寒证基因芯片数据库的纵横分合聚类方法研究

基因芯片技术是当代生命科学中具有革命性意义的重要研究方法。但是如何应用数理统计方法系统准确地解读该技术惠与我们的大批量整体性基因表达信息 ,乃当今基因芯片研究的一个关键性问题。我们以完成的寒证基因芯片数据库分析为基础 ,前瞻性地提出如下四类相互关联的分析方法 :1 纵向发展的聚类分析 (个体用药前后的连续追踪 ,进而研究家系寒证 ) ;2 横向互比的聚类分析 (应用树状分层图、多维标度和平滑聚类等分析方法 ,考虑横向聚类分析我们已经收集的 10万个证候调查数据 ) ;3 分证候的聚类分析 (如肢冷单个证候疗效的分析 ,藉此可将 39个寒证分证候聚类为六大类并做进一步分析 ) ;4 合寒证聚类分析 (综合因素分析、聚类分析等方法研究寒证主效基因组及其组合模式对基因表达谱的决定性影响 ,寒证证候变量主导因素及其与主效基因组的相互关系等 ,进而“合之病能”)。

Church-Rosser系统表现——么半群中正则问题的可判定性

设(T,A)是字母表A上的Church-Rosser Thue系统,M_T是它表现的么半群.M_T中元素u称为正则的,如果存在x,使得xux=u.本文证明了:M_T 中是否有一非平凡正则元是多项式时间可判定的;而对于一个任给的元素 u,u 是否是正则元却是不可判定的.

生物信息融合与肾阳虚证治的交叉合论

生物信息学与信息融合的发展 ,为中医证的研究及其肾阳虚证治提供了新的启示和方法。生物信息融合从战略上看 ,要将肾阳虚证治的症状底层次状态向高层次的证候势态方向发展 ,要数学模型化 ,才有共同语言走向世界科学。肾阳虚证治的多源模糊信息有 :基础信息 (肾阳虚证与辨析症状 )、反应信息 (四气药性与温补肾阳 )、参照信息 (病理免疫与理化指标 )、发展信息 (生物信息与基因数据 )、背景信息 (环境运气及其他信息 )等五个方面 ,均需要数据抽象的处理。肾阳虚证治信息融合的步骤为 :1.探测“消息之”→ 2 .互联“推之”→ 3.比对“及于比类”→ 4 .估计“知其源”→ 5 .信息组合“和于阴阳” ,力求前瞻性地研究 。

论证候基因组研究中的海量数据生物信息问题

在新世纪科学、人类基因组、生物信息学大背景下,中医证候基因组的研究已起步,在运用基因芯片等新技术中,产生了海量数据,如仅仅一个肾阳虚家系的基因表达谱芯片和证候症状已有近40万个原始数据,用初步的信息融合观考虑也会有61种计算的角度。生物信息学的发展,将会为我们证候基因组研究不断提供数学方法;功能基因组的进步,开始为中医证候研究奠定了一个新的平台。前面的探索告诉我们证候基因组研究虽是艰巨,但仍是可行的,其中复杂问题,海量数据,也是可以逐步解决的。

用特征功能模块法挖掘一个虚寒证家系的基因表达谱

目的:利用基因表达谱与基因功能知识识别虚寒证相关的差异基因与功能模块,从功能模块水平研究虚寒证发生的分子机制。方法:用Array Tools筛选差异表达基因,并检验分类效果,再利用Gene Ontology(基因本体,GO)工具,将特征基因进行功能注释,选择显著聚集差异表达基因的功能模块;识别其中能够有效分类疾病样本的特征功能模块,并分析它们与虚寒证的关联。结果:用25个差异基因分类样本准确率在93%,用11个功能模块分类样本准确率在87%-100%之间。结论:这些特征功能模块与虚寒证的发生有一定的关联性。基于特征功能模块法研究基因表达谱更有利于对疾病的阐释。