优化差速离心法在血培养报警瓶MALDI-TOF MS细菌鉴定中的应用

目的评价用于血培养报警瓶基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix assisted laser desorptionionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS）细菌直接鉴定的前处理方法。方法建立优化差速离心法流程。收集首都医科大学附属北京同仁医院2015年10月至12月外周血培养报警标本100例（均为单一菌）,以转种培养后菌落MALDI-TOF MS鉴定为金标准,对比差速离心法优化前后、BRUKER SEPSITYPER试剂盒（简称试剂盒法）鉴定结果,评价优化差速离心法的准确率。收集2016年1月至10月外周血及体液培养报警标本516例（经革兰染色确认为细菌）,对优化差速离心法进行大样本应用研究。结果优化的差速离心法、试剂盒法及优化前的差速离心法鉴定准确率分别为97%、94%及92%,差异无统计学意义;优化的差速离心法鉴定分值〉2.0的例数则多于其他两种方法,与优化前相比差异具有统计学意义（χ~2=3.916,P=0.048）。516例样本单一菌486例,混合菌30例。优化的差速离心法鉴定准确率为92.2%（476/516）。外周血及其他体液样本鉴定准确率分别为96.5%（179/289）、86.8%（197/227）,差异有统计学意义（χ~2=16.92,P〈0.01）。单一菌鉴定准确率为97.1%（472/486）,其中革兰阳性球菌和阴性杆菌分别为96.9%、99.1%,均明显高于阳性杆菌（55.6%）,差异有统计学意义（χ~2=25.329,P〈0.01;χ~2=48.526,P〈0.01）。混合菌鉴定准确率为13.3%（4/30）。体液样本混合菌比例为11%（25/227）,显著高于外周血[1.7%（5/289）,χ~2=20.008,P〈0.01]。结论优化差速离心法鉴定率高、成本低、易操作,优于试剂盒法,对单一细菌MALDI-TOF MS血培养报警直接鉴定更具临床应用价值。

分枝杆菌液体培养MALDI-TOF MS快速直接鉴定法的建立与评价

目的建立并评价分枝杆菌液体培养基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)直接鉴定技术。方法收集2014年6月至2016年5月首都医科大学附属北京同仁医院1 466例呼吸科住院患者痰标本,进行BactecTMMGITTM960分枝杆菌快速液体培养(简称液体培养),以其中报警并经萋-尼抗酸染色确认为抗酸杆菌的105例(无重复病例)为研究对象,对比本实验室自行设计并改良的"同仁"分枝杆菌液体培养直接鉴定法(培养液经特殊前处理后直接进行MALDI-TOF MS鉴定)及传统鉴定法(培养液转种于L-J固体培养基,得到菌落后再进行MALDI-TOF MS鉴定),并通过16S rRNA基因及16S^23S rRNA基因间隔区测序验证。结果以基因测序鉴定为金标准,液体培养直接鉴定与传统鉴定法结果一致率为100%;二者鉴定至属的准确率均为100%(105/105),鉴定至种的准确率均为99.05%(104/105)。液体培养后直接鉴定与传统鉴定法MALDI-TOF MS鉴定分值≥2.000分的比例差异无统计学意义(χ~2=2.952,P=0.086)。4例分值<1.700分的菌株谱图杂峰较多而有效峰较少。结论本实验室自行设计的"同仁"分枝杆菌液体培养MALDI-TOF MS直接鉴定法鉴定结果准确,缩短了分枝杆菌培养和鉴定的时间,且可保证生物安全,对分枝杆菌感染的快速诊断和及时治疗意义重大,适用于我国各级临床实验室。

