基于RNA-Seq数据分析葡萄糖诱导绵羊卵泡颗粒细胞衰老的差异表达基因

【目的】探讨葡萄糖对绵羊卵泡颗粒细胞衰老及其基因表达的影响。【方法】将原代分离培养的绵羊卵泡颗粒细胞分别用含17.5(H组)和2 mmol/L(L组)葡萄糖的培养基进行体外培养,细胞处理72 h后,利用β-半乳糖苷酶染色检测细胞衰老,采用RNA-Seq技术进行转录组测序,对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并用实时荧光定量PCR验证锚定蛋白重复域蛋白1(ANKRD1)、白细胞介素8(IL-8)、催产素(OXT)、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶4(NOX4)基因的表达量。【结果】H组β-半乳糖苷酶染色阳性细胞率极显著高于L组(P<0.01)。转录组测序结果显示,两组间存在401个差异表达基因,其中上调基因153个,下调基因248个,高糖诱导的细胞异常相关基因9个,细胞周期相关基因6个。GO功能富集分析发现,差异表达基因参与了细胞过程、生物调节、代谢过程、多细胞生物过程及细胞运动等生物过程,在细胞成分上主要富集在胞外区、膜、突触、细胞器及超分子复合体等,在分子功能主要富集在催化活性、整合、转运活性、分子功能调节剂及结构分子活性等。KEGG信号通路富集分析发现,差异表达基因主要富集在糖尿病并发症中的晚期糖基化产物(AGE)-晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路等。实时荧光定量PCR结果表明,与L组相比,H组IL-8基因表达水平极显著上调(P<0.01),ANKRD1基因表达水平显著上调(P<0.05),OXT基因表达水平极显著下调(P<0.01),NOX4基因表达量呈上升趋势,但差异不显著(P>0.05),实时荧光定量PCR结果与转录组测序结果一致。【结论】17.5 mmol/L葡萄糖可诱导绵羊卵泡颗粒细胞衰老及衰老相关基因表达变化,为葡萄糖诱导颗粒细胞衰老的功能和分子机制提供了依据。

杂交构树青贮和巨菌草青贮替换全株玉米青贮对肉羊生长性能和血清生化指标的影响

试验旨在研究饲粮中以杂交构树青贮和巨菌草青贮替换全株玉米青贮对绵羊生长性能和血清生化指标的影响。本试验选取60只、体重(30.25±0.67)kg、体况良好的3月龄左右小尾寒羊杂交羊(澳洲白肉羊×小尾寒羊),随机分为3组,每组20只,公母比例为1:3,每组均分为4圈,公、母分圈饲养。3组饲粮按等能等氮配制,全株玉米青贮组为对照组,预试期2周,正试期6周。结果表明:巨菌草青贮组的平均日增重极显著低于杂交构树青贮组和对照组,杂交构树青贮组与对照组无显著差异;杂交构树青贮组的平均日采食量极显著高于巨菌草青贮组,但二组均极显著低于对照组;耗料增重比在3组间无显著差异;试验结束时,杂交构树青贮组绵羊血清免疫球蛋白G(lgG)含量极显著大于巨菌草青贮组,显著大于对照组,而对照组与巨菌草青贮组lgG含量无显著差异;3组绵羊血清尿素氮(BUN)、超氧化物歧化酶(SOD)与丙二醛(MDA)均无显著差异。本研究表明,饲喂杂交构树青贮未影响绵羊的生产性能,但能提高其免疫能力,因此可替代全株玉米青贮饲喂绵羊;而饲喂巨菌草青贮降低了绵羊的生产性能,需进一步进行研究。

绵羊miR-200b对卵泡颗粒细胞周期和凋亡的影响

旨在揭示miR-200b在绵羊卵泡颗粒细胞的作用。本研究利用在线工具(TargetScan、miRTarBase及miRDB)预测miR-200b的靶基因,并利用KOBAS对其进行GO和KEGG通路富集分析。将分离培养的绵羊卵泡颗粒细胞分为4组,分别转染miR-200b mimic、mimic NC、miR-200b inhibitor和inhibitor NC,每组6个重复。采用CCK8法分别检测转染24、48和72 h颗粒细胞的存活率;采用荧光定量PCR检测miR-200b、CDK 4、CDK 6、CCND 1、CCND 2、Bax和Bcl-2基因的表达水平。利用3种在线工具预测到25个miR-200b的共同靶基因,GO和KEGG通路富集分析发现这些基因富集在细胞的增殖分化、细胞周期及生殖发育过程;转染miR-200b mimic、miR-200b inhibitor和NC后,颗粒细胞存活率随时间延长呈“V”型趋势降低,且48 h达最低(P<0.01);miR-200b inhibitor与inhibitor NC组相比,miR-200b表达量无显著差异(P>0.05);与mimic NC相比,miR-200b mimic组极显著促进miR-200b表达(P<0.001),显著下调CDK 4(P<0.01)、CDK 6(P<0.001)和CCND 1(P<0.001)、CCND 2(P<0.05)和Bcl-2(P<0.01)基因表达水平,Bax表达并无显著变化(P>0.05),且极显著下调Bcl-2与Bax比值(P<0.001)。综上所述,miR-200b抑制绵羊卵泡颗粒细胞细胞周期和增殖并促进其凋亡。

