研究旨在分析北京鸭龙骨长(Keel bone length,KBL)性状在全基因组水平上多态位点间的相互作用,包括542只北京鸭和60238个SNP位点。REML方法估计龙骨长遗传力为0.56,为中等遗传力性状。全基因组关联分析(Genome-wide association study,G...研究旨在分析北京鸭龙骨长(Keel bone length,KBL)性状在全基因组水平上多态位点间的相互作用,包括542只北京鸭和60238个SNP位点。REML方法估计龙骨长遗传力为0.56,为中等遗传力性状。全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)共检测到基因组水平上显著的28个SNP位点(P<8.30×10^(-7)),其中11个位于CLEC16A、GPATCH1和CLCA2基因上,8个位于LOC101792208、DCLK3和ADRA1B基因上下游20 kb区间内。全基因组互作进一步分析,共检测到具有显著互作效应的1644对SNP位点(P<5.51×10^(-13)),分别为36对加性×加性、57对显性×加性和1551对显性×显性上位效应。最显著的上位效应为1号(Chr1.49519635_A.G)和9号染色体(Chr9.7036234_A.G)上SNP间显性互作(P=2.05×10^(-18))。通过构建影响龙骨长性状的成对SNP互作网络,发现其中有15个SNP节点的度大于15,网络中心节点Chr27.1210834_C.T、Chr2.86757383_C.G和Chr3.23516978_A.G的度分别为211、145和102。对网络中SNP节点邻近基因进行功能富集注释,共得到16条显著信号通路,其中包括可能同龙骨长性状相关的Wnt、Notch、MAPK和钙信号通路(P<0.05)。研究利用GWAS和全基因组互作分析,有助于深入理解北京鸭龙骨长性状复杂遗传机制,为北京鸭龙骨长性状遗传基础和分子机制研究提供新思路,为北京鸭育种选择和改良提供重要参考依据。展开更多
文摘研究旨在分析北京鸭龙骨长(Keel bone length,KBL)性状在全基因组水平上多态位点间的相互作用,包括542只北京鸭和60238个SNP位点。REML方法估计龙骨长遗传力为0.56,为中等遗传力性状。全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)共检测到基因组水平上显著的28个SNP位点(P<8.30×10^(-7)),其中11个位于CLEC16A、GPATCH1和CLCA2基因上,8个位于LOC101792208、DCLK3和ADRA1B基因上下游20 kb区间内。全基因组互作进一步分析,共检测到具有显著互作效应的1644对SNP位点(P<5.51×10^(-13)),分别为36对加性×加性、57对显性×加性和1551对显性×显性上位效应。最显著的上位效应为1号(Chr1.49519635_A.G)和9号染色体(Chr9.7036234_A.G)上SNP间显性互作(P=2.05×10^(-18))。通过构建影响龙骨长性状的成对SNP互作网络,发现其中有15个SNP节点的度大于15,网络中心节点Chr27.1210834_C.T、Chr2.86757383_C.G和Chr3.23516978_A.G的度分别为211、145和102。对网络中SNP节点邻近基因进行功能富集注释,共得到16条显著信号通路,其中包括可能同龙骨长性状相关的Wnt、Notch、MAPK和钙信号通路(P<0.05)。研究利用GWAS和全基因组互作分析,有助于深入理解北京鸭龙骨长性状复杂遗传机制,为北京鸭龙骨长性状遗传基础和分子机制研究提供新思路,为北京鸭育种选择和改良提供重要参考依据。