北京两家综合医院呼吸科住院患者结核分枝杆菌检出率分析

目的通过不同痰检方法，调查分析北京两家综合医院呼吸科住院诊断为非肺结核患者的MTB检出率，为综合医院肺结核病原学检测能力的提高提供依据。方法选取2014年1月至2015年6月于首都医科大学附属北京同仁医院和中国中医科学院望京医院呼吸科临床诊断为其他肺部疾病（非肺结核）的住院患者830例为研究对象。根据临未诊断分为8组：肺部感染组267例，慢性阻塞性肺疾病组143例，支气管扩张合并感染组110例，慢性支气管炎急性发作组79例，肺纤维化并发感染组74例，肺部阴影待查组66例，肺癌组62例及其他未明确诊断肺部疾病组29例。通过萋-尼染色涂片镜检法（Ziehl-Neelsenstaining，Z-N染色）、MTBMGIT960快速液体培养（BACTECTM MGITTM 960 Mycobacterial Detection System,简称“MGIT960培养法”）及Xpert MTB／RIF（简称“Xpert法”）检测MTB与利福平耐药情况，培养阳性的标本经基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术（matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF-MS）鉴定菌种，通过16S～23SrRNA基因转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）测序对3种方法鉴定结果进行确认。结果830例患者经3种方法检测，MTB总检出率为6．14％（51／830）。其中老年人（≥65岁）占MTB检出者的64．71％（33／51），有糖尿病、肿瘤等疾病的患者占80．39％（41／51）。男、女患者MTB检出率分别为5．85％（34／581）、6．83％（17／249），差异无统计学意义（χ2=0．32，P=0．553）。肺部阴影待查组MTB检出率达18．18％（12／66），明显高于肺部感染组（6．74％，18／267）（χ2=8．45，P=0．004）、慢性阻塞性肺疾病组（5．59％，8／143）（χ2=8．27，P=0．004）、支气管扩张合并感染组（4．55％，5／110）（χ2=8．79，P=0．003）、慢性支气管炎急性发作组（5．06％，4／79）（χ2=5．04，P=0．025）、肺纤维化合并感染组（2．70％，2／74）（χ2=7．65，P=0．006）及肺癌组（0．00％，0／51）（P〈0．001）；Z-N法、MGIT、960培养法、Xpert法检测MTB检出率分别为3．86％（32／830）、3．98％（33／830）和6．14％（51／830），Xpert法高于Z-N法和MGIT960培养法，差异有统计学意义（χ2=4．56，P=0．032；χ2=4．06，P=0．044）。结论综合医院临床症状及影像学表现不典型的肺部疾病患者易漏检MTB，痰涂片镜检结合Xpert技术可考虑作为综合医院门诊MTB快速筛查方法。

丙型肝炎病毒抗体阳性患者HCV-RNA与ALT结果分析

目的研究丙型肝炎病毒抗体阳性患者丙型肝炎病毒抗体(HCV-Ab)、丙型肝炎病毒核糖核酸(HCV-RNA)及丙氨酸氨基转移酶(ALT)检测结果分布特点及相关性。方法收集北京同仁医院2018年1月至2021年6月HCV-Ab阳性患者HCV-Ab、HCV-RNA、ALT检测数据,运用统计学方法分析三者数据分布特点及相关性,以及HCV-RNA阳性患者与HCV-RNA阴性患者HCV-Ab检测值与ALT水平分布特点。结果患者个体HCV-Ab检测值、HCV-RNA与ALT水平三者之间不存在明显的相关性,但将三者实验数据按检测值的高低、阴阳性以及异常率进行分组仍然存在一定的规律。HCV-RNA阳性患者的HCV-Ab检测值高于阴性患者,预测HCV-RNA阳性的最佳HCV-Ab阈值为10.34(S/CO)。患者ALT异常率、HCV-RNA阳性率随HCV-Ab检测值分组的升高有升高的趋势。ALT异常率与患者HCV-RNA阴阳性有关,但与HCV-RNA水平分组无关。结论患者HCV-Ab检测值对预测HCV-RNA阴阳性有较大的应用价值,HCV-Ab检测值升高和HCV-RNA阳性的患者发生ALT异常的可能性更大,临床可对三者实验结果进行预判和印证。

急诊眼外伤标本检出的病原菌分布及药物敏感试验结果分析

目的分析急诊眼外伤标本病原菌分布及药物敏感试验结果,为急诊眼外伤抗菌药物的合理使用提供依据。方法以2017年1月至2019年1月首都医科大学附属北京同仁医院急诊眼科收治的336例疑诊为眼外伤外源性眼内炎、需要进行实验室检查的患者为研究对象,收集送检的眼外伤标本,经涂片染色镜检、细菌培养、真菌培养及厌氧菌培养分离出病原菌,对分离出的病原菌种类及药物敏感试验结果进行分析。结果336例患者标本中共分离到151株病原菌,阳性检出率为44.9%(151/336),其中革兰阳性球菌82株[54.3%(82/151)],革兰阴性杆菌29株[19.2%(29/151)],革兰阳性杆菌14株[9.3%(14/151)],革兰阴性球菌8株[5.3%(8/151)],真菌8株[5.3%(8/151)],厌氧菌9株[6.0%(9/151)],皮疽奴卡菌1株[0.7%(1/151)]。检出的病原菌位于前3位的分别为表皮葡萄球菌27株[17.9%(27/151)]、肺炎链球菌25株[16.6%(25/151)]、流感嗜血杆菌14株[9.3%(14/151)]。革兰阳性球菌中所占构成比最高的表皮葡萄球菌对青霉素[55.6%(15/27)]和红霉素[51.9%(14/27)]的耐药率较高,对万古霉素和利奈唑胺的敏感率最高,均为100.0%;革兰阴性杆菌中所占构成比最高的流感嗜血杆菌对氨苄西林[42.9%(6/14)]和头孢曲松[28.6%(4/14)]的耐药率较高,对亚胺培南的敏感率[92.9%(13/14)]最高;真菌对两性霉素B[37.5%(3/8)]的耐药率最高,对伏立康唑的敏感率[75.0%(6/8)]最高。结论急诊眼外伤标本病原菌谱分布较广,病原菌培养及药物敏感试验结果可以为急诊眼外伤用药提供有针对性的指导。

