量较丰富,属于稳定蛋白;不同植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列具有较高的同源性(81.52%),均含有转运肽区、2Fe-S中心区和非血红素Fe离子结合区;分子进化树揭示胆碱单氧化酶有较强的保守性,可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据;分子中不存在跨膜结构域,与疏水区域预测结果一致;可能受蛋白激酶C磷酸化,位点为Ser326;无规卷曲是多肽链中大量的结构元件;包含2个功能结构域,分属于Rieske家族与SRPBCC家族。本研究结果为开展胆碱单氧化酶的酶学特性及甘氨酸甜菜碱生物合成的分子机理研究提供理论参考。
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关键词
生物信息学
胆碱单氧化酶
GENBANK
抗逆
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Keywords
bioinformatics
choline monooxygenase
GenBank
resistance to stress
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分类号
Q71
[生物学—分子生物学]
Q949.93
[生物学—植物学]
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