蓖麻CNGC基因家族的鉴定与系统进化分析

环核苷酸门控离子通道(Cyclic nucleotide-gated channels,CNGCs)在植物器官生长发育、信号传导和对逆境胁迫响应等过程中发挥重要作用。运用生物信息学手段,对蓖麻CNGC家族的分类、系统进化树、组织表达蛋白的亚细胞定位、跨膜结构以及等电点等进行系统分析。结果表明,CNGC家族中的14个成员被成功鉴定,且在细胞质膜上定位到了编码的蛋白,跨膜数量为4~7个不等,等电点位于8.66~9.69之间,蛋白质分子质量平均为21.32 k D。系统进化树分析结果表明,RcCNGC基因家族成员分为4个亚群,第Ⅳ亚群与其他亚群亲缘关系较远。motif预测结果显示,位于第Ⅳ亚群的RcCNGC20具有9个motif,其他蛋白均含有8个motif,且排列顺序也与其他蛋白有差异。

蓖麻RcNFYA3-1基因的克隆及表达分析

为探讨NFYA3-1基因在蓖麻耐盐中的作用,以哲蓖三号植株为材料,对RcNFYA3-1进行克隆,获得完整的编码区序列(CDS),并对其理化性质和同源性等进行预测分析,利用qRT-PCR分析RcNFYA3-1基因在盐胁迫下的表达。结果发现:RcNFYA3-1基因全长1565 bp,CDS全长984 bp,编码327个氨基酸的不稳定疏水蛋白,预测其蛋白质分子量为36.093 kD,不存在信号肽;其二级以无规则卷曲为主。Rc-NFYA3-1蛋白与木薯和巴西橡胶树的同源性最高。qRT-PCR分析结果表明,RcNFYA3-1基因在蓖麻各部位均有表达,且主要在根中发挥作用。