猴痘病毒A29L蛋白的生物信息学分析

目的运用生物信息学分析软件对猴痘病毒A29L蛋白的结构和功能进行预测。方法从NCBI网站上获取猴痘病毒A29L基因及编码A29L蛋白的基本信息,利用NCBI、OFR Finder、ProtParam、ProtScaleon Expasy、SignalP 4.1、TMHMM-2.0、NetPhos 3.1 Sever、SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPEITHI、BLAST等生物信息学工具对猴痘病毒A29L蛋白的结构和功能进行预测。结果A29L蛋白是由110个氨基酸组成的亲水性蛋白,含有19种氨基酸,2个开放阅读框。A29L蛋白相对分子质量为12.55924×10^(3),理论等电点5.73,不稳定系数32.28,是稳定蛋白。A29L蛋白存在10个磷酸化位点,无跨膜区、信号肽;A29L蛋白二级结构中α-螺旋占比最高,占57.27%,无规则卷占32.73%;B细胞有11个(score>0.5)抗原表位,CTL细胞有6个(score≥21)抗原表位,Th细胞有10个(score≥20)抗原表位。A29L蛋白有8个同源性较高的蛋白。结论A29L蛋白是具有多个潜在的T、B细胞抗原表位的稳定亲水性蛋白,可作为猴痘治疗和疫苗的候选蛋白。

重组酶聚合酶扩增技术的研究进展

重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)技术是一种利用重组酶(T4 UvsX)、单链DNA结合蛋白(T4 Gp32)和链置换DNA聚合酶(Bsu)等蛋白在恒温条件下扩增核酸的技术。由于其可以恒温、高效地扩增靶核酸片段,近几年在细菌、病毒、寄生虫、支原体、衣原体检测方面发挥着独特的作用,逐渐成为床旁检测(point-of-care testing,POCT)的重要技术。本文以RPA技术的原理为起点,对其临床应用、不足之处及改进方法进行阐述,以期为临床疾病的快速检测和诊断方面提供新思路。

CRISPR在临床疾病诊断中的应用

由成簇的规律间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)和CRISPR相关蛋白(CRISPR-associated protein,Cas)组成的CRISPR/Cas系统是细菌、古生菌特有的自身免疫系统,当外源基因入侵细菌时,CRISPR可特异性的识别并利用Cas蛋白对外源基因进行特异切割,从而达到自我防御的目的。CRISPR/Cas系统因其高效、特异、高灵敏度、且成本低廉的优势,在基因编辑、农业、医学、食品、环境等领域具有广阔前景。本文介绍了CRISPR系统的原理、技术特点及类别等,对基于CRISPR系统的多种核酸检测工具的优缺点进行了比较,综述了CRISPR在金属离子、蛋白质、小分子检测、临床诊断与治疗等方面的应用展望。