60岁以上人群血清甲状腺标志物参考区间调查

目的调查60岁以上表观健康人群血清甲状腺功能五项标志物的生物参考区间。方法按照美国国家临床生化科学院关于甲状腺疾病诊断与监测实验室支持中的筛选要求,筛选出60岁以上的老年人431例(女性210例,男性221例),采用免疫化学发光法测定血清三碘甲状腺原氨酸(TT3)、甲状腺素(TT4)、游离三碘甲状腺原氨酸(FT3)、游离甲状腺素(FT4)、促甲状腺激素(TSH)。结果男性TSH和FT4水平中位数分别为1.69(1.14~2.24)mIU/L和12.22(10.92~13.47)pmol/L,女性TSH和FT4水平中位数分别为2.28(1.54~3.02)mIU/L和11.48(10.29~12.65)pmol/L,男女组间差异有统计学意义(P<0.05)。60~69岁年龄组TT3和FT3水平分别为1.63±0.33nmol/L和4.80±0.63pmol/L,≥70岁以上年龄组TT3和FT3水平分别为1.50±0.36nmol/L和4.52±0.62pmol/L,年龄组间差异有统计学意义(P<0.05)。60岁以上人群血清甲状腺激素五项参考区间为:TT3 1.01~2.37nmol/L,TT4 108.01~168.56nmol/L,FT3 3.51~5.88pmol/L,FT4 8.80~16.63pmol/L,TSH 0.43~6.05mIU/L。结论在60岁以上人群中,血清甲状腺功能标志物存在年龄和性别差异,因此应按年龄和性别建立不同参考区间。

2015至2019年北京某医院住院患者成人社区获得性肺炎病原学特点及防控研究

目的探讨成人社区获得性肺炎(community acquired pneumonia,CAP)患者病原体分布特点,为CAP诊疗及防控提供依据。方法回顾性纳入2015年1月至2019年12月首都医科大学附属北京同仁医院5年期间临床确诊的1446例CAP住院患者,中位年龄70岁,男性858例,占59.34%,女性588例,占40.66%。采集呼吸道标本行涂片、培养、聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)及抗原抗体检测以明确CAP病原。连续变量用Mann-Whitney U检验;分类资料用χ^(2)检验或者Fisher精确检验进行统计分析。结果(1)1446例患者中822例(56.85%)单一病原体感染,231例(15.98%)混合感染,393例(27.18%)未明确病原。流感病毒是CAP首位病原体(20.95%,303/1446),以甲型流感病毒H1N1亚型(influenza A virus subtype H1N1,H1N1)(8.51%,123/1446)为主,其次为肺炎支原体(7.19%,104/1446),结核分枝杆菌(5.33%,77/1446)及肺炎链球菌(5.05%,73/1446)。(2)2018年12月至2019年2月出现H1N1的暴发流行,2019年8至11月监测到肺炎支原体肺炎流行。<65岁患者肺炎支原体(14.41%比2.41%,χ^(2)=74.712,P<0.001)、肺炎链球菌(8.16%比2.99%,χ^(2)=18.156,P<0.001)、鼻病毒(6.08%比3.56%,χ^(2)=5.025,P=0.025)、肺炎衣原体(5.90%比1.15%,χ^(2)=26.542,P<0.001)及腺病毒(3.13%比0.92%,χ^(2)=9.547,P=0.002)检出率高。(3)CAP重症率为14.66%(212/1446),平均死亡率为3.66%(53/1446),细菌-病毒合并感染的重症率及死亡率分别为28.97%(31/107)和19.63%(21/107)。结论流感病毒是引起成人CAP的首要病原体,在2018年和2019年分别监测到肺炎支原体肺炎和H1N1肺炎的暴发流行,病毒-细菌合并感染者重症率和死亡率显著高于单一病原体感染。