基于全基因组重测序筛选绵羊经济性状候选基因

本文旨在通过全基因组重测序筛选绵羊经济性状有关的候选基因。利用小尾寒羊和萨福克羊各9个个体全基因组数据进行分析,计算群体分化指数(Fst)进行选择信号分析,对受选择区域进行基因注释和富集分析。共筛选出391个受选择区域(top5%ZFst值);基因本体富集(GO)分析显示,受选择的区域基因主要与G蛋白偶联的嘌呤核苷酸受体的活性和G蛋白偶联的核苷酸受体的活性有关(P<0.01);KEGG通路分析结果表明,这些基因显著富集在嗅觉传导、花生四烯酸代谢和系统性红斑狼疮信号通路(P<0.01)。ZFst值大于5的选择信号区域有51个(89个基因),其中注释到46个基因与生长发育、疾病和抗病、适应性、乳品质、生殖、毛和被毛颜色性状有关。研究结果为深入研究绵羊的经济性状形成的遗传基础和进行绵羊遗传改良提供科学依据。

鸡蛋、鸭蛋与鹌鹑蛋壳色素含量的比较

为研究鸡蛋、鸭蛋和鹌鹑蛋蛋壳颜色的差异,选取鸡蛋(粉壳和绿壳)、鸭蛋(绿壳)和鹌鹑蛋(不同斑点大小),测定了不同颜色蛋壳色素的扫描光谱以及原卟啉-IX和胆绿素-IX的相对含量,并进行了比较分析。结果表明:鹌鹑蛋壳色素提取物吸收光谱的最大值为412nm,在560nm有明显的波峰,与胆绿素的锌螯合物光谱相符,同时光谱的最高峰在410~680nm,与原卟啉-IX的光谱相符,表明鹌鹑蛋蛋壳色素主要由原卟啉-IX、胆绿素-IX及胆绿素的锌螯合物组成;鹌鹑蛋壳中色素总量最高,其他颜色蛋壳的蛋之间没有差异;鹌鹑蛋壳中的原卟啉-IX、胆绿素-IX及胆绿素的锌螯合物均高于不同壳色鸡蛋和鸭蛋中的色素含量。

不同羽色鹌鹑蛋壳色素与蛋品质分析

为研究不同羽色系鹌鹑蛋壳色素与蛋品质间的差异,选取白羽鹌鹑蛋和花羽鹌鹑蛋各38枚和36枚分别进行了蛋壳色素和蛋品质分析。结果表明色:素沉积是在蛋壳形成最后阶段达到最大分泌量,且白羽和花羽鹌鹑蛋蛋壳色素没有显著差异(P>0.05)。在外部品质性状上,不同羽色系鹌鹑的蛋形指数(%)差异显著(P<0.05),蛋壳比例(%)无显著差异(P>0.05)。在内部品质性状上,不同羽色鹌鹑在蛋黄重(g)、重量(g)、蛋黄蛋白比例(%)、蛋白指数(%)和哈夫单位差异不显著(P>0.05)。除蛋形指数外,白羽和花羽鹌鹑的蛋壳色素和蛋品质均不存在显著差异。

鸡DIO2基因的克隆与生物信息分析

为研究鸡DIO2基因与鸡产热与低温调节间的关系,提取坝上长尾鸡肌肉总RNA,并反转录为c DNA,从Ensembl数据库下载DIO2基因序列(Gallus gallus-5.0 Chr 5:40,594,965-40,606,615),设计引物并进行RT-PCR扩增,PCR产物测序后进行生物信息学分析。确定了DIO2基因在鸡肌肉中表达,该基因编码区全长为840 bp,与NCBI数据库中的鸡DIO2基因同源性为99%,共编码279个氨基酸,亮氨酸含量最高为12.5%。聚类进化树结果表明,不同物种DIO2基因的脱氧核苷酸序列和氨基酸序列都表现高保守性。以上结果表明,DIO2基因在坝上长尾鸡肌肉中表达,且该基因在不同物种间高度保守。