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基因组SNP揭示少根根霉种群结构
被引量:
3
1
作者
鞠笑
张明晢
+5 位作者
赵恒
刘泽
贾碧丝
Timothy Y.James
乔敏
刘小勇
《菌物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第12期2285-2303,共19页
少根根霉在自然界分布广泛,是重要的食品发酵菌,又是著名的机会致病菌,在形态和生化上多样性丰富,包括原变种、德氏变种和东京变种等3个分类学变种,原型、德氏型、东京型和鲁氏型等4个形态型,以及乳酸组和富马苹果酸组等2个生化组。DNA...
少根根霉在自然界分布广泛,是重要的食品发酵菌,又是著名的机会致病菌,在形态和生化上多样性丰富,包括原变种、德氏变种和东京变种等3个分类学变种,原型、德氏型、东京型和鲁氏型等4个形态型,以及乳酸组和富马苹果酸组等2个生化组。DNA分子多样性更为丰富。但这些多样性之间缺乏系统的关联研究。本研究选择能代表以上多样性的67个菌株,通过全基因组重测序提取ITS、IGS rDNA和SNP多态性位点进行分子系统发育和群体结构分析,结果将少根根霉分为4个主要的系统发育分支,分支1和2是姐妹群关系,共同构成德氏变种,另外两个分支分别对应东京变种和原变种。鲁氏形态型多系,源自原变种和德氏变种。群体结构分析表明在少根根霉物种内,德氏变种首先分歧出来,然后东京变种和原变种发生分化,最后3个变种分化出各自的亚群;这些亚群表明少根根霉物种正沿着8个相互杂交的分子群体进行演化。本研究首次利用基因组范围的信息支持所有的生态群、分类学变种、形态型、生化组和系统发育分支仍然属于同一个物种,物种分化尚未完成,同时实现了对少根根霉多个DNA分子群体的解析并推导出其演化规律。
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关键词
米根霉
德氏根霉
鲁氏淀粉霉
全基因组重测序
原文传递
题名
基因组SNP揭示少根根霉种群结构
被引量:
3
1
作者
鞠笑
张明晢
赵恒
刘泽
贾碧丝
Timothy Y.James
乔敏
刘小勇
机构
中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室
中国科学院大学
北京林业大学生态与自然保护学院
密西根大学生态与进化生物系
云南大学省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室
出处
《菌物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第12期2285-2303,共19页
基金
国家自然科学基金(31970009,31670019)
科技部科技基础性工作专项(2014FY210400)
省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室开放课题(2019KF002)。
文摘
少根根霉在自然界分布广泛,是重要的食品发酵菌,又是著名的机会致病菌,在形态和生化上多样性丰富,包括原变种、德氏变种和东京变种等3个分类学变种,原型、德氏型、东京型和鲁氏型等4个形态型,以及乳酸组和富马苹果酸组等2个生化组。DNA分子多样性更为丰富。但这些多样性之间缺乏系统的关联研究。本研究选择能代表以上多样性的67个菌株,通过全基因组重测序提取ITS、IGS rDNA和SNP多态性位点进行分子系统发育和群体结构分析,结果将少根根霉分为4个主要的系统发育分支,分支1和2是姐妹群关系,共同构成德氏变种,另外两个分支分别对应东京变种和原变种。鲁氏形态型多系,源自原变种和德氏变种。群体结构分析表明在少根根霉物种内,德氏变种首先分歧出来,然后东京变种和原变种发生分化,最后3个变种分化出各自的亚群;这些亚群表明少根根霉物种正沿着8个相互杂交的分子群体进行演化。本研究首次利用基因组范围的信息支持所有的生态群、分类学变种、形态型、生化组和系统发育分支仍然属于同一个物种,物种分化尚未完成,同时实现了对少根根霉多个DNA分子群体的解析并推导出其演化规律。
关键词
米根霉
德氏根霉
鲁氏淀粉霉
全基因组重测序
Keywords
Rhizopus oryzae
Rhizopus delemar
Amylomyces rouxii
whole-genome resequencing
分类号
TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基因组SNP揭示少根根霉种群结构
鞠笑
张明晢
赵恒
刘泽
贾碧丝
Timothy Y.James
乔敏
刘小勇
《菌物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
3
原文传递
已选择
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参考文献
引证文献
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