大银鱼早期发育阶段微生物群落特征及其与免疫和代谢的关联

为了解大银鱼早期发育过程中的微生物群落变化规律与特征,采集大银鱼胚胎期(心跳期,XT)、内源性营养期(采样时间为孵化后第1天,记为H1)、混合性营养期(孵化后第4天,H4)、开口摄食期(孵化后第7天,H7)和外源性营养期(孵化后第10天,H10)5个发育时期的样本。通过16S rRNA基因测序技术观察大银鱼早期发育过程中的微生物群落演替,尤其是摄食前后的微生物群落特征和关键菌属;并结合同批次样品的转录组数据,基于关联网络方法重点分析了与免疫和代谢相关的菌属。结果显示:大银鱼早期发育阶段各时期的β多样性存在显著差异(P<0.001),其中,XT的优势菌群为黄杆菌属(Flavobacterium)和金黄杆菌属(Chryseobacterium);胚后H1时期的优势菌群为假单胞菌属(Pseudomonas);H4时期的主要菌群为黄杆菌属和假单胞菌属;H7和H10时期的主要菌群为弯曲杆菌属(Flectobacillus)和假单胞菌属。假单胞菌属在各时期中稳定存在。与多种免疫和代谢基因表达显著相关的是弯曲杆菌属等节点菌属。本研究首次获得了大银鱼早期发育阶段的微生物演替信息,同时,筛选到的优势菌属与节点菌属将为大银鱼苗种的规模化培育提供思路和参考。

尼日利亚水产养殖发展现状、问题与政策(上)

一、基本情况尼日利亚是非洲人口大国、经济大国,地处西非东南部,南濒大西洋几内亚湾,北邻尼日尔,西接贝宁,东靠喀麦隆,东北隔乍得湖与乍得相望。国土面积92.38万平方千米。境内河流众多,尼日尔河及其支流贝努埃河为主要河流,尼日尔河在境内长1 400千米。

尼日利亚水产养殖发展现状、问题与政策(下)

五、尼日利亚水产养殖生产模式1.家庭后院、村舍养殖推广这种水产养殖生产模式是为了鼓励家庭通过使用基本生产系统,在家中建造和经营鱼塘来获得充足的食物和额外收入,这些基本生产系统需要最低限度的技能和低成本材料。家庭式的鲇鱼养殖在尼日利亚普遍存在,对水产养殖年总产量有很大的贡献。2.综合种养这一模式通常将养鱼设施与家禽生产系统和作物生产相结合。

水产产业园区规划策略与设计方案

过去的几十年中,水产养殖产量的快速增长,极大地弥补了水产品供需缺口,对世界粮食安全体系的稳定发挥重要作用。小规模养殖占据了全球水产养殖模式的主导地位,可以说水产养殖产量的增长离不开小规模养殖的重要贡献。但是小规模养殖存在养殖规划不合理、配套不周全、组织化程度低等问题。

大银鱼全基因组简单重复序列标记开发及在不同生态型群体中的检验

利用Krait软件对2020年公布的拼接程度更高的大银鱼全基因组中完美型微卫星的分布特征进行分析,并据此开发具有多态性的微卫星DNA(又称简单重复序列)标记。结果显示:在大银鱼全基因组内共获得587 554个完美型微卫星位点,序列总长度为11 803 017 bp,占全基因组长度的2.53%;在6种重复类型的微卫星中,二核苷酸数量最多(401 585个,占比68.35%)。针对微卫星位点设计的99对引物中,有39对具有多态性,选择其中多态性较好的14个微卫星标记分别对大银鱼洄游型群体、陆封型群体及移植型群体中选择的1个具有代表性的群体进行检验,结果表明,多态性较好的14个微卫星标记在3个具有代表性的群体中均能进行有效扩增。对3个群体的遗传多样性和遗传结构进行分析发现,洄游型群体(崇明岛群体)遗传变异丰富(平均期望杂合度为0.614、平均多态信息含量为0.576),与淡水群体[太湖群体(陆封型)和连环湖群体(移植型)]分属于2个不同的遗传群组,两者间具有较大的遗传距离和极高的遗传分化水平(遗传分化指数高于0.25,P<0.05);淡水群体(太湖和连环湖群体)的遗传变异相对匮乏,2个群体间的遗传距离较小,虽存在显著的遗传分化,但遗传分化水平较低(遗传分化指数为0.102,P<0.05)。本研究结果表明,洄游型群体具有潜在的种质资源保护价值,可为后续大银鱼全基因组微卫星标记开发和遗传图谱构建等提供依据,并为后续更大范围的群体种质资源评估与管理提供参考。

饥饿与重摄食对河蟹肠道菌群结构的影响

研究采用16S rRNA测序研究饥饿以及重摄食的河蟹(Eriocheir sinensis)肠道菌群结构变化,结果显示,在饥饿胁迫下,河蟹肠道细菌群落Alpha多样性指数下降,重摄食后仍未改变肠道菌群多样性指数下降的趋势,但与对照组无显著差异(P>0.05);而在菌门组成方面,随着饥饿时间的增加,4个优势菌门占比呈现了相应的变化,变形菌门、厚壁菌门以及拟杆菌门占比逐渐增加,软壁菌门占比逐渐下降,但在重摄食后,4个优势菌门恢复至对照组水平;而通过对比不同状态下差异菌群,在科属水平下筛选出8个具有显著差异(P< 0.05)的菌群,其中Candidatus Bacilloplasma菌属因具有较高的菌群丰度,且对饥饿以及重摄食响应较为显著,其菌群的特定功能值得进一步深究。研究首次报道了饥饿状态以及重摄食后河蟹肠道菌群的变化,对于后续探究菌群的特定功能提供基础数据。

