CXCL家族作为肝癌微环境预后与治疗标志物的生物信息学分析

目的:探讨CXCL趋化因子家族作为肝癌治疗与预后标志物的价值。方法:检索UNIPROT、ONCOMINE、TCGA、GEPIA、TIMER数据库,分析肝癌中异常表达的CXCL因子类型。在KMPLOT网站分析CXCL与肝癌患者不良预后的相关性。使用R语言绘制热图并计算CXCL家族与上皮间质转化(EMT)、免疫因子浸润的相关性。结果:CXCL6、CXCL8、CXCL9、CXCL10在肝癌组织中显著高表达,CXCL2、CXCL12、CXCL14在肝癌中显著低表达。高转录水平CXCL2、CXCL4、CXCL6、CXCL7、CXCL9、CXCL10、CXCL12、低转录水平CXCL6的肝癌患者有更长的生存期。CXCL8与肝癌EMT关系最为密切。CXCL2、CXCL4、CXCL6、CXCL7、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL12、CXCL14、CXCL16、CXCL17与常见的6种免疫细胞(B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞)浸润相关。结论:CXCL家族在肝癌组织中具有显著的差异表达,并与肝癌细胞的转移、免疫细胞浸润、预后相关,可作为肝癌临床治疗与预后的潜在标记物。

肝癌来源的外泌体中miRNA的作用

外泌体是由多囊体衍生出来的小膜泡,在供体细胞和受体细胞之间穿梭,通过自分泌或旁分泌的方式促进血清和血浆中细胞间通讯的新模式,其作为细胞间传递信号的囊泡结构,在肿瘤增殖、侵袭和耐药中发挥重要作用。肿瘤来源的外泌体中含有诸如核酸、脂类和蛋白质等生物分子,是肿瘤生物标志物和治疗载体的潜在来源,其含有的多种RNAs已逐渐被认为是新的生物标志物、病理生理介质、预后指标,甚至是疾病治疗的纳米药物。

TRIM11在肿瘤中的作用及其分子机制研究进展

三基序蛋白家族(TRIM)在人类癌症中起着至关重要的作用,TRIM11为该家族重要成员之一,作为新型生物标志物受到广泛关注。TRIM11在多种肿瘤中过表达与其病理特征及临床分期相关,并且参与肿瘤细胞的增殖、凋亡、迁移和侵袭等生物学过程,TRIM11可能是肿瘤诊断和预后研判的潜在标志和治疗靶点。本研究综述TRIM11的结构、生物学作用以及与肿瘤的关系及其信号传导通路机制的研究进展。

基于TCGA数据库构建肝细胞癌中RNA结合蛋白预后评估模型

目的采用生物信息学方法,构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者RNA结合蛋白(RNA-binding proteins,RBPs)预后评估模型,并判断对HCC患者预后情况。方法从肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas program,TCGA)数据库中下载374例HCC和50名正常组织标本的RNA测序数据,使用R语言筛选得到差异表达的RBPs。采用单因素和多因素Cox风险回归模型分析并构建差异RBPs预后模型并对该预后模型的有效性进行验证。此外,多因素Cox分析临床特征是否为HCC预后的独立风险因素。结果共筛选出6个差异RBPs(EZH2、SMG5、ANG、PPARGC1A、LARP1B、NR0B1)建立HCC相关RNA结合蛋白的预后模型,试验组和验证组中模型的曲线下面积分别为0.737和0.787,证实该模型具有较好的预后预测价值。多因素Cox回归分析表明,肿瘤分期和风险评分是影响HCC患者总体生存时间的独立因素(HR=1.533,P<0.001;HR=1.557,P<0.001)。结论采用TCGA数据库成功构建了HCC相关RNA结合蛋白的预后模型,并为临床判断HCC患者的生存预后情况提供帮助。