拟南芥IQM5.2的克隆、表达及其生物信息学分析

为了探究拟南芥IQM5基因是否存在不同的剪切方式及其器官特异性表达,利用RT-PCR技术和T-A克隆发现了IQM5基因的一种新的剪切方式,即IQM5.2。利用生物信息学方法、半定量和定量RT-PCR分析方法分别对新的CDS序列所编码蛋白的性质以及IQM5.1和IQM5.2在不同器官中的比例进行了分析。结果表明,IQM5.2编码1个由300个氨基酸组成的多肽,其N端与豌豆重金属诱导蛋白6A(HMIP6A)具有较高同源性,含有1个IQ基序,属于钙不依赖性钙调素结合蛋白;在幼苗、莲座叶、花序叶、茎和花蕾中都存在IQM5.1和IQM5.2的转录本,且二者的比例在不同的材料中不尽相同。因此,IQM5基因存在不同的剪切方式和器官特异性表达。