对不同表达系统的猪圆环病毒2型Rep蛋白的电泳特性分析

利用特异性引物从圆环病毒2型(PCV2)毒株克隆出Rep基因,并将其插入到原核表达载体pET28 a和杆状病毒转移载体pFastbacHT(B)上,利用大肠杆菌BL21(DE3)株原核系统以及Bac-to-Bac杆状病毒系统表达Rep蛋白.Western-blotting表明,原核和真核表达系统均能表达出圆环病毒2型Rep蛋白,电泳分析表明,不同系统表达得到的Rep蛋白有不同的电泳特性,揭示Rep蛋白存在翻译后修饰.

BMCMC法分析2009年墨西哥H1N1流感病毒与中国流感病毒的进化关系

从GenBank上下载所有1978—2009年在中国分离的H1N1亚型流感病毒的HA和NA基因及所有同期在中国分离的A型流感病毒(宿主包括人、猪和禽)的PB1、PB2、PA、NS、NP和M基因的序列,将这些基因序列与2009年在中国发生的墨西哥H1N1流感病毒的对应基因序列进行BMCMC法分析,绘制BMCMC进化树,结果揭示中国发生的墨西哥H1N1流感病毒的HA和NA基因相对独立于中国季节性H1N1流感病毒;M基因相对独立于中国国内的季节性流感病毒和禽源流感病毒;PB1基因包含在季节性流感病毒的分群内;PB2基因和NS基因与国内重排的流感病毒相关,但相对独立于国内的季节性流感病毒和禽源流感病毒;PA基因包含在国内禽流感病毒的分群内;NP基因则与国内传统的猪流感病毒相关,但相对独立于国内的季节性流感病毒和禽源流感病毒.

不同时期H_5N_1病毒的HA和NA基因进化树及基因变异率线性回归分析

利用Genbank上从1996-2007年的所有的H5N1禽流感病毒的HA基因和NA基因进行进化树分析,基因变异率线性回归分析表明1996-2000年的HA基因和NA基因的变异率要明显低于2000-2007年间的变异率,其原因也许与2000-2007年间东南亚各国大量使用疫苗有关。

猪圆环病毒2型(PCV2)ORF1基因的系统发育分析和选择压力分析

本研究利用脚本语言编写一系列程序流程,成功对猪圆环病毒2型(PCV2)ORF1的Genbank数据进行快速整理和信息挖掘。同时,引入MUSCLE、MrBayes和PAML等生物信息学工具对经过整理的PCV2 ORF1的Genbank数据进行深度的分析,快速进行序列比对并获得了高解析度的BMCMC系统发育树,再以该BMCMC系统发育树为基础数据进行基因选择压力的分析。结果表明,中国的猪圆环病毒2型(PCV2)ORF1可分为三群,其中两群可能存在明显的祖先,另一群则可能经过多次从不同地方传入中国。另外,应用位点模型和分支位点模型(以不同的选择压力模型将不同群各设为背景)对PCV2 ORF1进行分析,没有发现各个分支上有明显处于正选择压力下的位点,PCV2的ORF1基因在进化上相当保守,所有位点的dN/dS值均小于等于1(P>95%),提示该基因没有处于明显的选择压力之下,所有位点的突变均为中性选择位点或净化选择位点。该结果首次从选择压力分析的角度说明ORF1基因为功能保守的基因,为以后筛选PCV2毒株制备抗ORF1蛋白的单克隆抗体提供了理论依据。

H7亚型禽流感RT-PCR诊断方法的建立

参照GenBank中已发表的H7亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因设计合成了一对预计扩增片段大小约为310bp的引物。利用这对引物,通过对RT-PCR反应体系和反应条件的优化,建立了针对H7亚型禽流感的RT-PCR检测方法。敏感性试验和特异性试验结果表明,该方法敏感性高,最低可检出100pg的AIV-H7的mRNA,且应用该引物对新城疫病毒(NDV)、传染性支气管炎病毒(IBV)及其他亚型的流感病毒(H1、H3、H5、H9)在相同反应条件下未扩增出任何片段,具有较好的特异性。用所建立RT-PCR方法检测发病鸡组织病料及咽、肛拭子,检测结果与鸡胚病毒分离结果相比,阳性符合率高达90.6%。