陈氏刺棘虫感染对洄游型刀鲚肠道微生物群落的影响

于2017年洄游汛期内采集刀鲚(Coilianasus)样本,解剖后选取6尾感染陈氏刺棘虫(Acanthosentischeni)的刀鲚样本作为感染组,同时选取6尾未感染刀鲚作为对照组,采用16S rDNA高通量测序技术研究陈氏刺棘虫感染对刀鲚肠道微生物群落结构的影响。结果共鉴定出23个细菌门,其中对照组包含22个门,感染组鉴定出18个门,其中疣微菌门(Verrucomicrobia)只在感染组刀鲚中检测到;两组刀鲚肠道中主要的微生物类群均为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和软壁菌门(Tenericutes),且相对丰度总量均高于85%;感染组中厚壁菌门、梭杆菌门(Fusobacteria)和纤维杆菌门(Fibrobacteres)平均含量高于对照组,其余菌门相对丰度含量与对照组相比均呈下降趋势,但两组间微生物组成比例没有显著差异(P>0.05)。此外,在已明确的130个科中,厚壁菌门中的梭菌科(Clostridiaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和变形菌门中的肠杆菌科(Enterobacteriaceae)含量高于对照组(P<0.05),紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)中的Eisenbergiella丰富度在感染组刀鲚肠道中显著更高(P<0.05);在群落多样性水平上,对照组和感染组间Shannon指数、Chao1指数和Simpson指数差异不显著(P>0.05)。虽然陈氏刺棘虫感染对肠道微生物的群落结构和物种多样性影响不显著,但是在特定微生物物种的组成上存在显著差异。

2019年春季淮河中下游水体微生物的空间异质性

为了解淮河中下游(安徽-江苏段)水体微生物的基本组成情况,选取支流、河道、湖泊(洪泽湖)和入江口4个生境类型的9个断面,同步采集水体微生物和水化学样品,采用高通量测序技术鉴定并分析了微生物群落结构组成和特征,并与水体理化因子进行了相关性分析。结果表明:在不同分类单元下,生境间微生物组成和丰富度均有一定差异;微生物多样性呈现由支流到河道递增的趋势,物种丰富度呈现河口>洪泽湖>支流>河道的生境差异;门水平上,放线菌门Actinobacteria、变形菌门Proteobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes是所有位点中共同的优势类群,属水平上,黄杆菌属Flavobacterium、红育菌属Rhodoferax和Limnohabitans属在各位点中丰度最高;发酵单胞菌属Zymomonas和甲基养菌属Methylibium是河道组拥有的两种特有菌属,而HTCC、弓形杆菌属Arcobacte r和突柄杆菌属Prosthecobacter则为其他3个生境组所特有;各采样点属水平上高丰富度物种多指向高氮含量的水质指标,且与水质分析结果趋同,反映了各生境氮污染的基本情况;环境因子与Alpha多样性、属水平优势属的相关性分析和典型相关分析(CCA)显示,高锰酸盐指数(COD_(Mn))、总磷(TP)、浊度(TUR)、pH、透明度(SD)和氨态氮(NH_(4)^(+)-N)是影响各位点微生物组成的主要环境因子。研究表明,根据水体微生物群落组成的差异,中下游水体可初步划分为4个不同的生境类型,水体微生物可以作为反映淮河中下游水质情况的指标之一。

饥饿循环处理对黄河鲤新品系幼鱼补偿生长性能的影响

为探究黄河鲤新品系幼鱼在饥饿-饱食循环状态下的生长补偿特点,选用初始均质量(23.44±3.21)g的黄河鲤幼鱼360尾,随机分成4个实验组,每个实验组3个重复,每个重复30尾鱼,分别按处理组A组:饥饿5 d(S5)饱食20 d(F20);B组:S7-F28;C组:S15-F60;对照组Con:F75的投喂方案饲养,养殖实验为75 d。研究表明:(1)经过不同时长的饥饿,在恢复饱食投喂阶段,A组的特定生长率(SGR)为1.70%,显著高于B组的1.08%、C组的0.87%以及对照组Con的0.60%;(2)在饥饿阶段,3个处理组A、B、C的体长特定生长率(SGR_L)显著低于对照组Con;当恢复投喂后,A组、B组的SGR_L则显著高于C组和对照组Con;(3)在饥饿阶段,A组的肥满度特定生长率(SGR_K)显著低于B组、C组和对照组Con,但在恢复投喂阶段,却显著高于B组、C组和对照组Con。(4)处理组A节省饲料率为8.7%,较另外两个处理组高。由试验结果可以看出,饥饿5 d饱食20 d循环3次的投喂方式能激发幼鱼产生部分补偿生长效应,且饲料投喂量最少。

基于美洲和中国大鲵转录组序列的线粒体基因组组装及其遗传多样性分析

为利用高通量测序数据开展线粒体基因组研究,基于高通量第2代测序技术获得了美洲大鲵(Cryptobranchus alleganiensis)转录组数据,以近缘物种的线粒体全基因组为参考序列,利用MITObim软件对其组装,并进行环化、注释和分析,采用邻接法(NJ法)构建美洲大鲵线粒体基因组序列的系统进化树。结果表明:美洲大鲵线粒体全基因组序列长度为16 358 bp,包含13个蛋白编码基因(PCG)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个控制区。同时利用该项技术对中国大鲵(Andrias davidianus)转录组数据也提取线粒体组数据,并构建大鲵属的系统进化树,结果表明中国大鲵与日本大鲵(Andrias japonicus)亲缘性较近,获取的美洲大鲵与参考的美洲大鲵(Gen Bank登录号GQ368662)聚为一类。这一研究提示中国大鲵和美洲大鲵起源不同,遗传距离大。