北京市某医院住院患者急性呼吸道感染病毒检测结果分析

目的分析急性呼吸道感染(Acute respiratory tract infection,ARTI)住院患者临床标本病毒核酸检测结果,为ARTI的诊疗和预防提供依据。方法回顾性收集2017年1月1日-2020年1月1日首都医科大学附属北京市同仁医院收治的479例ARTI患者临床标本甲型流感病毒H1型(FluA-H1)、甲型流感病毒H3型(FluA-H3)、乙型流感病毒(FluB)、副流感病毒Ⅰ-Ⅳ型(Parainfluenza virusⅠ-Ⅳ)、冠状病毒(Coronavirus OC43、229E、NL63)、呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus)、人鼻病毒(Human rhinovirus)、人偏肺病毒(Human metapneumovirus)、腺病毒(Adenovirus)等14种病毒(亚型)检测结果,分析不同年龄组、不同季节ARTI患者病毒检出率及病原学流行特征。结果479例患者痰液、肺泡灌洗液和鼻咽拭子标本中共分离出病毒259株,检出率为54.1%(259/479)。14种呼吸道病毒检出率较高的为甲型流感病毒H1型42.1%(109/259);甲型流感病毒H3型19.7%(51/259);人鼻病毒8.9%(23/259);腺病毒6.2%(16/259);乙型流感病毒5.4%(14/259);甲型流感病毒H1型以秋、冬季检出为主,腺病毒以夏季检出为主,副流感病毒Ⅰ型以夏季检出为主,与其他季节相比差异均有统计学意义(P<0.05),其他病毒检出率季节分布差异无统计学意义;不同年龄段病毒检出率差异无统计学意义。结论ARTI住院患者临床标本检出病毒种类较多,以流感病毒为主,多集中在秋、冬季高发;老年住院患者感染比例较高。

临床分离株收集、保藏及资源化研究

菌株资源化工程属微生物领域的基础建设,西方发达国家在19世纪末率先建立了经典的微生物资源化方法,不断完善的保藏体系、物种注释技术以及全球共享机制,实现了生物资源的扩充和储备。丰富的模式菌株、标准菌株及生产菌株保持了科学研究、生物经济(如抗菌药物、疫苗、检测试剂研发及标准制定等)及国家安全上的优势。但我国对其战略性认识不足,从顶层设计到资金投入远落后于发达国家,这与我国经济社会发展水平不相称。本文借鉴世界微生物菌种保藏联合会和世界生物数据中心(隶属WFCC)的做法,以临床新种/株收集为目的,对分离株鉴定、保存及上传体系建设提出建议。

2016与2019年成人致泻性大肠埃希菌食源性腹泻临床流行病学特征研究

目的研究2016与2019年成人致泻性大肠埃希菌(DEC)食源性腹泻临床特征与耐药性,了解北京市强化食品卫生安全措施前后DEC流行病学变迁。方法分别收集2016和2019年就诊于北京同仁医院肠道门诊食源性成人腹泻患者1926例和1482例,共计3408例。患者信息录入“肠道预警系统”,便标本分离培养,菌落行基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)鉴定。大肠埃希菌采用多重荧光定量PCR对5种致病型进行分型。药物敏感性试验根据2019美国临床与实验室标准化协会标准判读。分类资料采用χ^(²)检验或者Fisher精确检验进行统计分析。结果3408份标本共检出DEC 581株,肠产毒性大肠埃希菌(ETEC)占53.36%(310/581),未检出肠出血性大肠埃希菌(EHEC)。2016年DEC检出率为14.54%(280/1926),肠聚集性大肠埃希菌(EAEC)占DEC检出率的18.21%(51/280),ETEC占71.79%(173/280)。2019年DEC检出率为20.31%(301/1482),EAEC占DEC检出率的41.23%(116/301),ETEC占48.93%(137/301)。与2016年比较,2019年EAEC检出率增高(χ^(²)=29.26,P<0.001),其次为肠致病性大肠埃希菌(χ^(²)=9.37,P=0.002),而ETEC检出率下降(χ^(²)=15.43,P<0.001)。与其他致病型相比,EAEC易引起恶心(χ^(²)=32.72,P<0.001),感染肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)的患者便标本易观察到红细胞(χ^(²)=16.44,P=0.001)和白细胞(χ^(²)=26.82,P<0.001)。EIEC对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦及庆大霉素耐药率分别为80.95%(17/21)、66.67%(14/21)和57.14%(12/21)。2019年出现3株耐碳青霉烯类抗菌药物的EAEC,其中2株厄他培南及亚胺培南均耐药,1株仅厄他培南耐药。全基因测序显示存在多种耐药机制,以耐药结节性细胞分化家族外排泵、青霉素结合位点突变及产新德里金属β内酰胺酶5(NDM-5)为主。结论成人食源性腹泻患者DEC检出率高,以ETEC为主。与2016年相比,2019年ETEC下降,EAEC检出率显著升高,并于2019年分离到耐碳青霉烯类抗菌药物的致泻性大肠埃希菌菌株,其生物学特征及流行病学变迁应引起临床重视。